東京高等裁判所 平成２７年（行コ）１５７号 判決 2016年4月21日
主文
１ 本件控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は控訴人らの負担とする。
事実及び理由
以下，原判決別紙２略語一覧表及び別紙３以下で使用した略語に従い，あるいはこれに準じて表示する。
第１控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 日本橋税務署長が控訴人Ａに対して平成２２年１０月２９日付けでした平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（以下「控訴人Ａ更正処分」という。）のうち納付すべき税額２７億２４２８万１１００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「控訴人Ａ賦課決定処分」という。）を取り消す。
３ 日本橋税務署長が控訴人Ｂに対して平成２２年１１月２４日付けでした平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（以下「控訴人Ｂ第１更正処分」という。）のうち納付すべき税額８３２４万３８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「控訴人Ｂ第１賦課決定処分」という。）を取り消す。
４ 日本橋税務署長が控訴人Ｂに対して平成２２年１１月２４日付けでした平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「控訴人Ｂ第２賦課決定処分」という。）を取り消す。
５ 日本橋税務署長が控訴人Ｂに対して平成２４年３月２７日付けでした平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（以下「控訴人Ｂ第２更正処分」という。）のうち納付すべき税額２２０９万９２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「控訴人Ｂ第３賦課決定処分」という。）を取り消す。
６ 日本橋税務署長が控訴人Ｂに対して平成２５年３月２９日付けでした平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（以下「控訴人Ｂ第３更正処分」といい，控訴人Ａ更正処分及び控訴人Ｂ第１更正処分ないし第３更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）のうち納付すべき税額１億６０９１万３５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「控訴人Ｂ第４賦課決定処分」といい，控訴人Ａ賦課決定処分及び控訴人Ｂ第１賦課決定処分ないし第３賦課決定処分と併せて「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）を取り消す。
７ 訴訟費用は，第１審，第２審とも被控訴人の負担とする｡
第２事案の概要
１ 控訴人らは，Ｃらが所有する有限会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）の出資持分（以下「本件出資持分」という。）の譲渡を受けたところ，本件出資持分は取引相場のない株式であって財産評価基本通達（以下「評価通達」という。）１７８ただし書にいう「同族株主以外の株主等が取得した株式」に該当するとして，評価通達１８８によって定められた特例的評価方式によってこれを評価するなどして所得金額を算定し，法人税を申告した。これに対し，処分行政庁は，本件出資持分については評価通達１７８ただし書に該当せず，評価通達１７９によって定められた原則的評価方式により評価すべきであるから，本件出資持分につき受贈益等の計上漏れがあるなどとして，それぞれ本件各処分を行った。
本件は，控訴人らが，被控訴人に対し，上記受贈益等を所得金額に加算することは評価通達に反する違法なものであるなどと主張して，本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の各取消しをそれぞれ求めた事案である。
原審は，評価通達に定められた評価方式を形式的に適用するとかえって実質的に租税負担の公平を著しく害するなどの特別な事情がある場合には，他の合理的な方式により評価することが許されるとした上で，本件においてはＤ社がＥ，その親族及び控訴人ら（以下「Ｆ一族グループ」という。）によって実質的に支配されてきたという例外的な状況にあるから，上記にいう特別な事情が認められるとして，控訴人らの請求をいずれも棄却した。控訴人らがこれを不服として控訴した。
なお，被控訴人主張に係る評価方式が認められた場合に法人税額等が被控訴人算定に係る金額となることについては，当事者間に争いがない（原判決１４頁参照）。
２ 関係法令等の定めは，原判決別紙３「関係法令等の定め」（原判決７１頁から８６頁まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決８０頁２行目及び７行目の各末尾の「。。」を「。」に改める。
３ 前提事実は，原判決の「事実及び理由」欄の「第２ 事案の概要」の２（原判決３頁６行目から１４頁２０行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決１０頁２行目の「４日。）」を「４日」に改める。
４ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被控訴人の主張は，原判決別紙４「本件各処分の根拠及び適法性」（原判決８７頁から９８頁まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
５ 争点は，原判決の「事実及び理由」欄の「第２ 事案の概要」の４（原判決１４頁２５行目から１９頁２２行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
６ 争点に対する当事者の主張の要旨は，原判決別紙５「当事者の主張の要旨」（原判決９９頁から１６９頁まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決１０９頁２６行目から１１０頁１行目にかけての「試算したた上」を「試算した上」に，同１１９頁１４行目の「Ｇ社」を「Ｄ社」に，同１５６頁６行目から７行目にかけての「選択したことにについて」を「選択したことについて」に，それぞれ改める。
第３当裁判所の判断
１ 当裁判所も，控訴人らの請求はいずれも理由がないものと判断する。
その理由は，次のとおりである。
２ 争点１及び争点２について
争点１及び争点２についての判断は，次のとおり補正するほかは，原判決の「事実及び理由」欄の「第３ 当裁判所の判断」の１及び２（原判決１９頁２４行目から２８頁１行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
(1) 原判決１９頁末行の「法人税法２２条２項は，」から同２０頁２０行目までを次のとおり改める。
「法人税法２２条１項は，「内国法人の各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする」旨規定し，同項を受け，同条２項は，「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めのあるものを除き，資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする」旨規定し，同条３項は，「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，次に掲げる額とする」旨規定して「１ 当該事業年度の収益に係る売上原価，完成工事原価その他これらに準ずる原価の額」，「２ 前号に掲げるもののほか，当該事業年度の販売費，一般管理費その他の費用（中略）の額」及び「３ 当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの」を掲げ，同条４項は，「第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする」旨規定し，同条５項は，「第２項又は第３項に規定する資本等取引とは，法人の資本金等の額の増加又は減少を生ずる取引並びに法人が行う利益又は剰余金の分配（中略）及び残余財産の分配又は引渡しをいう」旨規定している。同条４項は，上記のとおり規定し，現に内国法人のした利益計算が同法の規定する公平な所得計算という要請に反するものでない限り，課税所得の計算上もこれを是認するのが相当であるとの見地から，収益を一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計上すべきものと定めたものと解される（最高裁判所平成４年（行ツ）第４５号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁。以下，この第一小法廷判決を「平成５年１１月２５日第一小法廷判決」という。）。一般に広く知られている我が国の企業会計原則は，真実性の原則，正規の簿記の原則，資本と利益の区別の原則，明瞭性の原則等の一般原則を掲げ，このうち資本と利益の区別の原則において，損益取引と資本取引（出資者による追加出資や資本の引出しなど，企業の純資産を直接的に変化させることを目的として行われる取引）とを明瞭に区別し，特に資本剰余金と利益剰余金とを混同してはならないとし，損益計算書原則において，損益計算書は，企業の経営成績を明らかにするため，一会計期間に属するすべての収益とこれに対応するすべての費用とを記載して経常利益を表示し，これに特別損益に属する項目を加減して当期純利益を表示しなければならないとする。同条１項から５項までは，我が国の企業会計原則が掲げる上記各原則を踏まえ，収益から費用を控除して利益を算定するのと同様に所得を計算すべき旨を定める規定であり，同条１項は内国法人の各事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額をもって所得の金額を算定すべき旨を定める規定であり，同条２項は，当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めのあるものを除き，益金の額に資本等取引以外の取引に関わる収益の額を算入すべきことを明らかにする規定である。同項にいう「資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受け」は資本等取引以外の取引の例示であり，それゆえに同項は，「資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のもの」に関わる収益の額を益金の額に算入すべきことを規定しているのである。もとより，適正な額より低い対価をもってする資産の譲受け（低額譲受け）の場合であっても，譲受けの時点において，資産の適正な価額相当額の経済的価値の実現が認められることは無償譲受けの場合と同様であるから，この価値を収益としてその額を益金の額に算入すべきである。また，たまたまその一部のみを対価として現実に支払ったからといって，無償譲受けの場合と異なり，時価相当額との差額部分の収益が認識され得ないものとすることは，公平を欠くこととなる。」
