さいたま地方裁判所 平成１６年（行ウ）４号 判決 2005年10月19日
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
原告の平成１４年２月１８日付け平成１２年分所得税の更正の請求に対して，被告が平成１４年９月１１日付けでなした更正すべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２事案の概要
１ 事案の要旨
本件は，原告が，平成１２年分の所得税について，勤務先の会社の親会社である米国法人から付与されたストックオプション（会社が自社又は子会社の従業員，役員等に対して付与する，自社株式を一定の期間内にあらかじめ定められた権利行使価格で購入することができる権利）を行使したことにより得たその価格と当該株式との時価との差額（権利行使益）について給与取得として申告した後，上記利益は給与所得ではなく一時所得に当たるから上記申告は誤りがあったとして，給与所得から一時所得へと変更する旨の更正の請求をしたところ，被告から更正すべき理由がない旨の通知を受けた（以下「本件通知処分」という。）ため，それを不服として本件通知処分の取消しを求めた事案である。
被告は，原告が得た権利行使益（以下「本件権利行使益」という。）が主位的には給与所得に，予備的には雑所得に該当する旨主張しているのに対し，原告は，本件権利行使益は一時所得に該当する旨主張している。
２ 法令の定め等
(1) 所得税法における所得区分及び所得税額の計算について
ア 所得税法（昭和４０年法律第３３号）は，居住者に対して課する所得税額の計算に関し，その所得を利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得，一時所得又は雑所得に区分し，これらの所得ごとに所得の金額を計算する旨規定する（同法２１条１項１号）。
イ 給与所得とは，俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいう（所得税法２８条１項）。
ウ 一時所得とは，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得及び譲渡所得以外の所得のうち，営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう（所得税法３４条１項）。
エ 雑所得とは，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得及び一時所得のいずれにも該当しない所得をいう（所得税法３５条１項）。
オ 給与所得及び雑所得については，それぞれ所得税法２８条２項又は３５条２項の規定により計算した所得金額が，所得税の課税標準とされる総所得金額に算入されるのに対し，一時所得については，同法３４条２項の規定により計算した所得金額の２分の１に相当する金額が総所得金額に算入される（同法２２条１項，２項１号及び２号）。
(2) ストックオプションに関する法制度について
ア 従来，我が国の商法の下では，ストックオプション制度を導入するために必要な自社株式を手当する方法として，新株の有利発行及び自社株式の取得があったが，新株の有利発行については，株主総会の特別決議の効力が６か月に制限されており，自社株式の取得についても，自己株式の消却期間が６か月に制限されていたことから，法制度上，我が国の会社がストックオプション制度を導入することは実質的に困難な状況にあった。
イ しかしながら，平成７年１１月，特定新規事業実施円滑化臨時措置法（平成元年法律第５９号。ただし，平成１１年法律第２２３号により廃止。以下「新規事業法」という。）の改正（平成７年法律第１２８号）により，商法の特例措置として，特定の株式未公開企業に限り，新株の有利発行に関する株主総会の特別決議の効力を１０年に延長することが認められ，これらの企業については，新株引受権を付与する方法によるストックオプションの付与が可能となった。
ウ さらに，平成９年５月，商法（明治３２年法律第４８号）の改正（平成９年法律第５６号）により，新株引受権方式のストックオプション制度が新設されるとともに（平成１２年法律第９０号による改正前の同法２８０条ノ１９），取締役又は使用人に譲渡するための自己株式取得について，消却期間が１０年に延長されたことから（平成１３年法律第７９号による改正前の同法２１０条ノ２），自己株式を取得する方法によるストックオプションの導入が可能となった。ただし，子会社の従業員等，自社取締役又は従業員以外の者に対するストックオプションについての規定は設けられなかった。
エ その後，平成１３年に，商法が改正され（同年法律第７９号，同第１２８号），新株予約権の概念の導入（同年法律第１２８号による改正後の同法２８０条ノ１９）により，ストックオプションは，新株予約権という形で一本化されるとともに，ストックオプションの付与株式数の制限の撤廃，付与対象者を自社従業員等とする制限の撤廃，権利行使期間の制限の撤廃等により，ストックオプションの要件は大幅に緩和されるに至っている。
(3) ストックオプションに関する課税の推移について
ア 平成７年の新規事業法改正以前においては，ストックオプションに対する課税について定めた法令及び通達は存在しなかった。
もっとも，自社従業員等に対し，株主総会決議後６か月間に限って有利な発行価額による新株引受権を付与した場合の課税について，所得税法施行令（昭和４０年政令第９６号。ただし，平成１０年政令第１０４号による改正前のもの）８４条は，上記権利に係る収入金額を，原則として当該権利に基づく払込みに係る期日における新株等の価額から当該新株等の発行価額を控除した金額によることとし，所得税基本通達（昭和４５年７月１日付け直審（所）第３０号。ただし，平成８年６月１８日付け課法８－２ほか１課共同による改正前のもの）２３～３５共－６は，発行法人から有利な発行価額により新株等を取得する権利を与えられた場合には，当該権利を行使して新株等についての申込みをしたときに，上記発行価額と権利行使時の新株等の価額との差額に対し，一時所得として課税することとしつつ，当該権利が従業員等に対し支給すべきであった給与等又は退職手当等に代えて与えられたと認められる場合には，給与所得又は退職所得とする旨定めていた。
イ 平成７年の新規事業法改正により，ストックオプション制度が一定の範囲で導入されたことから，租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）２９条の２（ただし，平成１０年法律第２３号による改正前のもの）において，新規事業法に基づくストックオプションについて，権利行使時には課税をしないことが規定され，所得税法３３条１項，３項，３８条，同法施行令（平成１０年政令第１０４号による改正前）１１８条２項，１０９条１項２号，租税特別措置法施行令（平成１０年政令第１０８号による改正前）１９条の３第１４項の規定により，権利行使によって取得した株式を譲渡した時点で，譲渡価額と権利行使価格に当該株式の数を乗じた額（以下「権利行使価額」という。）との差額に対し，譲渡所得として課税することとされた。
また，所得税基本通達２３～３５共－６においても，新株等を取得する権利を与えられた場合の所得を一時所得としつつ，当該発行法人の役員又は使用人に対しその地位又は職務等に関して当該新株等を取得する権利を与えたと認められる場合には給与所得とし，これらの者の退職に基因して当該新株等を取得する権利を与えられたと認められる場合には退職所得とする旨の改正が行われた（平成８年６月１８日付け課法８－２ほか１課共同）。
ウ さらに，平成９年５月の商法改正に伴い，商法に基づくストックオプションについても，租税特別措置法２９条の２が改正され（平成１０年法律第２３号），一定の限度において，その付与時や権利行使時に所得税を課税せず，権利行使によって取得した株式を譲渡した時点で，譲渡価額と権利行使価額の差額に対し，譲渡所得として課税する旨規定されたほか，所得税法施行令８４条も改正され（平成１０年政令第１０４号），租税特別措置法２９条の２の適用を受けないものに係る収入金額を，権利行使の日の当該株式の価額から権利行使価額を控除した額とする旨定められたが，上記以外のストックオプションによる所得課税については，法令上の規定は設けられなかった。
また，所得税基本通達２３～３５共－６においても，上記各法令の改正に対応する定めが設けられたものの（平成１０年１０月１日付け課法８－２ほか１課共同），上記以外のストックオプションによる所得課税についての定めは設けられなかった。
エ その後，平成１３年における商法改正を受けて，租税特別措置法２９条の２及び所得税法施行令８４条がそれぞれ改正されたほか（租税特別措置法改正につき平成１４年法律第１５号，所得税法施行令改正につき平成１３年政令第２７４号，平成１４年政令第１０３号），所得税基本通達２３～３５共－６においても，平成１３年法律第７９号による改正前の商法２１０条ノ２第２項（取締役又は使用人に譲渡するための自己株式の取得）の決議に基づき与えられた同項３号に規定する権利（所得税法施行令８４条１号），及び，同年法律第１２８号による改正前の商法２８０条ノ１９第２項（取締役又は使用人に対する新株引受権の付与）の決議に基づき与えられた同項に規定する新株の引受権（所得税法施行令８４条２号）を与えられた取締役又は使用人がこれを行使した場合は，原則として給与所得とし，職務の遂行と関連を有しない場合は雑所得とすることとされ，また，有利発行による新株予約権（同条３号）を与えられた者がこれを行使した場合に，雇用契約又はこれに類する関係に基因して当該権利を与えられたと認められるときは，同条１号及び２号に掲げる権利を与えられた場合に準じた扱いをすることとされ，さらに，発行法人が外国法人の場合でも同様の扱いとする旨の定めが設けられた（平成１４年６月２４日付け課個２－５ほか３課共同）。
３ 基本的事実関係（当事者間に争いがない事実並びに証拠及び弁論の全趣旨によって容易に認定できる事実）
(1) 日本ベリサイン株式会社と米国法人ベリサイン・インク（乙１３，甲８１，８２）
日本ベリサイン株式会社（以下「日本ベリサイン社」という。）は，情報通信ネットワークにおける暗号技術を用いた当事者の登録，確認（認証）業務，通信情報の確認（認証）業務及び認証に関する電子証明書の発行等を業とする株式会社であり，日本ベリサイン社の発行済株式総数の約５０％強（なお，平成１２年１２月２７日当時は約５０．５％，平成１５年１２月３１日当時は約５９．９％）を保有する米国法人ベリサイン・インク（以下「米国ベリサイン社」という。）を親会社とし，米国ベリサイン社を中心とする企業集団（以下「ベリサイングループ」という。）に属している。
ベリサイングループは，世界各地で電子認証関連サービス・製品，公開鍵暗号基板（ＰＫＩ）の知識を生かしたインターネットなどの情報通信ネットワークの活用を促すサービス・製品を開発している。
日本ベリサイン社は，米国ベリサイン社との間でライセンス契約を締結しており，米国ベリサイン社が開発し，かつ権利を有するＰＫＩ関連製品・サービスにつき，日本及び韓国におけるライセンスを取得し，サービスを行っており，その対価として当該製品・サービスの売上高に対する一定割合をロイヤルティとして米国ベリサイン社に対して支払っている。日本ベリサイン社における平成１５年１２月期（平成１５年１月１日から同年１２月３１日）の売上高のうち，米国ベリサイン社が開発し，かつ，権利を有する製品及びサービスの売上げは約８９．４％を占めている。
なお，日本ベリサイン社は，平成１５年１１月１９日に株式を東京証券取引所マザーズに上場している。
(2) 原告（甲８１，８３）
原告は，平成１１年５月１日付けで日本ベリサイン社の従業員として採用された。日本ベリサイン社は，上記原告の採用に際し，採用の条件として，入社後米国ベリサイン社の普通株式５０００株を購入する権利を米国ベリサイン社取締役会の決定に従い付与するものとした。
原告は，日本ベリサイン社に入社後から平成１２年８月３１日に同社を退職するまで，同社のシステム技術部長兼オペレーション部長として勤務していた。
原告の日本ベリサイン社における職務は，部門の統括，認証局の立上げ，プロジェクトマネージメント等である。
なお，原告と米国ベリサイン社との間に雇用契約，委任契約等の契約関係はない。
(3) 本件プラン（甲６０）
米国ベリサイン社は，米国ベリサイン社及びその子会社の役員又は従業員（以下「従業員等」という。）に対してストックオプションを付与する制度（以下「本件プラン」といい，本件プランにより付与されるストックオプションを「ベリサインストックオプション」ということがある。）を有している。その概要は，以下のとおりである。
本件プランの目的は，会社，会社の親会社及び子会社の成功にとってその者の現状及び可能な貢献が重要な意味を持つ有資格の人材に対し，オプション等を付与することにより，会社の将来の成果にあずかる機会を提供することで，それらの人材を惹き付け，維持し，やる気を起こさせる誘因を与えることにある。
本件プランは，米国ベリサイン社の委員会又は委員会として行動する取締役会によって運営され，同委員会は，本件プランの一般的な目的及び条件並びに取締役会の指示に従い，本件プランを実施する完全な権限を有し，本件プランに基づく契約，報奨対象者の選定，報奨の形式や条件の決定，報奨対象となる株式の数等の決定，その他本件プランの管理運営のために必要若しくは適切なすべての決定を行う。
ベリサインストックオプションは，米国ベリサイン社又は米国ベリサイン社の親会社若しくは子会社の従業員，役員，取締役，コンサルタント，独立請負人及び顧問（以下「ベリサイングループ従業員等」という。）に対し，付与することができる。
被付与者が，死亡若しくは心身障害以外の理由で退職したときは，被付与者のストックオプションが退職の日に行使可能であった場合に限り，被付与者は，当該ストックオプションを退職日から向こう３か月間行使することができる。ただし，ストックオプションの行使期限を越えてこれを行使することはできない。また，被付与者が正当な理由で解雇された場合には，雇用終了後に当該ストックオプションを行使する権利も一切持たない。
ベリサインストックオプションは，一切の利益を移転若しくは譲渡することはできず，遺言又は物的財産相続及び人的財産相続に関する法律による場合を除き，これを執行，差押えその他これに準ずる手続に服させることはできず，被付与者は生存中に当該被付与者のみこれを行使することができる。
本件プランのいかなる規定又は本件プランに基づき付与されるストックオプションも，被付与者に対し，米国ベリサイン社又は米国ベリサイン社の親会社若しくは子会社との雇用を継続する権利，又はその他の関係を継続する権利を与えるものではなく，また与えるとみなされてはならず，米国ベリサイン社又は米国ベリサイン社の親会社若しくは子会社が，正当な理由の有無を問わず被付与者の雇用その他の関係をいつでも終了させる権利を制限するものではない。
本件プランは，米国ベリサイン社の株主の承認を必要とする。
(4) 本件付与契約（甲７６，８１）
原告は，米国ベリサイン社との間で，本件プランに基づき，同社から以下の内容でストックオプション（以下「本件ストックオプション」という。）の付与を受ける旨の契約を締結した（以下「本件付与契約」という。）。
なお，本件付与契約は，本件ストックオプションは，原告が退職しておらず，継続して会社又は会社の親会社若しくは子会社に対して役務を提供していることを条件として，本件付与契約に従って行使可能となるものとし，付与された本件ストックオプションは，原告が会社又は会社の親会社若しくは子会社との雇用関係を終了した日をもって効力を失すると定めている。
総オプション株数 １万株
１株当たり行使価格 ５９．２５ドル
付与日 平成１１年５月２８日
権利確定日 平成１１年５月２８日
権利行使可能日 本件ストックオプションの対象となる株式のうち４分の１については平成１２年５月２８日に行使可能となり，その後３か月ごとに本件ストックオプションの対象となる株式の１６分の１について行使可能となる。
行使期限日 平成１８年５月２８日
なお，本件付与契約後，米国ベリサイン社において株式分割が行われたため本件ストックオプションの対象となる株数は２万株となった。
(5) 本件ストックオプションの権利行使（甲７，８１）
原告は，別紙１記載のとおり，平成１２年８月２２日，同年１０月１６日，同年１０月２４日及び同年１１月２１日，米国ベリサイン社の株式合計６２５０株につき，本件ストックオプションをそれぞれ行使することにより，合計８０３８万７９３２円の権利行使益（本件権利行使益）を取得した。
(6) 課税処分の経緯等
原告は，被告に対し，平成１２年分の所得税につき，法定期限までに別紙２の「確定申告」欄記載のとおり，確定申告し，その後，平成１３年１０月１５日，本件権利行使益を給与所得として，別紙２の「修正申告」欄記載のとおり，修正申告した。
そして，原告は，被告に対し，平成１４年２月１８日，本件権利行使益は一時所得に該当するとして，別紙２の「更正の請求」欄記載のとおり，更正の請求をした。
これに対し，被告は，平成１４年９月１１日付けで，更正をすべき理由がない旨の通知処分をした（本件通知処分）。
そこで，原告は，平成１４年１１月６日，本件通知処分を不服として，被告に対し，異議申立てをしたが，被告は，平成１５年２月５日付けで上記異議申立てを棄却する旨の決定をした。
原告は，平成１５年３月３日，上記決定を不服として，国税不服審判所長に対し，審査請求をしたが，国税不服審判所長は，同年１２月３日付けで，上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。
そこで，原告は，平成１６年２月１６日，本件訴えを提起した。
４ 被告が主張する原告の所得税額
被告が本件訴えにおいて主張する原告の納付すべき税額の算出過程，算出根拠等は次のとおりである。原告は，このうち本件権利行使益が給与所得に該当するとする部分及びこのことを前提とする部分について争うものであり，その余の数額又は計算関係については争っていない。
(1) 総所得金額 ８７４６万５６９６円
上記金額は，次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 給与所得の金額 ８７２３万０３５６円
上記金額は，次の①ないし③の各給与収入金額の合計額から所得税法２８条３項に規定する給与所得控除額を同条２項に基づいて控除した金額である。
① 日本ベリサイン社からの給与収入金額 ８８２万２９７０円
② ナスダック・ジャパン株式会社からの給与収入金額 ４４０万００００円
③ 本件ストックオプションの権利行使に係る米国ベリサイン社からの給与収入金額（本件権利行使益） ８０３８万７９３２円
イ 雑所得の金額 ２３万５３４０円
(2) 所得控除の額の合計額 ３１６万０８６６円
(3) 課税総所得金額 ８４３０万４０００円
上記金額は，上記(1)の総所得金額から上記(2)の所得控除の額を控除した金額（ただし，国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(4) 納付すべき税額 ２７４１万４３００円
上記金額は，次のアの金額からイ及びウの金額を差し引いた金額（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
ア 課税総所得金額に対する税額 ２８７０万２４８０円
上記金額は，上記(3)の課税総所得金額８４３０万４０００円に所得税法８９条１項の税率を適用して算出した金額である。
イ 定率減税額 ２５万００００円
ウ 源泉徴収税額 １０３万８１４８円
５ 争点
(1) 本件ストックオプションを行使したことによる本件権利行使益が，給与所得，一時所得又は雑所得のいずれに該当するか（争点１）。
(2) 本件通知処分が，租税法律主義又は租税平等主義に反するかどうか（争点２）
６ 争点に関する当事者の主張
(1) 争点１（本件ストックオプションを行使したことによる本件権利行使益が，給与所得，一時所得又は雑所得のいずれに該当するか）について
（原告の主張）
本件権利行使益は，所得税法上，一時所得に該当する。
ア ストックオプションに係る課税の対象及び時期
課税実務上，ストックオプションの行使前において相続が開始した場合の相続税について，相続時における株価と権利行使価格との差額をもってストックオプションの価格と評価されていることや，擬似ストックオプションのうち，いわゆる成功報酬型ワラント（会社が分離型の新株引受権付社債を発行し，これを第三者が引き受けた後，会社がワラント部分のみを買い戻して取締役らに支給する制度）について，ワラントの付与時の課税が採用されていることからすれば，ストックオプション自体も経済的な価値を有するものとして理論上課税の対象となるはずであり，権利確定主義を根拠に権利行使時における権利行使益に対する課税を説明することはできない。
商法の学説上，新株予約権の有利発行は，発行時点におけるその新株予約権の金銭的評価額を著しく下回る対価で会社がそれを発行することをいうとされ，新株予約権の金銭的評価は①権利行使価格，②取得できる株式の時価，③当該株式のボラティリティ（株価変動の標準偏差），④行使期間，⑤金利を要素として算出できるといわれ，ストックオプションとして発行される新株予約権についても金銭的評価が可能であることが商法上当然の前提となっており，かつ，その理論価値の評価方式（ブラック・ショールズ・モデル等）も考え出されている。しかし，オプションの理論価値は一義的に決まるものでもなく，その評価方法の合理性自体にも疑念も呈されており，また，現実に課税するにもその捕捉が困難であること等の税務実務の観点から，ストックオプションの付与時には課税をすべきではなく，ストックオプションについて権利行使時に権利行使益に対して課税するのである。
イ 給与所得に該当しないことについて
(ア) 給与所得の意義について
給与所得（所得税法２８条１項）の解釈につき，最高裁昭和５６年４月２４日判決（民集３５巻３号６７２頁。以下「最高裁昭和５６年判決」という。）に従えば，給与所得に該当するためには，①雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令の下に労務を提供すること（雇用類似要件），②付与される経済的利益が当該労務提供の対価であること（対価性要件）が必要である。
(イ) 権利行使益は会社から従業員等に給付されるものではないこと
ストックオプション制度の目的としては，①株価上昇により利益が得られる権利を与えることにより，取締役らに業績向上に向けて努力するよう奨励すること，②取締役・従業員と株主の利害を一致させて，取締役らに株主重視の経営をさせること，③優秀な人材を確保しかつ引き留めることがあり，本件ストックオプションについても，インセンティブとして意図されており，また，会社の成功にとって重要である者を惹き付け，維持し，やる気を起こさせることを目的としている。
そして，このような性質を持つことからストックオプション制度が長期業績連動型の報酬といわれるが，会社が取締役等に与えるのは，株式取得の機会だけであり，取締役等は代価あるいは払込資金を負担した上で会社から株式を取得した後に，自らの判断した時点・価額で売却することによって利益が実現することになるのである。
商法上は，あくまでストックオプションすなわち新株予約権そのものが職務執行の対価としてとらえられているのであり，権利行使益が会社から支給されるものとはとらえられていない。
そして，ストックオプションの付与会社は，その権利行使に伴って特別の出捐をしたり損失を被るわけではなく，権利行使益は，いわば既存の株主全体から権利行使をして新たに株主となった者へ移転されるものであって，これをストックオプションの付与会社からの給付とみることはできない。
法人税法上，ストックオプションを付与した法人があらかじめ定められた譲渡価額によって自己株式を譲渡したときは，その譲渡は正常な取引条件でされたものとして計算することとされているように（同法施行令１３６条の４），権利行使時の当該株価と譲渡価額との差額は，当該法人に帰属していないものというべきであり，当該法人がこの差額相当の利益を従業員等に与えたものということはできない。
また，会計法上も発行法人の側の処理として，権利行使利益相当額を費用認識しておらず，個人の側で権利行使益相当額を所得として認識しないか，認識するとしても少なくとも給与には該当しないことになるはずである。
したがって，ストックオプション制度は本質的に，権利行使益を会社の損失のもとに被付与者に与えることを予定している制度ではなく，被付与者に与えられているのは，ストックオプションという権利の行使の選択権にすぎないのである。すなわち，自らのストックオプションを行使することによって得た権利行使益は，付与会社のもとを離れ，被付与者に移転したストックオプションの権利行使の結果生じた利益であって，この権利行使益は付与会社が被付与者に与えたものでないことは明らかである。
(ウ) 雇用類似要件を欠くこと
所得税法上の給与所得は，使用者から支給される給付であることを当然の前提としており，使用者以外の者から給付される対価についてこれを給与所得とするには，立法上の手当が必要であるというべきである。最高裁昭和５６年判決も，使用者から支給される給付をもって給与所得に該当すると解していることは明らかである。
本件においては，原告は日本ベリサイン社に勤務していたのであり，米国ベリサイン社と原告との間には雇用契約や委任契約等の契約関係は存在しない。また，原告が米国ベリサイン社に事実上勤務している実態もなく，実質的にみても，雇用契約又はそれに類する関係はなかった。
そして，原告が本件ストックオプションの権利を行使した当時，米国ベリサイン社は日本ベリサイン社の株式の約５０％しか保有していなかったのであり，米国ベリサイン社が，日本ベリサイン社の従業員の人事権等の実権を握ってこれを支配しているものとみることはできず，原告が米国ベリサイン社の統括の下に日本ベリサイン社の従業員としての職務を遂行していたものということもできない。
また，原告は日本ベリサイン社の従業員にすぎず，米国ベリサイン社は原告に対する人事権について何らの権限も有しておらず，その他に，原告が米国ベリサイン社に対して労務の提供をしたり，原告に対する給与の一部又は全部を同社が支払うべき法律関係もないのである。
本件ストックオプションは，親会社から子会社の従業員等に支給され，かつ，当該従業員等が親会社に対して何らの勤務関係を義務付けられていない以上，法的には，このような親会社と子会社の従業員等との間に雇用契約又はこれに類する原因があるとはいえない。親会社と子会社といったグループ関係にある企業であっても，別個独立した存在であり，仮にこのようなグループ企業間の関係を広義の雇用契約若しくは委任契約に類するものとして課税するのであれば，税法上のみなし規定が必要である。
(エ) 労務の対価に当たらないこと
ａ 労務の対価といえるためには，労務の提供があり，その報酬として支払われているという関係が必要である。
ストックオプションの権利行使益は，株価の上昇と，オプションの付与を受けた者の投資判断によって生じるものであるところ，子会社の従業員等の精勤と親会社の物価の上昇は直接的に関係しないから，権利行使益を労務提供の対価ということはできない。すなわち，株価は，企業の業績のほか，金利，為替，株価格付け，国際情勢等の様々な要因によって形成されるものであり，一子会社の一従業員等の精勤によって親会社の株価が上昇することは考えられず，権利行使益は飽くまで株価の上昇及び原告の権利行使という行為によって生じたものであるから，権利行使益が労務の対価でないことは明らかである。
権利行使益には，通常の給与のように，何時間働いたからいくらの報酬がもらえるといった対価性がないことは明らかであり，株価の上昇という非常に不確実な要素に基づく権利行使益について労務との対価性を認めることは，現行法上できないというべきである。また，権利行使益を労務の対価とみると，同じ条件のストックオプションを付与された複数の従業員等が付与会社に対して同様の貢献をした場合であっても，各人の権利行使の時期により，その受け取る給与の額に差が生じることになるが，その不合理性は明らかである。
ｂ 労務の対価というためには，何らかの労務の提供が必要であるが，その労務については，給付をする者との関係で当該労務の提供を義務付けられているか，又はその者に対して事実として労務の提供があったことが必要である。
しかし，原告が米国ベリサイン社に対して労務の提供を義務付けられていたという事実も，現実に労務の提供をしたという事実も存しない。
本件ストックオプションは，原告が入社した直後に付与されたものであり，付与時点において，労務の提供は全く前提とされていなかった。したがって，本件ストックオプションは，原告の日本ベリサイン社に対する労務の提供として付与されたものではないことが明らかである。
また，原告は，入社後退職するまでの間，日本ベリサイン社のシステム技術部長兼オペレーション部長として勤務しており，その職務内容は，部門統括や認証局の立上げ，プロジェクトマネージメント等を行っており，専ら日本における業務であり，原告は，米国ベリサイン社から指揮命令等を受けて仕事をしたことは一切なく，命令系統はすべて日本ベリサイン社だけで一本化されていた。売上目標や営業目標などもすべて日本ベリサイン社独自に設定されており，米国ベリサイン社が関与して目標を設定することもなかった。原告としても，日本ベリサイン社において日本ベリサイン社の上司ないし役員の下で，日本ベリサイン社の従業員として職務を遂行していたにすぎない。
このように，原告の具体的な職務内容も，原告の日本ベリサイン社における勤務は，日本ベリサイン社に提供されたものにすぎず，米国ベリサイン社に提供したものということができないことは明らかである。
さらに，給与所得における労務の対価であると評価できるためには，従業員が提供した労務と当該給付との間に経済的合理性に基づいた対価関係が必要であるが，日本ベリサイン社の株価は，日本ベリサイン社の株価を全く反映していないものである。両社の株価が全く相関関係を有していないことに鑑みれば，日本ベリサイン社の従業員である原告が同社に提供する労務は，親会社である米国ベリサイン社に対して何ら影響を及ぼすものではないことが極めて明白である。
ｃ また，厚生労働省及び法務省の見解や労働法上及び商法上の解釈では，ストックオプション制度導入当初から，権利行使益について労務の対価ではないと解されてきている。
そして，そのように他の法分野（商法及び労働法）で確立した考え方と全く異なる見解を税法で採用する合理的理由も存在しない。
ｄ したがって，本件権利行使益が労務の対価でないことは明らかである。
(オ) 租税特別措置法２９条の２
租税特別措置法２９条の２は，我が国の商法上のストックオプションに関する規定であって，ストックオプション一般についての所得区分を明らかにした規定ではない。また，同条は，ストックオプションに対する課税に関して，その対象や課税価格の算定について様々な問題点が存することから，とりあえず，租税特別措置法上のストックオプションに限って，給与所得としての位置づけを与えた上で，課税の特例を定めたものにすぎずない