(2) 同２１頁８行目から１９行目までを次のとおり改める。
「しかしながら，前記のとおり，法人税法２２条１項から５項までは，我が国の企業会計原則が掲げる前記各原則を踏まえ，収益から費用を控除して利益を算定するのと同様に所得を計算すべき旨を定める規定であり，同条１項は内国法人の各事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額をもって所得の金額を算定すべき旨を定める規定であり，同条２項は，当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めのあるものを除き，益金の額に資本等取引以外の取引に関わる収益の額を算入すべきことを明らかにする規定である。同項にいう「資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受け」が資本等取引以外の取引の例示であることは，同項の文言及び趣旨に照らして明らかであり，同項が適正な額より低い対価をもってする資産の譲受け（低額譲受け）と峻別する趣旨で無償による資産の譲受けのみを文言上明記した旨主張する原告らの主張は，その前提を欠くものである。資産の低額譲受けの場合であっても，譲受けの時点において，資産の適正な価額相当額の経済的価値の実現が認められることは無償譲受けの場合と同様である。なお，上記第三小法廷判決は，同項の規定は，法人が資産を他に譲渡する場合には，その譲渡が代金の受入れその他の資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても，譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものであると解した上で，譲渡時における適正な価額より低い対価をもって資産の譲渡が行われた場合には，当該適正な価額が同項にいう資産の譲渡に係る収益の額に当たることを判示するものであって，原告らの上記主張は上記第三小法廷判決を正解するものとはいえない。」
(3) 同２１頁２２行目の末尾に行を改めて次のとおり加える。
「上記１のとおりであるから，本件出資持分の譲受時における適正な価額を評価する必要がある。
法人税法２２条４項は，「第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする」旨規定し，現に内国法人のした利益計算が同法の規定する公平な所得計算という要請に反するものでない限り，課税所得の計算上もこれを是認するのが相当であるとの見地から，収益を一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計上すべきものと定めたものと解される（平成５年１１月２５日第一小法廷判決）。同項の上記の趣旨に鑑みれば，①内国法人が一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合しないような収益の額の計算等の会計処理をした場合や，②内国法人を支配する閉鎖的な集団内における資産の譲渡，譲受け等のように，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準が前提とする通常の取引とは異なる特殊な事情により資産の譲渡，譲受け等が行われるために，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って収益の額の計算をすることになじまないような場合には，同法の規定する公平な所得計算という要請にかなうように課税庁において収益の額を計算する必要があり，そのために財産の評価の方法について可能な限りあらかじめ定めておくことが相当であるから，同法は，納税者間の公平の確保，納税者及び課税庁双方の便宜，経費の節減等の観点から，上記の場合に備えて通達により全国一律の収益の額の計算方法及び財産の評価の方法について定め，これにより収益の額の計算がされることを予定しているのであり，これにより内国法人の当該事業年度の所得の金額を計算することを当然の前提とする趣旨であると解するのが相当である。法人税基本通達（平成１７年課法２－１４による改正前のもの）２－３－４は，法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合におけるその譲渡に係る対価の額の算定に当たり，同通達９－１－８，９－１－１３及び９－１－１４の取扱いを準用する旨定めているが，これも，上記の場合に備えて可能な限度であらかじめ全国一律の収益の額の計算方法及び財産の評価の方法について定める趣旨のものである。そこで，以下，法人税基本通達の上記の定めに従って本件出資持分の譲受時点における適正な価額を算定する上での適用上の問題点について検討することとする。」
３ 争点３について
(1) 法人税法２２条４項と法人税基本通達について