したがって，租税特説措置法２９条の２を根拠として，本件権利行使益について給与所得と解することはできない。
(カ) 以上によれば，本件権利行使益を給与所得と解することはできないというべきである。
ウ 一時所得に該当することについて
(ア) 一時所得の意義
一時所得に該当するには，①利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得及び譲渡所得に該当しないこと，②営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得であること（一時性・偶発性）及び③労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものであることが必要である（所得税法３４条１項）。
(イ) 本件権利行使益の一時性・偶発性
これを本件権利行使益についてみると，これが給与所得に該当しないことは前記のとおりであり，その他の７つの所得区分にも該当しない。また，本件権利行使益が労務の対価でないことも前記のとおりである。
そして，ストックオプションの権利行使益は株価の上昇により生じるものであるところ，株価は，将来の予想収益，金利，為替等の不確実な要素により変動し，しかも複数の要素が総合的に作用して形成されるものであるから，そのような偶発的な事実によって実現するストックオプションの権利行使益が偶発性を有する所得であることは明らかである。ストックオプションの付与自体が臨時的な給付であるし，仮にストックオプションの付与自体に偶発性がなかったとしても，権利行使益は偶発性を有する所得であり，オプションの付与とその行使による利益とは，明確に区別されるべきである。
本件においても，原告が本件ストックオプションを付与されたのは入社直後の１回にすぎず，行為の性質として１回的な臨時的なものにすぎないことは明らかである。
また，米国ベリサイン社の株価の推移をみると，原告が日本ベリサイン社を退職せず在籍していたと仮定したとしても，本件ストックオプションを権利行使することにより利益を得ることができたのは，平成１２年５月２８日から平成１７年３月末日まで約５年間のうち，平成１４年１月末日ころまでのわずか１年６か月の期間だけだったのである。すなわち，本件権利行使益は，発生することが株価の推移から極めて偶発的な確率を有する性質のものであり，たまたま米国ベリサイン社の株価が権利行使価格を上回る状態が生じた時期に，原告が投資判断で行使をしたことが功を奏し，たまたま得ることができた所得であることは明らかである。
このように，本件権利行使益は，米国ベリサイン社から一時的かつ偶発的に給付された所得ということができる。
(ウ) 他の一時所得とされる所得との比較
そして，会社（法人）からの贈与により取得する金品は，所得税法の解釈上も課税実務上も一時所得とされているところ（金子宏「租税法」，所得税基本通達３４－１参照），本件権利行使益は法人からの贈与により取得する金品に当たることは明らかである。
また，他の一時所得とされる生命保険契約に基づく一時金（所得税基本通達３４－１参照），退職金共済制度等に基づく一時金で退職手当等とみなされないもの（所得税法３１条，同法施行令７２条）等との比較からみても，本件権利行使益も一時所得と解すべきである。
(エ) 担税力と一時所得該当性
所得税法は，各種所得の担税力を考慮した種々の制度を設けているほか，これらの考慮が税法上の所得分類の上にも反映されており，累進課税の緩和を図る必要のある所得が，一時所得を含む臨時的・非回帰的所得とされる所得区分とされている。
そして，本件権利行使益についてみると，原告は，平成１２年に，日本ベリサイン社から支給された何倍もの金額の利益を本件ストックオプションの行使により得ており，このような収入が，臨時的・非回帰的所得であることはもちろんである。
また，本件権利行使益は，実質的には権利付与時から行使時までの株式の値上がり益に相当するものであり，権利者の行使という行為によりその値上がり益が一度に実現するものである。
そうすると，このような所得に回帰的所得と同様の高い累進税率を適用するのは過酷であり，そのことは一時所得又は譲渡所得に該当すると仮定した場合と比較すれば明らかである。
このような本件権利行使益の担税力からみても本件権利行使益が一時所得に該当するとする判断が妥当である。
(オ) 以上によれば，本件権利行使益が一時所得に該当することは明らかである。
エ 雑所得に該当しないことについて
雑所得は，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得及び一時所得に該当しない所得をいう（所得税法３５条１項）のであり，上記のとおり，本件権利行使益が一時所得に該当することは明らかであるから，本件権利行使益は雑所得に該当しない。
オ 最高裁平成１７年判決について
(ア) 射程外であること
最高裁平成１７年１月２５日判決（民集５９巻１号６４頁。以下「最高裁平成１７年判決」という。）は，海外親会社から付与されたストックオプションを行使して得た権利行使益の所得区分が争われた事案であるが，同判決は，ストックオプションを付与した海外親会社が日本子会社の株式を１００％保有し，日本子会社の役員の人事権等の実権を握って支配していたことを重視し，また，上記事件の上告人が日本子会社の代表取締役であったことから，「本件権利行使益が上告人が・・・職務を遂行したことに対する対価としての性質を有する経済的利益である。」とされ，「雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価として給付されたもの」と判断したといえる。
しかし，本件は，原告が本件ストックオプションの権利を行使した当時の米国ベリサイン社の日本ベリサイン社に対する持株比率が約５０％程度であり，米国ベリサイン社は特別決議に必要な３分の２以上の議決権を有せず，米国ベリサイン社は日本ベリサイン社の取締役を解任することはできない。
また，原告は日本ベリサイン社の従業員にすぎず，米国ベリサイン社が直接の人事権を有していないことは明らかである。
さらに，日本子会社の代表取締役が職務を遂行する上で，同人が米国親会社に与える影響と，日本子会社の従業員が職務を遂行する上で米国親会社に与える影響とは，その影響力に格段の違いがあることは明らかである。
よって，本件は，「非独立性」「対価性」について，最高裁平成１７年判決と同様の判断をすることはできない。
(イ) 最高裁平成１７年判決は見直されるべきであること
仮に，本件事案が最高裁平成１７年判決の射程範囲内であるとしても，同判決は，権利行使益の源泉及び労務の対価性について法解釈を誤ったものといわざるを得ず，最高裁平成１７年判決は見直されるべきであり，本件に適用することは不適切である。
カ 本件通知処分の違法性
以上のとおり，本件権利行使益は一時所得と解すべきところ，本件権利行使益を一時所得として行った更正の請求に対し，理由がないとした本件通知処分は違法である。
（被告の主張）
本件権利行使益は，所得税法上，給与所得に該当し，仮にそうでないとしても，雑所得に該当する。
ア ストックオプションの性格
(ア) ストックオプション制度の趣旨・目的
ａ ストックオプション制度は，ストックオプションを従業員，役員等（従業員等）に付与することにより，当該従業員等の精勤意欲の向上が期待され，付与会社も優秀な人材を誘引，確保するとともに会社の業績向上を図ることを期待することができるという，長期インセンティブ報酬（業績連動型報酬）の一種である。ストックオプションを付与された従業員等は，当該株式の時価が権利行使価格を上回った場合，この権利を行使して株式を取得し，当該株式の時価と権利行使価格の差額相当の経済的利益（権利行使益）を享受することができる。
ｂ ストックオプション付与契約における当事者の目的は，自社株式等とその権利行使価格に相当する金員の取得自体にはなく，権利行使価格を時価との差額に相当する経済的利益を精勤に対する報酬として従業員等に移転することにあり，この目的を達成するために，ストックオプションの付与の対象となるのは従業員等のみであり，また，付与契約において一定期間の勤務，権利行使期間，権利行使価格等の条件が定められ，さらに，付与されたストックオプションの譲渡が禁止され，退職等により雇用契約等が消滅した場合等には，権利が消滅したり権利行使期間が制限されたりするのが通常である。
ｃ このようなストックオプションの性質をまとめると，①ストックオプションの法的性質は，株式の売買の一方の予約における予約完結権であること，②ストックオプションは，従業員等の精勤意欲の向上を期待するとともに，優秀な人材を誘因・確保することにより会社業績の向上を期待した長期インセンティブ報酬の一種であるが，報酬として認識されているのは，無償で付与されるストックオプションそのものではなく，それを行使して得られる権利行使益であること，③ストックオプションは，②の目的達成のために，従業員等の地位にある者のみに付与され，その者の一定期間の勤務等の条件が付されるなど雇用契約等と密接不可分の関係にあり，退職等により消滅してしまう可能性があること，④前記③の条件を譲受しても，②の目的達成のために，被付与者である従業員等のみが権利行使するものとして譲渡が禁止されており，権利行使によってしか具体的に利益を得ることはできないこと，⑤被付与者は，ストックオプションを行使して株式引渡請求権を取得するが，他方，付与会社は行使時の時価より低額な権利行使価格での株式引渡義務を負い，実質的には，付与会社の損失において，権利行使時に被付与者に経済的な利益を与える関係にあること，⑥ストックオプションの行使は，専ら被付与者の意思にゆだねられており，権利行使可能になったからといって，行使されることが確実とはいえず，行使されないままストックオプションが消滅してしまう可能性もあることなどの性質を有するものである。
このように，ストックオプション制度は，「付与→一定期間の勤務→株価の上昇→権利行使による時価より低額での株式売買」という一連の過程を経て，初めて従業員等において権利行使益を取得できるもので，インセンティブ報酬として勤務先会社における勤務と不可分に結びつけられた仕組みである。従業員等としての地位にあるからこそストックオプションが付与され，かつ，現実に勤務を継続しなければ権利行使の機会を得られず，したがって権利行使益も得られないのである。
ｄ そして，本件のように米国における親会社から，我が国の子会社従業員等に対して付与された親会社株式のストックオプションであっても同様であり，親会社は，子会社株式を保有していることから，従業員等の精勤によりその勤務先の業績が向上すればより多くの配当を受けられるばかりでなく，業績向上により子会社株式の時価が上昇すれば親会社の実質的な資産も増加し，親会社株式の時価も上昇するという関係にあるのであって，従業員等とその勤務先である子会社との雇用契約等に従属する従たる契約であって，親会社株式の権利行使時における時価と権利行使価格との差額に相当する経済的利益を，従業員等の精勤に対する報酬として移転するため，付与会社が従業員等に対し，条件付の株式購入選択権をあらかじめ付与する趣旨の契約と解すべきである。
(イ) ストックオプションの法的性質
ストックオプション付与契約は，従業員等とその勤務先会社との雇用契約等に付された従たる契約（予約）というべきものであって，権利行使益を従業員等に取得させるため，会社と従業員等との間の雇用契約等を不可欠の前提として締結される，売買（株式譲渡）の一方の予約に類似する契約であり，従業員等の地位にあるストックオプションの被付与者のみが予約完結権を行使するものとして譲渡が禁止され，かつ，会社における一定期間の勤務等という停止条件が付されたものということができる。
そして，従業員等の地位にある被付与者が，労務を提供してストックオプション（予約完結権）を行使することができるようになり，これを行使して初めて株式譲渡契約（本契約）が成立し，付与会社は，被付与者に対し，権利行使価格相当額の金員支払請求権を取得することとなり，その結果，付与会社が当該株式を市場で売却（発行）すれば得られたはずのキャッシュフロー（当該株式の時価から権利行使価格相当額を差し引いた額）を，被付与者である従業員等にその労務の対価として移転するものである。
イ ストックオプションに係る課税の対象及び時期について
(ア) 所得税法は，「現実収入」があったときに「収入金額」（同法３６条１項）が発生したものとして課税することを原則としつつ，未だ現実収入はないが「（現実）収入の原因となる権利」が確定したときはその時点で「収入金額」が発生したものとして課税するという，権利確定主義を採用しているものと解される。
そして，このように解した場合，「現実収入」に該当するためには，経済的・実質的観点から，現金ないし容易に現金に換価され得るものを受領した場合であることを要すると解され，また，「収入の原因となる権利」とは，現実収入の交付ないし引渡しを請求する権利であると考えられる。
(イ) これを本件についてみると，本件ストックオプションは，インセンティブ報酬としての目的を達成するための譲渡禁止特約が付されており，被付与者以外の者は行使できず，これを取引の対象とする市場も存在しないのであるから，ストックオプションを付与されたのみでは，換価可能性がないものを与えられたにすぎず，付与されたストックオプションそれ自体が現実収入に当たるとはいえない。
そうすると，本件のようなストックオプションにおいては，権利行使益が「現実収入」であり，ストックオプションを行使して発生する株式引渡請求権が「収入の原因となる権利」に該当するものというべきである。
そして，上記のとおり，所得税法が権利確定主義をとっていることに照らすと，本件においても，株式引渡時ではなく，これに先立つ株式引渡請求権の発生が確定した時点，すなわち，ストックオプションの権利行使時に収入金額の発生を認めるべきである。
したがって，本件ストックオプション制度における収入金額の発生時は権利行使時であり，この時点における現実収入の額，すなわち権利行使益が「収入金額」（所得税法３６条１項）である。
このように，従業員等が付与会社から付与されたストックオプションに係る所得は，権利行使益のみであり，付与会社から付与されたストックオプションとそれを権利行使した結果付与会社から得られる権利行使益とに分断して，所得税の課税を考えるのは誤りである。
(ウ) このように解することは，商法上のストックオプションに関し，租税特別措置法２９条の２及び所得税法施行令８４条が権利行使時における権利行使益に対する課税を前提とした規定をしていることとも整合的である。
ウ 本件権利行使益が給与所得に該当することについて
(ア) ストックオプションに関する課税実定法規について
租税特別措置法２９条の２は，第２章「所得税法の特例」，第３節「給与所得及び退職所得」の中に置かれていることからすれば，ストックオプションの行使により生じる経済的利益は原則として給与所得として課税されることを前提とした上で，同条所定のいわゆる税制適格型のものについては，権利行使時において権利行使益に所得税を課さずに，株式の譲渡時まで課税の繰延べを認める趣旨のものと解される。また，所得税法施行令８４条は商法上のストックオプションについて権利行使益に課税する旨を明示している。
そうすると，現行法上，租税特別措置法２９条の２の要件を満たさない税制非適格型のストックオプションについては，権利行使時に権利行使益に対して給与所得として課税されるものであって，これと同様の性質を有する本件ストックオプションについても，所得税法３６条の解釈として，権利行使時に権利行使益に対して給与所得として課税されると解するのが，上記各規定の趣旨に照らしても相当である。
(イ) 給与所得の意義について
ａ 給与所得の意義
給与所得とは，「俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得」（所得税法２８条１項）であり，勤労性所得（人的役務からの所得）のうち，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供された労務の対価をいうものと解されており，その認定に際しては，支払者と受給者間の形式的法律関係のみではなく，支払の原因となった法律関係についての支払者と受給者の意思ないし認識，労務の提供や支払の具体的態様等を考察して，客観的，実質的に判断すべきである。
ｂ 使用者からの直接給付が給与所得の要件ではないこと
そして，所得税法２８条１項は，使用者からの直接給付であることを要件としておらず，「給付等」について，雇用契約の当事者間の給付に限られるとする法文上の根拠はない。
また，租税特別措置法２９条の２は，その適用対象を，会社が自社の従業員等に給付する場合のほか，子会社の従業員等に給付する場合に限定しており，同条は，親会社が子会社に勤務する従業員に対し給付する経済的利益が給与所得となることを当然の前提とするものと解される。
なお，最高裁昭和５６年判決は「使用者から受ける給付」であることを給与所得の要件としているようにもみえるが，同判決は，給与支給者と雇用契約等の当事者（使用者）とが一致する通常の場合について判断したものであり，同判決が雇用契約等の当事者以外の第三者からの給付の給与所得該当性を否定することまでを射程に含むものとは解されない。
そうすると，租税法規上は，ある給付が使用者から直接に受給者に給付されたものでないとしても，そのことのみによって給与所得該当性が否定されるものではない。
ｃ 労務と給付額との相関関係が給与所得の要件ではないこと
労働者の多くが，ほぼ全人格的に企業に帰属し，従業員等と企業との間には「長期多元決済」ともいうべき関係が成立・存続するという勤務形態が一般的な我が国の労働事情に照らせば，給与所得該当性の判断に当たり，個別具体的な労務提供とそれに対する対価支払という具体的対応関係を要求することは困難ないし不可能であって，むしろ従業員と使用者の関係を包括的に給与所得の発生原因としてとらえ，使用者から従業員に対して支給される金品は原則として給与所得とするのが相当というべきである。
そうすると，労務と給付額との相関関係は給与所得の要件ではなく，当該従業員等が提供した具体的な労務と給付額との間に何らの相関関係がなくても，従業員等の地位に基づいている限り，勤務の対価としての性質を有することから，すべて労務の対価であり，給与所得に該当するというべきである。
(ウ) 勤務先会社からストックオプションを付与される場合について
ストックオプションの趣旨・目的は前述のとおりであり，ストックオプションは，会社と従業員等の間で，付与後，従業員がその勤務先に一定の労務を提供することを必須の条件として成り立つ制度であり，当該労務の提供なしには権利行使益を取得することはできない。
これを被付与者である従業員等についてみると，従業員等は，付与後，従業員等としての地位に基づき，会社の指揮命令に服して一定期間勤務して初めて権利行使益を取得することができる（勤務なければ報酬なし。）。
一方，会社は，権利行使がされた場合には，権利行使価格と時価との差額（権利行使益相当額）を自ら負担して被付与者である従業員等に株式を与えることとなるが，会社が従業員等にその負担部分である経済的利益を与える理由は，まさしく，従業員等の一定期間の勤務によりその労働力を利用し，勤労の成果を得ることに対する報酬という点にある。
すなわち，会社が，従業員等に対し，ストックオプションに係る経済的利益を付与するのは，被付与者の勤務により会社が利益を受けるからにほかならないのであって，何らの見返るもなくこのような負担をするものではない。
そうすると，会社及び従業員等の関係を客観的，実質的にみれば，ストックオプションに係る権利行使益が，給与所得に当たることは明らかである。
(エ) 親会社からストックオプションが付与される場合について
ａ 親会社からストックオプションが付与される場合についても，以下に述べるように，そのストックオプションに係る権利行使益が給与所得に該当するというべきである。
ｂ 給与所得を規定する所得税法２８条１項は，雇用契約等の使用者からの給付に限定するとは規定しておらず，使用者以外の第三者からの給付であることの一事をもって給与所得から除外しているとは解されない。
ｃ 商法上のストックオプションに関する租税特別措置法２９条の２は，親会社が子会社の従業員等に付与したストックオプションについても給与所得に該当することを前提としており，したがって，同条は，親会社から付与されたストックオプションが子会社に対する労務提供の対価であることも当然の前提としている。
ｄ 最高裁昭和５６年判決は「使用者から受ける給付」であることを給与所得の要件としているようにもみえるが，同判決は，給与支給者と雇用契約等の当事者（使用者）とが一致する通常の場合について判断したものであり，同判決が雇用契約等の当事者以外の第三者からの給付の給与所得該当性を否定することまでを射程に含むものとは解されない。
ｅ 給与所得であるか否かの判断要素は，従業員等の立場からみて，それが従業員等たる地位に基づき，一定期間に空間的・時間的な支配を受けつつ労務を提供したことの対価と認められるか否かという実質的な点に求められるべきである。そして，この場合，空間的・時間的支配を受けたのが親会社であるか子会社であるかは，従業員等の立場からは特段の意味を持つとはいえないから，考慮する必要はないし，親会社においても，従業員に対する子会社の空間的・時間的支配を前提に給付しているのであるから，それは従業員等の地位に基づく給付とみて支障はなく，権利行使益についても，給与所得に該当することは明らかである。
ストックオプションの被付与者である子会社の従業員等にとっては，子会社の従業員等の地位にあり，子会社の指揮命令に服して一定期間勤務して初めて権利行使益を取得することができるという点では，権利行使は労務の提供を当然の前提としており，このような労務提供なくしては権利行使益を得られない関係にあるから，対価関係があることは明らかである。
親会社が，被付与者である子会社の従業員等に対し，実質的には自らの負担において経済的利益（権利行使益）を与える理由は，被付与者の子会社における労務の提供にある。これは，被付与者の子会社における勤務により子会社の業績が向上すれば，親会社も利益を受ける関係にあると認識されているからにほかならない。
使用者は，従業員等の勤労の成果が使用者に帰属するという関係にあるからこそ従業員等に給与を支給するものであるところ，使用者以外の第三者であっても，使用者を通じてその従業員等の労働力を利用し勤労の成果を得ることができる関係にある者が，当該従業員等に支給した金銭ないし経済的利益は，給与ということができる。この点，親会社は，株式や出資持分の保有を通じて，子会社を経営支配しており，子会社の従業員等の労働力を利用し，その勤労の成果を得ることができる関係にあるといえるのである。
加えて，親会社が子会社等のグループ企業の従業員等をも対象とするストックオプション付与制度を有している場合には，その子会社等も，その従業員等の勤労意欲の向上等により会社の業績が向上することを期待できるから，自社における労務を前提として，その従業員等に対し，親会社が権利行使益を与えることを容認しているものといえる。
そうすると，被付与者である子会社従業員等が取得するストックオプションに係る権利行使益は，直接の雇用契約関係にない親会社から受けるものであるが，使用者である子会社の指揮命令に服しての労務の提供に起因して得られるものであり，子会社における労務の対価として給与所得に該当するものというべきである。
ｆ 以上によれば，親会社から付与されたストックオプションについても権利行使益は給与所得に該当するものである。
(オ) 本件権利行使益について
米国ベリサイン社におけるストックオプション制度に基づき付与されたストックオプションについては，被付与者の生存中は，その者のみがこれを行使することができ，その権利を譲渡し，又は移転することができないものとされており，被付与者は，これを行使することによって，初めて経済的な利益を受けるものである。
そうであるとすれば，米国ベリサイン社は，原告に対し，本件付与契約により本件ストックオプションを付与し，その約定に従って所定の権利行使価格で株式を取得させたことによって，本件権利行使益を得させたものであるということができるから，本件権利行使益は，米国ベリサイン社から原告に与えられた給付に当たる。
本件権利行使益は，原告が従業員であった日本ベリサイン社からではなく，米国ベリサイン社から与えられたものであるが，米国ベリサイン社の日本ベリサイン社の株式保有割合からすれば，米国ベリサイン社は，実質的に日本ベリサイン社の従業員等の人事権等の実権を握って，日本ベリサイン社を支配しているものとみることができるのであって，原告は，米国ベリサイン社の統括の下に日本ベリサイン社の従業員としての職務を遂行していたものということができる。
そして，米国ベリサイン社におけるストックオプション制度は，現在及び将来の貢献が，ベリサイングループの成功にとって重要である者に対して，ストックオプション等の報奨を通じて，米国ベリサイン社の将来の業績に寄与する機会を提供することにより，これらの者を引き付け，引き止め，動機付けるためのインセンティブを提供することなどを目的としており，同社のストックオプションは，ベリサイングループの従業員等に対してのみ付与され，付与の対象となる従業員等，付与の時期，付与株式等の条件は，米国ベリサイン社の取締役会によって決定され，被付与者とベリサイングループとの雇用契約が退職等の理由により終了した場合には，未確定のストックオプションは行使できず，確定したストックオプションについても権利行使期間を制限し，被付与者がベリサイングループに対して継続的に役務を提供することを条件として行使可能としているのであるから，ベリサイングループの一定の従業員等に対する精勤の動機付けとすることなどを企図して設けられているものであり，米国ベリサイン社は，原告が上記のとおり職務を遂行しているからこそ，上記ストックオプション制度に基づき原告との間で本件付与契約を締結して原告に対して本件ストックオプションを付与したものであって，本件権利行使益が原告が上記のとおり職務を遂行したことに対する対価としての性質を有する経済的利益であることは明らかである。
したがって，本件権利行使益が，雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価として給付されたものとして，給与所得に該当するというべきである。
エ 本件権利行使益が一時所得に該当しないことについて
(ア) 一時所得の消極的要件としての対価性について
一時所得（所得税法３４条１項）に該当するためには，その所得が「労務その他の役務・・・の対価としての性質」を有しないものでなければならない。この一時所得の消極的要件としての「役務の対価性」の点は，その所得が一時所得か，それとも雑所得かの区分の基準となるものであり，双務契約における一方の履行に対する他方の給付という意味での「対価」としての性質にとどまらず，「労務その他の役務」が契約上の義務として行われた場合でなくとも，当該労務その他の役務を提供したことを評価し，これに対して金銭その他の経済的利益が給付された場合を含むものである。
本件ストックオプションに係る権利行使益が，子会社である日本ベリサイン社の従業員等としての地位及びその勤務に密接に関係する所得であることは明白であって，雑所得の要件である「労務その他の役務・・・の対価としての性質」を有するものに該当し，したがって一時所得には該当しない。
(イ) 偶発的，一時的な要素を持つ所得の所得区分について
一般に，所得は，何らかの経済取引から生じるものであり，その発生過程の中に偶発的な要素及び当該所得を稼得した者の経済状況についての判断が含まれることは，むしろ当然のことである。このような場合における物の価格の変動や当事者の判断は，所得の有無や多寡を決定する要素にすぎないのであって，当該要素をそれらの経済活動によって発生した所得の所得区分を判定する基礎とするのは，所得税法が，所得の源泉ないし性質に応じて所得区分を定めた趣旨に照らしてみれば誤りであることは明らかであり，株価の変動というものが偶発的であるからという理由で，株式を対象として生じた所得がすべて一時所得になるという考え方が誤りであることは明らかである。
(ウ) 以上のとおり，仮に本件権利行使益が給与所得に当たらないとしても，一時所得と解する余地はなく，少なくとも雑所得には該当する。
オ 最高裁平成１７年判決
最高裁平成１７年判決は，米国法人の子会社である日本法人の代表取締役であった上告人が親会社から付与されたストックオプションを行使して得た権利行使益の所得区分が争われた事案であり，同判決は，上告人の得た権利行使益は給与所得に当たると判断した。
同判決は，事例判断の形式をとっているものの，各社のストックオプション制度は基本的な点においては大差ないものであり，本件権利行使益についても雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価として給付されたものとして給与所得に当たるというべきである。
カ 本件通知処分の適法性
本件権利行使益が給与所得に当たる場合の原告の平成１２年分の課税総所得金額及び納付すべき税額は，いずれも原告の修正申告に係る課税総所得金額及び納付すべき税額と同額である。また，本件権利行使益が雑所得に該当する場合の課税総所得金額及び納付すべき税額は，いずれも原告の修正申告に係る課税総所得金額及び納付すべき税額を上回る。
したがって，本件通知処分は適法である。
(2) 争点２（本件通知処分が，租税法律主義又は租税平等主義に反するかどうか）について
（原告の主張）
ア ストックオプション訴訟の背景事情
本件ストックオプションのように，親会社が子会社の従業員等にストックオプションを付与した場合の所得税の課税については，法令及び通達の定めは存在しなかったが，国税庁は昭和５９年以降，ストックオプションの権利行使益が一時所得に該当する旨の見解を明らかにしており，税務職員は納税者に対し，かかる見解を前提とした指導を行ってきた。
しかし，課税庁は，平成１１年中ごろから突如として給与所得という取扱いをし始めた。そして，課税庁は，何ら納税者（国民）に対する通知を行わなかった。法律による定めを置かなかったことはもちろん，通達すら出されなかったのである。
イ 租税法律主義違反
(ア) 解釈ないし取扱いの変更が租税法律主義に反すること
憲法８４条は，「あらたに租税を課し，又は現行の租税を変更するには，法律又は法律の定める条件によることを必要とする。」として，いわゆる租税法律主義を定めている。
そして，解釈ないし取扱いの変更がされれば，それに応じて租税の内容も変更される以上，解釈ないし取扱いの変更も「現行の租税を変更する」に該当し，法律によらなければならないことは明らかである。