前記２（争点２についての判断）のとおり，本件出資持分は，法人税基本通達９－１－１４により，評価通達によって評価するのが相当であるが，控訴人らは，本件出資持分が取引相場のない株式であって評価通達１７８ただし書にいう「同族株主以外の株主等が取得した株式」に該当するとして，評価通達１８８－２にいう特例的評価方式である配当還元方式により評価すべきである旨主張するのに対し，被控訴人は，本件出資持分が評価通達１７８ただし書にいう上記株式に該当せず，評価通達１７８から１８７までにいう原則的評価方式によりこれを評価すべきである旨主張する。
そこで，まず法人税法２２条４項と法人税基本通達の関係並びに法人税基本通達９－１－１３及び９－１－１４の意義について検討する。
前記のとおり補正の上引用する原判決が説示するとおり，法人税法２２条４項は，「第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする」旨規定し，現に内国法人のした利益計算が同法の規定する公平な所得計算という要請に反するものでない限り，課税所得の計算上もこれを是認するのが相当であるとの見地から，収益を一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計上すべきものと定めたものと解される（平成５年１１月２５日第一小法廷判決）。同項の上記の趣旨に鑑みれば，①内国法人が一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合しないような収益の額の計算等の会計処理をした場合や，②内国法人を支配する閉鎖的な集団内における資産の譲渡，譲受け等のように，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準が前提とする通常の取引とは異なる特殊な事情により資産の譲渡，譲受け等が行われるために，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って収益の額の計算をすることになじまないような場合には，同法の規定する公平な所得計算という要請にかなうように課税庁において収益の額を計算する必要があり，そのために財産の評価の方法について可能な限りあらかじめ定めておくことが相当であるから，同法は，納税者間の公平の確保，納税者及び課税庁双方の便宜，経費の節減等の観点から，上記の場合に備えて通達により全国一律の収益の額の計算方法及び財産の評価の方法について定め，これにより収益の額の計算がされることを予定しているのであり，これにより内国法人の当該事業年度の所得の金額を計算することを当然の前提とする趣旨であると解するのが相当である。法人税基本通達（平成１７年課法２－１４による改正前のもの）２－３－４は，法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合におけるその譲渡に係る対価の額の算定に当たり，同通達９－１－８，９－１－１３及び９－１－１４の取扱いを準用する旨定めているが，これも，上記の場合に備えて可能な限りあらかじめ全国一律の収益の額の計算方法及び財産の評価の方法について定める趣旨のものである。
同通達９－１－１４は，上場有価証券等以外の株式について，同通達９－１－１３(1)及び(2)に該当する場合を除き，当該株式の価額につき評価通達１７８から１８９－７までの取引相場のない株式の評価の例によって算定した価額によっているときは，課税上弊害がない限り，所定の取扱方法によることを条件としてこれを認めることとしている。これは，相続税法が評価に関する通達により全国一律の統一的な評価の方法を定めることを予定し，これにより財産の評価がされることを当然の前提としており，国税庁長官が財産評価基本通達（以下，単に「評価通達」という。）を定め，この通達に従って全国で実際の評価が行われているという実績があり，相続又は贈与における財産評価の方法として一般的に合理性を有していることから，相続の場合とは異なる場合ではあるが，法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合においても，その譲渡に係る対価の額の算定について，評価通達１７８から１８９－７までの取引相場のない株式の評価の例によって算定した価額によっているときは，課税上弊害がない限り，所定の取扱方法によることを条件としてこれを認めることとしたものである。もとより，相続の場合と法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合とでは，前者が自然人の死亡による場合であり，後者が法人の意思決定による場合であるという性質上の違いがあり，後者の場合には，法人を実質的に支配する閉鎖的な集団が操作して評価通達１７８から１８９－７までの取引相場のない株式の評価の例によることが可能になるような外観を作出し，もって，法人税の負担を不当に減少させる結果をもたらして他の法人との公平を害することとなるときがあり得るのであって，このような場合は法人税基本通達９－１－１４が除外する課税上弊害があるときに当たると解することができるのであり，このように解することは法人税法１３２条の根底をなす法意にもかなうものということができる。これを評価通達１７８から１８９－７までの評価方法の適用の観点からいえば，評価通達１７８から１８９－７までの取引相場のない株式の評価の例によって算定した価額によることとすれば課税上弊害があることになるときには，法人税法の規定する公平な所得計算という要請が優先するのであり，上記の取扱いとは別異の取扱いをすべき特別の事情があるというべきことになる。したがって，法人税法の規定する公平な所得計算という要請にかなうように課税庁において収益の額を計算する必要がある。
(2) 評価通達による評価方法の相当性について