税法の解釈基準を示す税務通達は，具体的な課税を左右することになる場合も少なくなく，通達によって実質的に課税要件などの変更をもたらすことは，租税法律主義に反するものといわなければならない。
本件では，通達すら出さずに課税要件の変更がなされているのであるから，租税法律主義違反となることは当然である。
したがって，法律によらないで解釈ないし取扱いを変更した被告の本件通知処分は租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものである。
(イ) 租税要件明確主義に反すること
本件権利行使益が一時所得なのか給与所得なのか全く明確でなく，複数の見解が裁判所や税法学者の間で生じている。
このことは，労務の対価性の解釈が法律上全く不明確な根拠に基づく課税処分であり，原告ないし納税者の予測可能性を害するものであることからすれば，給与所得という解釈に基づいてなされた本件通知処分が租税要件明確主義を定めた租税法律主義（憲法８４条）に違反することも明らかである。
また，国民の代表機関たる国会による審議・議決及びその公布という法律制定のプロセスを一切踏んでいない状況下において，本件権利行使益のような雇用関係等が全くない外国親会社が日本子会社の従業員等に付与したストックオプションによって得た利益を，外国親会社に対する労務の対価と解釈する本件通知処分は租税要件明確主義を定めた憲法８４条に違反する。
ウ 租税平等主義違反
各種の租税法律関係において国民は平等に取り扱われなければならない。すなわち，課税の上で，同様の状況にあるものは同様に取り扱われなければならないのである（憲法１４条１項）。
まず，新株の引受けに係る権利を与えられた場合，有利な価格で新株を引き受けたことによる利益は長く一時所得として課税されていた。これと比べると新株引受権に類似するストックオプションについて給与所得として課税することは公平を失することは明らかである。
次に，前記のとおり，昭和５９年ころから約１５年にわたり，海外親会社から付与されたストックオプションの権利行使をすることで得た利益は一時所得として課税されていた。一連の更正処分が除斥期間との関係で平成８年以降であることを考えると，もし仮に原告が平成７年以前にストックオプションを行使していたとすれば，一時所得の課税で問題とされることはなかったのであり，平成１２年分について給与所得として課税することは，それ以前の約１５年以上にわたり一時所得として納税していた納税者との間に著しい不平等を生ずることになるのである。
また，新株引受権付社債の新株引受権（ワラント）をストックオプションの代替物として用いる制度である成功報酬型ワラントは，ワラント支給時にワラントの価値に対して給与所得として課税し，行使時には課税がなく，株式譲渡時に株式等の譲渡所得として課税されることとなるが，ワラントの価値は大きくなく，株式等の譲渡所得は極めて軽い課税がなされていたため，行使時に給与所得として課税されるよりも税負担が軽くなる。ワラントもストックオプションも会社法上はすべて新株予約権として同じ性質のものであるのに，なぜストックオプションを付与された場合にのみ重い課税が許されるのか，そこに合理的な理由を見出すことは不可能である。
さらに，商法上のストックオプションについては，租税特別措置法２９条の２により，一定の要件を満たす場合には，付与時・行使時に課税されず，譲渡時に譲渡所得として課税を受けられるが，海外親会社から付与されたストックオプションについては租税特別措置法の優遇措置がないため，著しく不均衡となる。同じ日本の従業員等が同じく日本の子会社に勤務し，同じように親会社からストックオプションの付与を受けて権利行使をした場合であるにもかかわらず，付与した親会社が外国法人か日本法人かによって，納税額が約倍額異なることになりこのような差別的取扱いに合理的な理由は全く見出せない。
以上のとおり，原告を含む一部の納税者がこのような差別的取扱いを受けることについて合理的根拠は存在しない。
したがって，本件通知処分は租税平等主義（憲法１４条）に反するものである。
（被告の主張）
ア 租税法律主義違反の主張について
(ア) 租税法律主義とは，「法律の根拠に基づくことなしには，国家は租税を賦課・徴収することはできず，国民は租税の納付を要求されることはない」（金子宏「租税法」）とする原則であり，ある課税処分が租税法律主義に違反する違法な処分であるというためには，①当該処分が法律の根拠なく行われたこと，ないし②法律の定めによらずに行われたことを要する。
我が国においては，平成７年の新規事業法の改正により初めて，本来の長期インセンティブ制度としての機能を有するストックオプション制度が導入され，平成９年にストックオプション制度を一般的に導入する旨の閣議決定がなされ，商法改正により本格的に導入され，税制面においても所要の整備がなされる中で，米国におけるストックオプション制度の概要，個別の外資系会社におけるプランの内容等も明らかになっていき，遅くとも平成１０年分所得税の確定申告期以降は，海外親会社から付与されたストックオプションの権利行使益が給与所得に該当すると正しく認識するに至り，当該権利行使益の所得区分に関する見解を，一時所得から給与所得に改めたのである。
憲法８４条は，「あらたに租税を課し，又は現行の租税を変更するには，法律又は法律の定める条件によることを必要とする。」と規定して租税法律主義を定めているが，定められた法律を前提として，これを，解釈し，適用することが，租税の創設，改廃，変更に当たらないことは明らかであり，したがって，法律の解釈ないし取扱いの変更が，憲法８４条の「現行の租税を変更する」に該当しないことも明らかである。
そして，最高裁昭和３３年３月２８日判決（民集１２巻４号６２４頁），最高裁昭和３８年１２月２４日判決（裁判集民事７０号５１３頁），最高裁昭和４１年９月７日判決（判例時報４６２号５７頁）のいずれも最高裁判例も，法律の解釈ないし取扱いの変更は，憲法８４条に反しないとしている。
また，法律による行政が強く支配する領域においては，慣習法の成立は認め難いとされ，とりわけ租税法は，正に租税法律主義の要請により，いわゆる行政先例法といわれるものを含めて，成文法に抵触する慣習法が成立する余地はなく，また，権利行使益の所得区分が一時所得であるとの解釈が，一般国民の法的確信を得て法にまで高められていたともいえない。
したがって，本件権利行使益を給与所得として取り扱うことが租税法律主義に反するものではない。
(イ) 憲法８４条の定める租税法律主義に照らし，法令において課税要件に関する定めをなす場合に，その定めはなるべく一義的で明確でなければならないと解されているところ，給与所得について「これらの性質を有する給与に係る所得」と包括的に規定する所得税法２８条１項自体が課税要件として不明確な規定でないことは明らかである。
本件権利行使益が同項所定の給与所得に該当するか否かは飽くまで法律の解釈適用の問題であるところ，被告は，原告と親会社の関係を含めたストックオプション付与契約に係る一切の事情を考慮して，本件権利行使益は「労務の対価」として給与所得に該当すると認定判断したものであり，これは拡張解釈でも類推解釈でもなく，何ら租税要件明確主義の要請に反するものではない。
イ 最高裁平成１７年１月１８日決定
最高裁平成１７年１月１８日決定においては，ストックオプションの権利行使益に対する給与所得としての課税の適否が争われたが，上告人の租税平等違反についての主張を含む上告理由に対し，上告理由に該当しないとして上告を棄却し，同事件における各更正処分が租税法律主義や租税平等主義に違反するものでないことを明らかにしている。
第３当裁判所の判断
１ 争点１（本件ストックオプションを行使したことによる本件権利行使益が，給与所得，一時所得又は雑所得のいずれに該当するか）について
(1) 問題の所在
本件においては，本件ストックオプションの権利行使益（本件権利行使益）が，給与所得，一時所得又は雑所得のいずれに該当するかが問題となっている。
ところで，前記のとおり，商法の規定に基づくストックオプションについては，所得税法施行令８４条により，その権利行使益が課税価格とされているがその所得区分に関する規定がなく，商法の規定に基づく一定のストックオプションについては，租税特別措置法２９条の２により，その付与時や権利行使時に所得税を課税せず，権利行使によって取得した株式を譲渡した時点で，譲渡価額と権利行使価額の差額に対し譲渡所得として課税するものと定められている。
しかし，所得税法施行令８４条，租税特別措置法２９条の２はともに，その適用対象を商法上のストックオプションに限定しており，商法の規定に基づかない本件ストックオプションについてはその適用はない。
したがって，本件ストックオプションの権利行使益（本件権利行使益）が給与所得，一時所得又は雑所得のいずれに該当するかの問題は，所得税法２８条１項，３６条等の関係法令の解釈問題といえる。
(2) 所得区分
所得税法３４条１項は，一時所得につき，「利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得及び譲渡所得以外の所得のうち，営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう。」と規定し，また，同法３５条１項は，雑所得につき，「利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得及び一時所得のいずれにも該当しない所得をいう。」と規定している。
したがって，ある所得が一時所得又は雑所得に該当するというためには，それが給与所得に該当しないことを要することになる。
そこで，本件権利行使益の所得区分を判断するに当たっては，まず，本件権利行使益が給与所得に該当するか否かを検討すべきこととなる。
(3) 本件ストックオプションの内容等
本件権利行使益の給与所得該当性を判断するに際しては，まず，本件ストックオプションそのものの目的，性質及び本件ストックオプションを行使したことによって得られた権利行使益（本件権利行使益）の性質について検討する必要がある。
ア 本件ストックオプション
一般に，ストックオプション制度は，会社が，自社又は子会社の従業員等に対し，自社又は子会社における勤務等を条件として，自社株式を一定の期間内にあらかじめ定められた権利行使価格で購入することができる権利を付与するものである。
そして，本件ストックオプションの性質・内容は前記認定事実のとおりであるが，これを要約すると以下のようなものである。
米国ベリサイン社は，ベリサイングループの成功にとってその者の貢献が重要な意味を持つベリサイングループ従業員等に対し，ベリサインストックオプションを付与することによって，米国ベリサイン社の将来の成果にあずかる機会を提供することで，ベリサイングループ従業員等の人材を惹き付け，維持し，やる気を起こさせる誘因を与えることを目的する本件プランを有しており，本件プランに基づき，米国ベリサイン社の取締役会等がベリサインストックオプションの付与の対象となる従業員等，付与の時期，付与株式数等を決定する。
そして，本件ストックオプションは，本件プランに基づき米国ベリサイン社の取締役会の決定を経て，米国ベリサイン社が，米国ベリサイン社や日本ベリサイン社の成功にとって貢献が期待でき，また，その貢献がベリサイングループにとって重要な意味をもつ従業員等に，会社の将来の成果にあずかる機会を提供することで，それらの人材を惹き付け，維持し，やる気を起こさせる誘因を与えることを目的として，米国ベリサイン社の株式保有率５０％強の子会社である日本ベリサイン社の従業員である原告に付与したものである。
本件ストックオプションは，原告が米国ベリサイン社の普通株式を一定の権利行使期間内にあらかじめ定められた権利行使価格で購入することができるものである。本件ストックオプションの付与が米国ベリサイン社及び日本ベリサイン社と原告との間の雇用関係について影響を及ぼすものではないが，本件ストックオプションは，原告が継続して米国ベリサイン社又は日本ベリサイン社に対し役務を提供していることを条件として行使可能となるものであり，原告が一定の事由を除き退職した場合にはその権利行使期間が制限されるものであって，原告は，遺言又は相続によらなければ本件ストックオプションに係る権利を譲渡することはできず，原告が生存中は原告のみが権利を行使できるというものである。
イ 本件ストックオプションの目的
このような本件ストックオプションの性質からみると，米国ベリサイン社が，株式保有率５０％強の子会社である日本ベリサイン社の従業員である原告に対し，原告の米国ベリサイン社や日本ベリサイン社の貢献を期待し，原告に会社の将来の事業の成果をあずかる機会を与えること，すなわち，子会社である日本ベリサイン社の従業員の経済的利益と株式の価値の向上を結びつけることによって，重要な人材を引きつけ，維持し，やる気を起こさせる誘因を与えることを目的として米国ベリサイン社の取締役会の決定に基づき付与したものである。
そして，上記のような目的を達成するために，原則として原告が日本ベリサイン社の従業員たる地位を保持する限度において本件ストックオプションを行使し得るものとし，また，原告が生存する限り原告のみがその権利を行使し得るものとして，本件ストックオプションの権利行使について，原告の日本ベリサイン社における就労の継続を前提条件としているのである。
そうすると，本件ストックオプションは，原告の日本ベリサイン社における職務の継続及び貢献が，勤務会社の業績の向上，ひいては付与会社の株価の上昇に影響し得ることを期待し，原告の従業員たる地位に報いることを目的として付与されたものであるということがいえる。
ウ 本件ストックオプションにより生じ得る利益の性質・内容
次に，本件ストックオプションの付与を受けた原告が本件ストックオプションにより受けることのできる利益についてその段階をおって検討すると以下のとおりである。
(ア) ストックオプションの付与
本件ストックオプションの被付与者は，米国ベリサイン社から本件ストックオプションを付与された時点においては，将来的に株式を一定の価格（権利行使価格）で買い取る権利を無償で受けることになる。
(イ) 権利行使益
本件ストックオプションの被付与者は，あらかじめ一定の権利行使期間内において本件ストックオプションの行使をして権利行使価格相当額を米国ベリサイン社に払い込むことによって，米国ベリサイン社から新株の発行を受ける又は新株の発行に代えて米国ベリサイン社の自己株式を受けることができ，その際，米国ベリサイン社の株式の市場価格より権利行使価格より低い場合には，被付与者は，米国ベリサイン社に払い込んだ払込価格と市場価格の差額相当額の経済的利益（含み益）を権利行使益として取得することとなる。
本件ストックオプションの権利行使については，その権利行使期間内であっても本件ストックオプションを行使して株式を買い受けるかどうかは被付与者の判断に任されるものであり，被付与者は本件プラン及び本件付与契約に定められた条件（権利行使条件，期間，権利行使価格等）の範囲内で自由に決定することができる。
そして，米国ベリサイン社の株式の株式市場による価格が日々変動するものであるから，その権利行使の時期によって権利行使益の発生の有無及びその額が異なるため，被付与者は，米国ベリサイン社の株価に関心を持ち，自己の判断によって最も大きな権利行使益が得られると見込んだ時点で権利行使をすることとなる。なお，権利行使益は，米国ベリサイン社の株式の市場価格より権利行使価格の方が高い場合であれば，権利行使益は発生せず，むしろ市場価格より高い価格で株式を買うことになり株式の含み損を受け取ることになるが，本件ストックオプションは被付与者に権利行使することを義務付けているものではなく，本件ストックオプションの行使をしなければ上記含み損が発生することもないから，米国ベリサイン社の株式の市場価格より権利行使価格の方が高い場合には，結局被付与者はその行使を控えることになるのが一般である。そのため，被付与者は，米国ベリサイン社の株式の市場価格より権利行使価格の方が高い場合には本件ストックオプションの行使を控えることもできるし，逆に米国ベリサイン社の株式の市場価格より権利行使価格の方が低い場合には，本件ストックオプションを行使して米国ベリサイン社の株式を取得することもできる。
このように，本件ストックオプションは，付与された時点では権利行使がされるか否かは不確定であり，被付与者が権利行使することによって初めて経済的利益が発生するものであり，その権利行使益の額は，権利行使の際の米国ベリサイン社の株式の市場価格に左右されるものである。
(ウ) 売却益
次に，被付与者が本件ストックオプションを行使して米国ベリサイン社の株式を取得した場合には，その株式を保有することも他に売却することもできるが，その株式を他に売却した際には，株式の市場価格が権利行使価額より高い場合に限り売却益を得ることができ，本件ストックオプションの行使により取得した株式の価値が売却時までにさらに増加した場合には当該増加分について増加益を得ることとなる。
(エ) このように，本件ストックオプションの被付与者である原告は，米国ベリサイン社から本件ストックオプションに係る権利を付与され，一定の事由で退職しない限り，あらかじめ定められた条件（株式数，権利行使期間，権利行使価格等）において，原告自らの判断において，本件ストックオプションの行使をし米国ベリサイン社の株式を買い取ることによって権利行使益を得ることができ，さらに，その株式を売却した時にその増加益が生じる場合にはその増加益も得ることができ，一方，株価の状況によっては原告が本件ストックオプションの行使を控えることによってその損失の発生を防ぐことができるのである。
エ 以上のような本件ストックオプションの目的・性質をまとめると，本件ストックオプションは，原告の日本ベリサイン社における職務の継続及び貢献が，日本ベリサイン社ないしベリサイングループの業績の向上をもたらす（その結果として米国ベリサイン社の株価の上昇に影響し得る）ことを期待して原告の従業員たる地位に報いることを目的とするものであって，本件ストックオプションの内容としては，被付与者である原告が継続して米国ベリサイン社又は日本ベリサイン社に対し役務を提供していることを条件として，あらかじめ定められた条件（株式数，権利行使価格，権利行使期間等）において，原告自らの判断によって本件ストックオプションを行使することができるものであるといえる。
(4) 本件ストックオプションの課税関係
ア 課税時期について
所得税法の課税物件は，個人の「所得」であるところ，所得には現金に限らず，現物給付・債務免除益等の経済的利益も含まれると考えられている（包括的所得概念）。
そこで，前述のような本件ストックオプションの性質に鑑みると，所得税法上の所得たる経済的利益が発生すると想定される時期としては，
①ストックオプション自体の付与時
②ストックオプション行使時
③株式売却時
が考えられる（上述したように，ストックオプションの課税に関する国内法上の規定は，商法の規定に基づくストックオプションについては一定の定めがなされているものの，本件ストックオプションのような外国親法人から国内子会社の従業員に対して付与するストックオプションについては国内法上所得区分はもちろんいかなる時点において課税すべきであるかの規定についても存在しない）。
イ 本件ストックオプションの課税時期についての検討
(ア) 本件ストックオプションは，前記のように無償で発行されているものであるから，権利行使をする際に，市場価格が権利行使価格を上回る場合には，その権利行使をすることにより利益を得ることができ，他方，市場価格が権利行使価格を下回る場合には権利を行使しなければ損失は発生しない。そうすると，原告がいつ権利行使するかによって権利行使益の有無又はその多寡が変動するものの，通常の判断で本件ストックオプションの行使を行う範囲であれば本件ストックオプションの行使によって損失を被ることはない。
このような本件ストックオプションの性質に鑑みれば，本件ストックオプションは将来的には損失を被ることはなく，その額が大きくなるかなくなるかという不確定要素はあるものの，将来的に利益を得る蓋然性をもった権利ということができるから本件ストックオプションそれ自体何らかの価値を有しているものといい得る。とすれば，本件ストックオプションの付与自体を捉えてその価値について所得課税することも理論的に全く不可能というものではない。
しかし，所得税法３６条１項は，その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもって収入する場合には，その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とし，同条２項は，上記経済的な利益の価額は，当該物若しくは権利を取得し，又は当該利益を享受する時における価額とする旨規定しているところ，上記各規定は，収入がない場合であっても収入の原因たる権利が確定的に発生した場合には，その時点で所得の実現があったものとする権利確定主義を採用しているものと解される（最高裁昭和４９年３月８日判決・民集２８巻２号１８６頁参照）。
そうすると，現実の収入又は収入の原因たる権利が確定的に発生した場合において初めて収入金額として所得課税をすべきこととなる。
そして，上述のように本件ストックオプション自体に何らかの価値を観念し得ることは否定できないものの，本件ストックオプション自体は株式の引渡しを請求できる権利ではなく，株式譲渡契約を成立させることのできる権利にすぎないのであって，本件ストックオプションは譲渡性を否定され，換価可能性もないのであるから，相続による場合を除いて原告が自らその権利を行使し株式を購入する以外は，本件ストックオプションの価値を現実化し，原告が何らかの具体的利益を手にすることはできないのである。また，将来の米国ベリサイン社の株価が権利行使価格を上回るかどうか不明であるし，たとえ上記株価が権利行使価格を上回る見通しがあったとしても，本件ストックオプションを行使するかどうか及びその権利を行使するとしてもいかなる時点で権利行使するかは，原告の意思・判断にゆだねられているのであって，原告が結果的に本件ストックオプションを行使せずに終わった場合には原告は何らの具体的な利益を手にする機会を得ることなく終わる結果となるのである。
とすれば，本件ストックオプション自体が何らかの価値を有しているとしてもその価値は抽象的であり，かつ，その価値の把握が現実的に困難である以上，本件ストックオプションの付与をもって，上記「収入」や「収入の原因たる権利」ということは困難である。このことは本件ストックオプションの権利行使可能時についても同様であり，権利行使可能になっただけで，「収入」や「収入の原因たる権利」ということも困難である。
(イ) そして，原告が本件ストックオプションを行使し，権利行使価格相当額の金員を提供することで，当該株式の引渡しを求める法的権利が確定するのであり，一方，米国ベリサイン社は当該株式を引き渡す義務が発生するのであるから，原告が本件ストックオプションを行使し，権利行使価格相当額の金員を米国ベリサイン社に払い込むことによって，初めて当該株式の引渡請求権が発生し，その時点で市場価格と権利行使価格との差額の含み益（権利行使益）が具体的に確定するものというべきである。
そうすると，本件ストックオプションの行使時に初めて「収入の原因たる権利」が確定したものといえ，その権利行使によって確定した市場価格と権利行使価格の差額たる含み益（権利行使益）という経済的利益をもって「収入すべき金額」（所得税法３６条１項）として所得課税の対象となるべき所得とみるべきである。
したがって，本件ストックオプションについてはその性質・内容に鑑みると，本件ストックオプションの権利行使時にその権利行使益に課税するのが相当ということとなる。なお，このことは，所得税法施行令８４条が，商法上のストックオプションに関して，権利行使益を課税価格としていること，租税特別措置法２９条の２が，商法上の一定のストックオプションに関し，権利行使益に所得課税を行わず，当該株式売却時に課税する旨規定し，権利行使益に所得課税を行うことを前提として規定していると考えられることとも整合するものである（米国親会社から受ける本件ストックオプションも，ストックオプションとしての性質については商法上のストックオプションと差異がないものといえる。）。
(ウ) この点に関し，原告は，①成功報酬型ワラントが支給時に当該ワラント自体の価額相当額に対して給与所得として課税されていること，②ストックオプションを相続した場合，相続時における株価と権利行使価格との差額について相続税を課税する扱いとされていることと比較して不均衡であると主張する。
しかし，①については，ワラント自体は有価証券上の権利として，社債と分離して流通に置かれるものであることを予定されており，本来的に譲渡性があるものであり，市場における経済的価値を有するという点で本件ストックオプションとはその経済的価値の評価において異なるものであるといえる。また，②については，所得税法は上述のように実現した利益に課税をするものであるところ，一方で相続税法は相続によって取得した財産に課税をするものであるから，所得税法と相続税法とではその課税対象を異にするものであって，相続税法上本件ストックオプションの相続がされた場合に課税されることとされているとしても，所得税法上いまだ実現した利益がないとして課税されないことは何ら不合理ではない。
したがって，原告の上記主張は採用できない。
(エ) 以上のとおり，本件ストックオプションについては，その付与時において所得が発生したとみることはできないから，その付与時に課税関係は生じることはなく，その権利行使時において初めて権利行使益を所得として認識し，所得税の課税対象となるものと考えられる。そして，本件ストックオプションの行使により取得した株式を売却したことによって株式の増加益が生ずる場合については資産の譲渡として譲渡所得（所得税法３３条１項）として課税対象とされることとなる。
以下，このような本件ストックオプションの課税関係を前提として本件権利行使益の所得区分を検討する。
(5) 本件権利行使益の給与所得該当性
ア 給与所得の意義
所得税法２８条１項は，「給与所得とは，俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいう。」と規定しており，具体的に列挙された俸給等のほかに，「これらの性質を有する給与」をその名称にかかわらず給与所得に含め，課税上，同一の取扱いをすることとしている。そして，列挙された俸給等の内容，事業所得等と他の所得との相違点にも鑑みると，給与所得とは，雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な人的役務の提供（労務）の対価として給付されたものをいうものと解される。
そこで，本件ストックオプションの権利行使益（本件権利行使益）が上記のような雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な人的役務の提供（労務）の対価として給付されたものといえるかどうかを検討することとなるが，その際の具体的な問題点としては，①米国ベリサイン社は，原告に対し，本件ストックオプションを付与したものであるが，一方で本件権利行使益は，株式の動向等に鑑みた上での原告の意思と判断に基づき本件ストックオプションを行使した結果として生じるものであるところ，そもそもそのような性質を持つ本件権利行使益が米国ベリサイン社から原告に給付されたものといえるかどうか，②本件権利行使益が米国ベリサイン社から原告に給付されたものといえるとしても，米国ベリサイン社は原告の直接の使用者ではなく米国ベリサイン社と原告との間には直接の契約関係が存在しないことや本件権利行使益の具体的金額は米国ベリサイン社が決定するものではなく，原告の具体的労務の提供とその権利行使益の額が対応していないとも思われることから，それでも本件権利行使益が雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な労務の対価ということができるかどうか（対価性），という２点が考えられる。
そこで，以下上記２点を順に論じることとする。
イ 本件権利行使益が米国ベリサイン社から原告に給付されたものといえるかどうか
(ア) これまで述べたように，本件ストックオプションは，本件プランに基づき，原告の日本ベリサイン社における職務の継続及び貢献が，日本ベリサイン社ないしベリサイングループの業績の向上をもたらし，その結果米国ベリサイン社の株価の上昇に影響し得ることを期待して原告の従業員たる地位に報いることを目的として米国ベリサイン社の取締役会の決定に基づき付与されたものであり，本件ストックオプションは，原告が継続して米国ベリサイン社又は日本ベリサイン社に対し役務を提供していることを条件として行使可能となり，一定の事由を除き退職した場合にはその権利行使期間が制限され，原告は本件ストックオプションを譲渡することはできず，原告が生存中は原告のみがその権利を行使することができ，本件ストックオプションを受けた原告は，あらかじめ定められた条件（株式数，権利行使価格，権利行使期間等）において原告自らの判断によって本件ストックオプションを行使し，その際に市場価格と権利行使価格との差額においてその利益を得ることができるというものである。
このように，本件プランに基づき付与された本件ストックオプションは，原告の生存中は原告のみがあらかじめ定められた条件でこれを行使することができ，その権利を譲渡し又は移転することができないのであり，原告は，このような本件ストックオプションを行使した結果として，権利行使益を取得することができるといえるのである。
とすれば，このような本件ストックオプションの性質を客観的にみれば，本件付与契約は，本件ストックオプションを付与し，その権利行使期間において原告が権利行使をすることによってその株式の市場価格と権利行使価格との差額に相当する利益（権利行使益）を得ることを当然の前提としているのであり，原告が本件ストックオプションに関し具体的な利益を手にする方法としては，原告がその権利行使をする以外にはないのであるから，本件付与契約は，本件ストックオプション自体の付与のみを目的としてその給付の対象とするものではなく，本件ストックオプションの権利を行使することによって得られる権利行使益（本件権利行使益）を与えることを目的としてその給付の対象とすることを合意していたものとみるのが相当である。そして，日本ベリサイン社の従業員であった原告は，そのような本件付与契約に定められた条件に基づいて本件ストックオプションを行使し，米国ベリサイン社の株式の交付を受け，本件権利行使益を得ることができたのである。
そうすると，米国ベリサイン社は，原告に対し，本件付与契約により本件ストックオプションを付与し，その約定に従って所定の権利行使価格で株式を取得させたことによって，本件権利行使益を得させたものということができるのであるから，本件権利行使益は，米国ベリサイン社から原告に与えられた給付に当たるものというべきである。
(イ) この点，原告は，ストックオプション制度は，ストックオプションそれ自体が職務執行の対価としてとらえられるものであり，権利行使益は，付与会社のもとを離れ，被付与者に移転したストックオプションの権利行使の結果生じた利益にすぎないから，付与会社は権利行使益を被付与者に与えたものではないと主張する。
しかし，前述のとおり，本件ストックオプションの性質を詳細に検討すれば，米国ベリサイン社は，原告との間で，本件付与契約において，原告が本件ストックオプションの行使をした場合には，その時点での当該株式の時価と権利行使価格との差額相当額の経済的利益を原告に取得させることを合意しているのであり，その合意に基づいて，米国ベリサイン社から原告に権利行使益が移転されるというべきであるから，本件権利行使益は原告が米国ベリサイン社から受けた給付というべきである。確かに，権利行使益の発生の有無及び多寡は，株価の変動や原告の権利行使の時期についての判断によって左右されるものであるが，それは，本件付与契約によって合意された権利行使の条件（株式数，権利行使期間，権利行使価格等）によってあらかじめ定められた範囲内において定まるものであり，まさに本件付与契約において合意されたことの結果にすぎない。
そうすると，本件権利行使益の発生及びその金額が株価の変動や原告の権利行使時期の判断に左右されるものであるとしても，本件権利行使益が米国ベリサイン社から原告に与えられた給付に当たることを否定することはできないものであり，本件ストックオプション自体の価値と本件ストックオプションを行使したことにより発生した権利行使益（本件権利行使益）を分離して本件権利行使益の給付性を否定する原告の上記主張は採用できない。
(ウ) また，原告は，ストックオプションの付与会社は，その権利行使益に伴って特別の出捐をしたり損失を被るわけでもなく，法人税法上も会計上も付与会社側の処理として，権利行使益を費用ないし損失として認識することはないから，付与会社である米国ベリサイン社が権利行使益を付与しているという認識はないと主張する。
しかし，本件権利行使益が原告に給付されたといえるかどうかは，本件ストックオプションの性質，内容から客観的，実質的に判断すべきであって，必ずしも法人税法，会計上の処理として付与会社がその権利行使益を具体的かつ明確に費用ないし損失として扱っていなかったとしても，直ちにその給付性を否定することはできない。
そして，米国ベリサイン社にとっては，自社株方式であれば，本来自社株を自ら所持し，又は市場価格において処分することができたはずであるところ，原告が本件ストックオプションを行使した場合には，市場価格より低い価格を対価として自社株を原告に交付することになるのであり，その結果として権利行使当時の株式の市場価格と権利行使価格との差額である権利行使益に相当する経済的利益（含み益）を原告に帰属させることとなるのであるし，また，新株発行方式であっても同様に，米国ベリサイン社にとっては，本来市場価格相当額で発行し資金として得ることができたはずであるところ，原告が本件ストックオプションを行使した場合には，市場価格より低い価格で新株を発行し原告に交付することになるのであり，権利行使益に相当する経済的利益を原告に帰属させることとなるのであるから，いずれの場合においても，実質的にみれば，米国ベリサイン社にとっては本件権利行使益分の経済的損失を受けているとみることができるのである。とすれば，米国ベリサイン社は，実質的にみれば，本件権利行使益に相当する分を米国ベリサイン社の出捐ないし損失において，原告に帰属させているといえるのであり，原告の上記指摘も本件権利行使益が米国ベリサイン社から原告に付与されたものであることを否定するものではない。
ウ 本件権利行使益が原告の労務の対価といえるかどうか（対価性）
(ア) これまで述べたとおり，米国ベリサイン社は，ベリサイングループの成功にとってその者の貢献が重要な意味を持つベリサイングループ従業員等に対し，ベリサインストックオプションを付与することによって，米国ベリサイン社の将来の成果にあずかる機会を提供することで，ベリサイングループ従業員等の人材を惹き付け，維持し，やる気を起こさせる誘因を与えることを目的とする本件プランを有しており，そのような本件プランに基づき米国ベリサイン社の取締役会の決定を経て米国ベリサイン社より付与された本件ストックオプションは，原告の日本ベリサイン社における職務の継続及び貢献が，日本ベリサイン社ないしベリサイングループの業績の向上をもたらし，その結果米国ベリサイン社の株価の上昇に影響し得ることを期待して原告の従業員たる地位に報いることを目的とするものである。
そして，原告は，日本ベリサイン社でその職務に従事した上で，本件ストックオプションを行使したことによって本件権利行使益を得ることとなったのである。
ところで，前記のとおり，日本ベリサイン社の発行済株式総数の約５０％強について米国ベリサイン社が保有するものであるところ，日本ベリサイン社は，米国ベリサイン社とライセンス契約を締結し，米国ベリサイン社が開発し，かつ権利を有していた製品ないしサービスについて，一定の対価を支払って日本等でサービスを行っており，また，日本ベリサイン社の売上高のうち約９０％という大部分が米国ベリサイン社が開発し，かつ，権利を有する製品ないしサービスによる売上げによって占められている。また，原告は，本件ストックオプションの付与を採用の条件として，米国ベリサイン社と上記のような関係にある日本ベリサイン社の従業員に採用された上で，本件付与契約により本件ストックオプションの付与を受け，その後日本ベリサイン社の従業員として同社のシステム技術部兼オペレーション部長として勤務していたというのである。
このように，本件ストックオプションを付与した米国ベリサイン社は原告と何ら関係のない会社とは到底いえないものであって，むしろ，米国ベリサイン社は日本ベリサイン社の発行済株式総数の過半数を保有し，日本ベリサイン社は米国ベリサイン社との間でライセンス契約を締結し，米国ベリサイン社の開発し，かつ権利を有する製品ないしサービスを日本等でサービスを行うことによって利益を上げていたというものであるから，米国ベリサイン社は，日本ベリサイン社の経営，人事等の実権に関し実質的な支配権を握っていると優に推認できるものである。このような日本ベリサイン社と米国ベリサイン社の関係に鑑みれば，原告が日本ベリサイン社の従業員としての職務を遂行し，日本ベリサイン社の業績の向上に努めることは米国ベリサイン社の業績の向上（ひいては株価の上昇）にとっても有益であるということができる。さらに，これまで述べたように，原告が本件ストックオプションを行使した場合には，本件権利行使益が米国ベリサイン社の負担のもとに原告に移転されることになるが，米国ベリサイン社が何らの見返りもなく経済的負担を負うことは考え難く，そのような経済的負担を伴って原告に権利行使益を付与するのは，ベリサイングループ及び米国ベリサイン社と上記のような関係にある日本ベリサイン社に対する原告の労務の提供があるからこそに他ならない。
そうすると，米国ベリサイン社は，原告が，米国ベリサイン社と上述のような関係にある日本ベリサイン社の従業員として職務に従事し，原告の精勤が日本ベリサイン社の業績の向上，ひいては米国ベリサイン社の業績の向上（株価の上昇）に結びつくことを企図して，原告に対し，本件ストックオプションを付与したものというべきであり，本件ストックオプションを行使したことによる本件権利行使益は，原告が日本ベリサイン社の従業員としての職務を遂行したことに対する労務の対価としての性質を有する経済的利益であるというべきである（なお，本件権利行使益の一部については，原告が日本ベリサイン社退職後に得たものであるが，本件ストックオプションは，一定の事由を除き退職した場合は，退職後３か月以内に限り権利行使をすることができるとされており，原告も上記期間内に権利行使してその権利行使益を得たものであって，これまで述べたような本件ストックオプションの目的・内容に照らせば，原告が退職後に権利行使をして得た権利行使益についても原告が日本ベリサイン社の従業員としての職務を遂行したことによる労務の対価であることには変わりはない。）。
(イ) この点，原告は，所得税法上の給与所得は，使用者から支給される給付であることを当然の前提としており，最高裁昭和５６年判決も使用者から支給される給付をもって給与所得に該当すると解していることは明らかであるとした上で，本件においては原告と米国ベリサイン社との間に雇用契約等は存在しないから，使用者以外の者から支給された給付について給与所得とするには立法上の手当が必要であると主張する。
しかし，所得税法２８条１項は，「給与所得とは，俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいう。」と規定するのみであり，上記規定の文言上，給与所得該当性の前提条件として，使用者から直接給付されるものであることを要求しているものということはできない。
また，所得税法は，所得を利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得，一時所得又は雑所得に区分しているところ（同法２１条１項１号），これは，各種所得をその源泉ないし性質に応じて分類し，その金額の計算において，それぞれの担税力の相違を加味しようという考慮に基づくものと考えられる。そうすると，雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な人的役務の提供（労務）の対価として経済的利益を受けた場合には，当該経済的利益を給付した者が直接の使用者か，それ以外の者かによって，担税力や所得の性質に相違が生ずるものとは考え難く，当該経済的利益を給付した者が誰であるかによって給与所得に分類されたり，それ以外の所得に分類されたりし，その結果，税額の計算方法が大きく異なるのはかえって不合理である。
さらに，使用者と経済的利益の支給者が一致するのが通常であるものの，使用者と経済的利益の支給者が常に一致するものということはできない。特に，近年は商法等の整備により分社化や持株会社の設立による企業組織が多様化し，企業グループ全体による人材の活用も進んでおり，それに伴い様々な雇用形態も現れ，労働の仕組みも複雑化しているのであり，このような企業組織や労働の仕組みのもとにおいては，雇用契約，委任契約等を直接締結した会社以外から給付を受けることも十分考えられるのである（例えば，使用者と何らかの取引上ないし組織上の関係を有する第三者が，従業員等に対する給与の支払を肩代わりするような場合や親会社が子会社の従業員等に何らかの給付をすること場合等）。そのような場合において，直接の使用者からの給付でないという理由のみで給与所得該当性を否定するとすれば，担税力に応じた課税という観点からみても合理的とはいえないことは明らかである。
そうすると，当該経済的利益が直接の使用者から給付されたものではないことは，労務の対価性を否定する一つの事情といい得るものの，そのことのみをもって給与所得該当性を否定することは相当ではなく，あくまで雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な人的役務の提供（労務）の対価として給付されたものかどうかによって給与所得該当性を判断すべきである。
ところで，最高裁昭和５６年判決は，「給与所得とは，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価として使用者から受ける給付をいう。」と判示しているが，上記判決は，弁護士の顧問料収入が事業所得か給与所得のいずれに該当するのかが争点となった事案について判断したものであり，同判示は，使用者から給付を受けるという給与所得の一般的な形態を前提として給与所得と事業所得の区別という観点から給与所得の性質について述べたものにすぎず，給与所得の要件として直接の使用者から給付を受けることが必要であると判示したものとは解されない。とすれば，最高裁昭和５６年判決は，これまでの説示を左右するものではない。
そして，本件では，上述のように，米国ベリサイン社は，株式の５０％強を保有する日本ベリサイン社との特別な関係を前提として，日本ベリサイン社の従業員である原告の精勤が，日本ベリサイン社の業績の向上，ひいては米国ベリサイン社の業績の向上，株価の上昇に結びつくことを企図して，原告に対し，本件ストックオプションを付与したものであって，原告が日本ベリサイン社の従業員の地位にあって，かつ，日本ベリサイン社の従業員として職務を遂行したからこそ，原告は本件権利行使益を受けることができたのであり，このような本件権利行使益の性質に鑑みれば，雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な人的役務の提供（労務）の対価として給付されたものということができ，本件ストックオプションの付与が勤務先の日本ベリサイン社からではなく米国ベリサイン社から受けたという点によって給与所得該当性を否定することはできない。
したがって，原告の上記主張は採用できない。
(ウ) 次に，原告は，権利行使益は，株価の上昇とストックオプションの付与を受けた者の投資判断によって生じるものであり，株価は企業の業績のほか，金利，為替等様々な要因によって形成されるものであり，子会社の従業員である原告の労務の提供と親会社の株価との間には相関関係はなく，本件権利行使益も労務の対価ではないことは明らかであると主張する。
確かに，権利行使益の発生の有無及びその多寡が，株式の市場価格の変動や原告の権利行使時期に関する判断に左右されるものであり，株式の市場価格が，会社の業績，一般的な経済状況，株式の相場の動向等の様々な要因から形成されるものであることからすれば，原告の日本ベリサイン社に対して提供した労務の質ないし量と原告が得た本件権利行使益の額との関係は希薄なものといわざるを得ない。
しかしながら，給与所得該当性判断における労務の対価性の問題は，所得の性格を決定する基準としてのものであり，給与所得は，所得を獲得し得る従業員等としての地位又はその職務そのものを継続的な所得源泉としているものと考えられるから，従業員等の地位又は職務に関連してその労務の提供の見返りとして経済的利益を受けたものとされる関係があれば足り，労務の質や量と給付との間に数量的な相関関係があることまでを要するものとは解されない。
そうすると，給与所得該当性の判断において，当該収入が発生しない場合もあり得たとか当該収入の多寡が労務の内容と関係ない要素によって左右されたとしても，その給与所得該当性を否定することは妥当ではない。
また，本件権利行使益の取得については，原告の投資的な判断も影響するものと考えられるが，これまで述べたとおり，本件ストックオプションの目的及びその内容に照らせば，米国ベリサイン社は，原告の業績，将来性等を考慮して本件ストックオプションの数量，権利行使価格等の条件を定めて本件付与契約の内容としているのである。そうすると，本件ストックオプションの行使は，本件付与契約によって定められた条件のもとに行われるにすぎないのであり，原告の権利行使の時期についての判断に一定の自由があるとしても，それは，米国ベリサイン社から原告に対して本件付与契約に定められた範囲内で行使し得るにすぎないのであるから，本件権利行使益の額について原告の投資判断によるという一面があったとしても，給与所得該当性を否定することにはならないというべきである。
したがって，原告の上記主張も採用できない。
エ 日本の関係法令との整合性
そして，これまで述べたような結論は，所得税法施行令８４条，租税特別措置法２９条の２とも整合する。
すなわち，所得税法施行令８４条は，商法上のストックオプションについて，これを付与された場合における所得税法３６条の収入金額は権利行使益によることとして，権利行使益をもって所得税の課税の対象とすることを明らかにし，租税特別措置法２９条の２は，商法上のストックオプションのうち，いわゆる税制適格型のものについて，権利行使による株式の取得に係る経済的利益（権利行使益）については，所得税を課さないこととして，課税の繰延べを認めているが，同条が租税特別措置法第２章「所得税法の特例」，第３節「給与所得及び退職所得」の中に置かれていることからすると，同条は，権利行使益が給与所得として課税される性質のものであることを前提にして，その特例を定めたものと解するのが自然であるといえる。また，同条が付与会社がその発行株式の総数の１００分の５０を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係にある法人の取締役又は使用人等に付与されたストックオプションについても，上記非課税特例の対象としていることからすれば，同条は，付与会社と被付与者との間に直接の雇用関係等がある場合に限らず，上記のような子会社の従業員等に付与されたストックオプションに係る権利行使益についても，給与所得に該当することを前提にしているものと解するのが素直である。
本件ストックオプションは，外国法人から我が国の子会社の従業員等に付与されたものであり，上記法令の適用は受けないが，その権利行使益についての所得税法上の所得区分を決定する上において，上記のような商法上のストックオプションの権利行使益と異なって取り扱うのを相当とするような事情は認められない。そうすると，本件権利行使益が給与所得に該当するとの判断は，上記関係法令の規定とも整合的であるということができる。
オ まとめ
上記検討からすれば，本件権利行使益は雇用関係又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的ないし従属的な労務の対価として給付されたものといえるのであり，給与所得に該当するというべきである。そうすると，本件権利行使益が一時所得に当たるとする原告の主張は理由がない。
２ 争点２（本件通知処分が，租税法律主義又は租税平等主義に反するかどうか）について
(1) 租税法律主義違反の主張について
ア 憲法８４条は，「あらたに租税を課し，又は現行の租税を変更するには，法律又は法律の定める条件によることを必要とする。」と規定し，いわゆる租税法律主義を定めている。
そして，この租税法律主義は，法律の根拠に基づくことなしには，国家は租税を賦課・徴収することはできず，国民は租税の納付を要求されることはないということを意味するものであるから，租税法律主義は法律に基づいて課税することを要求するものであって，課税庁が解釈や通達を含めた取扱いを変更したとしても，正しい法律解釈や取扱いと認められる限り，その変更をもって直ちに租税法律主義に反するということはできない。
本件では，本件権利行使益は，所得税法２８条１項の給与所得に該当することはこれまで検討したとおりであり，本件権利行使益を給与所得に該当することを前提としてなされた本件通知処分は，所得税法２８条１項等の租税法規の定めるところ基づいてなされたものといえるから，直ちに租税法律主義に反するものということはできない。
イ(ア) もっとも，租税法規に関する一定の解釈・取扱いが納税者一般の間において長年にわたり継続し，納税者もそれに従って行動するなどその解釈・取扱いに基づく課税関係が事実上確立し，一種の先例的，確定的な法解釈として定着をみていたにもかかわらず，課税庁が解釈や取扱いの変更を行い，それに伴って納税者の課税関係が一挙に変更されるような場合には，それが租税法規に適合するような解釈・取扱いの変更であったとしても，実質的な課税要件，課税関係の変更をきたすものであり，立法によることなくそのようなことを行うことは租税法律主義の趣旨からして許容されないという議論も成り立ち得ないではない。
しかし，本件では全証拠によるも上記のような先例となるような確立した法解釈・取扱いがされていたとみることはできない。これを敷えんして説示すると次のとおりである。
(イ) これまで認定した事実に加え，証拠（甲８ないし１０，１４，５５，乙５）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。
ａ ストックオプション制度は，米国において１９２０年代から採用が始められた制度で，１９８０年代以降本格的に導入されるようになった。そのころ，日本においては，いまだストックオプションに関する法令の定めがなく，その制度自体余り認知されていなかった。そして，昭和６０年当時，財団法人大蔵財務協会発行の東京国税局直税部長（平成４年版以降のものは，同課税第１部長）監修，同所得税課長編による「回答事例による所得税質疑応答集」昭和６０年版には，外国親会社から子会社従業員に対し付与されたストックオプションの権利行使益について，ストックオプションが給与等に代えて付与されたと認められたとき以外は一時所得として課税される旨記載され，平成６年版までの「回答事例による所得税質疑応答集」にも同旨の記載がされていた。そして，課税庁は，平成９年分の所得税の確定申告期（平成１０年２月ないし３月）ころまで，外国親会社から子会社従業員に対し付与されたストックオプションの権利行使益について一時所得としての申告を容認していた。
ｂ 平成７年１１月に，新規事業法の改正により，日本において初めてストックオプション制度が導入され，平成９年に，商法改正により，自社の従業員等を対象とするものに限定されてはいたもののストックオプション制度が日本にも本格的に導入され，それに伴い，課税庁において，平成１０年分の所得税の確定申告期（平成１１年２月ないし３月）以降，ストックオプションの権利行使益が給与所得であるとする統一的な扱いがなされるようになった。そして，平成８年版「回答事例による所得税質疑応答集」（同年６月発行）では，平成６年版までの上記の記載が削除され，平成１０年版「回答事例による所得税質疑応答集」（同年７月発行）では，外国親会社から子会社従業員に付与されたストックオプションの権利行使益について，給与所得として課税される旨記載されるに至った。
(ウ) 以上によれば，わが国においては，平成７年１１月に新規事業法の改正によりはじめてストックオプション制度が導入され，平成９年に商法改正によりストックオプション制度が一般的なものとして導入されたものであるが，それまではストックオプション制度のなじみは薄く，海外親会社から日本子会社従業員に対するストックオプション付与の事例も全体としては少なく，米国におけるストックオプション制度の概要，法制，税務面における取扱い，個別の外資系会社におけるストックオプションプランの内容等に関する情報収集等に相当の困難と時間を要する面があったことは容易に推測できるところである。特に，海外親会社から日本子会社従業員等に対しストックオプションが付与される場合には，個別のストックオプションプランの内容も一様でなく，海外親会社と子会社従業員等との間には直接の委任や雇用関係はなく，普通に国内の会社からその従業員等に対し一定の権利・利益が付与される場合と異なり，その利得に対する課税の取扱いや所得区分を決するについては複雑な事実関係，法律関係を総合的に勘案しなければならない困難性があったことが窺える。
そうすると，昭和６０年ころから平成６年ころまでの課税庁の事務担当者による出版物において，海外親会社から付与されるストックオプションの権利行使益は一時所得とするとの記載がされていたことや，平成１０年分の所得税の申告期まで権利行使益の所得区分を一時所得とした申告が容認されていたとしても，それは法制度が未整備で，国内においては新しい報酬制度でストックオプション制度全般に関する十分な情報と認識に乏しい中で，（結果的に納税者に有利な方向での）誤った解釈や指導がされた結果にすぎず，いまだそうした解釈，取扱いが一般納税者の間に浸透し，長年にわたり確定的なものとして先例法的なものにまでなっていたとみることはできない。
また，原告が確定申告及び修正申告をした平成１２年分については，その取扱いが変更された平成１０年分から２年経過しているものであり，既に，海外親会社から子会社従業員等に付与したストックオプションの権利行使益は給与所得として取り扱われ，本件権利行使益を一時所得とする解釈・取扱いはなくなっていたのである。
ウ 以上のとおり，海外親会社から子会社従業員等へ付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得とする解釈・取扱いに基づく課税関係が事実上確立し，確定的な法解釈として定着していたとまで認めることはできないものであり，本件通知処分について，立法によらず，解釈によって従前と異なる解釈・取扱いをしたことを理由に租税法律主義に反するとする原告の主張は前提を欠くものであって，採用できないというほかはない。
エ 次に，原告は，本件権利行使益が一時所得なのか給与所得なのか全く明確でなく，裁判所や学者の間でも解釈が分かれている状況下において，課税庁が国会による審議，議決を経ることなく，解釈により給与所得としてこれまでの取扱いを変更することは，憲法８４条の租税法律主義の内容としてのいわゆる課税要件明確主義に違反すると主張する。
課税要件明確主義とは，法律又はその委任のもとに政令や省令において課税要件及び租税の賦課・徴収の手続に関する定めをなす場合に，その定めはなるべく一義的で明確でなければならないということを意味するものである。
そこで，本件をみると，所得税法２８条１項は，「給与所得とは，俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいう。」と規定し，例示されたもの以外は「これらの性質を有する給与」として包括的に定めているものであるが，例示として俸給等が明示されており，それらの列挙されたものと同様の性質を有するものとされているのであるから，これらの規定の内容は，合理的な解釈によって確定することが可能であり，その内容があいまいであるとまではいえず，上記規定自体が行政庁の自由裁量を認めかねないということもできない。
そして，本件通知処分における本件権利行使益が同条項所定の給与所得に該当するかどうかについては，上記所得税法２８条１項の法律解釈の問題であって，被告としては，所得税法２８条１項の解釈として本件権利行使益を給与所得に該当すると判断したものにすぎないから，所得税法２８条１項の拡張解釈や類推解釈を行ったものでもなく，その解釈，取扱いの変更につきこれまでみてきたような経緯があるとしても，本件通知処分が憲法８４条の課税要件明確主義に反してなされたものということはできず，この点に関する原告の主張も理由がない。
(2) 租税平等主義違反の主張について
租税平等主義は，税負担が国民の間に担税力に即して公平に配分されなければならず，各種の租税法律関係において国民は平等に取り扱われなければならないとする原則であり，憲法１４条１項の命ずるところでもある。
そして，原告は，①旧商法下の新株引受権に関し，有利な価格で新株を引き受けたことによる利益は長く一時所得として課税されていたこと，②かつての海外親会社から付与されたストックオプションは一時所得として課税されていたこと，③旧商法下の新株引受権付社債の新株引受権（ワラント）は，ワラント支給時にワラントの価値に対して給与所得として課税されていたこと，④商法上のストックオプションは権利行使時には課税されず，株式譲渡時に譲渡所得として課税されていること等と比較して本件権利行使益を給与所得とすることは租税平等主義に反すると主張する。
しかし，①については，本件ストックオプションは，有利な発行価額による新株引受権の特別の場合であり，一般の新株引受権と本件ストックオプションとでは権利の内容，取得原因等に相違がある以上，両者の間で課税の取扱いが異なるとしても租税平等主義に反するとはいえない。
また，②については，従前の課税の取扱いが変更されたとしても，本件通知処分による取扱いにより原告の納税額が同時期の他の納税者と比べて不利益となるというものではないから租税平等主義に反するものとはいえない。なお，従前，海外親会社から付与されたストックオプションの権利行使益について一時所得としての申告が容認されていた時期があるとしても，それはストックオプション制度全般に関する課税庁の側の十分な情報と認識に乏しい時期における租税法規の誤った解釈の結果であり，課税庁の方針変更は本来あるべき課税がされるようになったにすぎない。そうすると，従前の方針の時期においては，本来あるべき税負担を免れ，結果的に経済的利得を得た者がいるとしても，それらと原告とを比べて原告が不利で租税平等主義に反するといえないことは当然である。
③については，新株引受権付社債の新株引受権はこれまで述べたように本来的に譲渡性を有するものであり，海外親会社から子会社従業員に付与された本件ストックオプションとはそもそも性質を異にするものであって，これと比較して本件権利行使益の給与所得該当性の不当性を主張することは立法政策の当否を問題とするにすぎず，そのことで租税平等主義に反するとみることはできない。
④については，商法上のストックオプションについて租税特別措置法２９条の２により税制優遇措置が採られているが，これは，税負担の公平を確保しつつ一定のストックオプションについて権利行使時に課税を行わず株式譲渡時まで課税を繰り延べることによってインセンティブ報酬としてのストックオプションの利用の促進を図ろうとするところに目的があると解されるところ，利用の促進を図るインセンティブ報酬として適切と考えられる一定の要件を満たすストックオプションに限って優遇措置を認め，一方，それ以外のストックオプション（ここでは海外親会社から子会社従業員等に付与するストックオプション）については優遇措置の対象とはならず所得税法による一般原則により課税することとしても，その区別の態様において不合理なものとまでいうことはできない。
したがって，本件通知処分が租税平等主義に反するということはできず，この点に関する原告の主張も理由がない。
３ 総括
以上のとおり，本件権利行使益は，所得税法２８条１項の給与所得に該当するというべきであり，それを前提として算出した原告の平成１２年分の所得税の納付すべき金額は別紙２の「修正申告」欄の「納付すべき税額」に記載した額であると認められる。
したがって，原告の更正の請求には理由がないから，本件通知処分は適法である。
第４結論
よって，原告の請求は理由がないから棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官 豊田建夫 裁判官 富永良朗 裁判官 松村一成）
別紙１原告の本件ストックオプション行使状況
file_2.jpgeens | Meaty aesuer | e 1 73| nev ieeeues|¢ en T eee (aaa ts | sere 2. 8.22 [169. 500". /#e| 1250 |174, 843. 75", 107. 65F4/*, | 188275199075] 12. 10.16 |165. 125". /#| 388, 750. 00", |106. 7579,/*, | 3616751563) 12. 10.24 |168. 313". /#e|/# | 10008 |138, 688.00", |107. 3571", | 1488758157F] 12.11.21 | 96.069" #8] 1s00H& |96, 657, 0". |108. som) /*,|1051 75628275] e 03875793275]