評価通達１７８から１８７までは，取引相場のない株式につき，類似業種比準価格又は純資産価額方式を採用する原則的評価方式により評価することとするものであるが，従業員株主などのような少数株主，事業経営に対する影響の少ない同族株主の一部等は，評価会社を実質的に支配している株主とは異なり，単に配当の受領を期待して株式を取得するにとどまるものといえるから，評価通達１７８ただし書は，このような実情を踏まえるとともに，評価手続の簡便性をも考慮して，同族株主以外の株主等が取得した株式に限り，上記原則的評価方式に代えて，評価通達１８８に従い，同通達１８８－２に定める配当還元方式により評価することとしている。
このような評価方法は，基本的には原則的評価方式を採用するものの，株主の事業経営に対する影響力等に応じて例外的に配当還元方式を採用するものであるから，取引相場のない株式につき適正な時価を算定する方法としては，想定している場合については上記実情等を踏まえたものとして相当であると認められる。
(3) 評価通達の定める評価方法による本件出資持分の評価について
ア 評価通達１７８ただし書にいう「同族株主以外の株主等が取得した株式」該当性について
(ｱ) 評価通達１８８(1)にいう「同族株主」該当性について
評価通達１７８ただし書にいう「同族株主」の定義については評価通達１８８(1)が規定しているところ，当該規定によれば，上記にいう「同族株主」とは，課税時期における評価会社の株主のうち，株主の１人及びその同族関係者（法人税法施行令４条に規定する特殊の関係のある個人又は法人をいう。）の有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の３０パーセント以上（その評価会社の株主のうち，株主の１人及びその同族関係者の有する議決権の合計数が最も多いグループの有する議決権の合計数が，その会社の議決権総数の５０パーセント超である会社にあっては，５０パーセント超）である場合におけるその株主及びその同族関係者をいう旨規定している。
これを本件についてみると，上記のとおり補正の上引用する原判決の前提事実(4)ウによれば，Ｄ社の出資持分の保有者及び保有口数は，平成１７年３月３１日付けの本件Ｃ出資持分譲渡１及び２によって，Ｅが５口，控訴人Ａが２万４０００口，控訴人Ｂが２万３９９５口，本件１３社が合計５万２０００口となったことが認められる。そして，Ｄ社は，上記各譲渡の時点で，控訴人Ａの発行済株式総数７００万株のうち２００万株を保有し，控訴人Ａの総株主の議決権の４分の１を超える議決権（２８．５７１パーセント）を保有していたから，控訴人Ａは，その保有するＤ社の出資持分につき議決権を有しないことになる（有限会社法４１条，商法２４１条３項）。そうすると，Ｄ社の議決権総数は，評価通達１８８－４により，控訴人Ａの議決権の数を０として計算したものとなるから，結局，合計７万６０００口となり，各株主の議決権割合は，Ｅが０．００６パーセント，控訴人Ｂが３１．５７２パーセント，本件１３社が６８．４２１パーセントとなる。
上記議決権割合を前提として，控訴人Ａの「同族株主」該当性について検討するに，本件１３社は，Ｄ社の議決権総数の過半数以上を有するものの，それぞれが控訴人Ａの取引先であって相互に支配関係はなく，もとより控訴人ら及びＥの「同族関係者」に該当しないことからすると，Ｄ社は株主の１人及びその同族関係者の有する議決権の合計数が５０パーセント超である会社であると認めることはできない。そうすると，評価通達１８８(1)にいう「同族株主」に該当するには，株主の１人及びその同族関係者の有する議決権の合計数がＤ社の議決権総数の３０パーセント以上であれば足りることになる。
そして，上記議決権割合を踏まえると，Ｅを「株主の１人」とした場合において，控訴人Ａ及び控訴人ＢがそれぞれＥの「同族関係者」に該当するときは，Ｅ及び控訴人Ｂの議決権の合計数がＤ社の議決権総数の約３１．５パーセントになるから，上記においてＥの「同族関係者」とされた控訴人Ａも，Ｄ社の「同族株主」に該当することになる。
そこで，控訴人ＢがＥの「同族関係者」に該当するか否か，控訴人ＡがＥの「同族関係者」に該当するか否かにつき，順次検討を加えることとする。
(ｲ) 控訴人Ｂの「同族関係者」該当性について
前記のとおり補正の上引用する原判決の前記前提事実(8)イによれば，本件Ｃ出資持分譲渡１及び２がされた平成１７年３月３１日当時，控訴人Ｂの総出資口数は６０万口であり，このうちＥが３９万８０００口を，Ｈが２０００口を，Ｉが２０万口を，それぞれ保有していたことが認められる。そうすると，ＨはＥの長男であり，Ｅの親族として法人税法施行令４条１項１号に規定する特殊の関係のある個人に当たるから，Ｅ及びＨの議決権割合は，控訴人Ｂの議決権総数の１００分の５０を超える（６６．６６６パーセント）ことになる。したがって，控訴人ＢはＥの「同族関係者」に該当するといえる。
(ｳ) 控訴人Ａの「同族関係者」該当性について
前記のとおり補正の上引用する原判決の前記前提事実(8)アによれば，本件Ｃ出資持分譲渡１及び２がされた平成１７年３月３１日当時，控訴人Ａの株式総数は７００万株であり，このうち，Ｅが３９万１１５０株を，Ｈが５万株を，Ｊが３１万６１５０株を，Ｋが３０万株を，控訴人Ｂが１９８万９１００株を，Ｄ社が２００万株を，それぞれ保有し，また，本件１３社出資持分譲渡がされた平成１７年１０月４日ないし同年１２月６日時点及び本件平成１８年各譲渡がされた平成１８年３月２０日時点では，Ｅが３９万１１５０株を，Ｈが５万株を，Ｊが３１万６１５０株を，Ｋが３０万株を，控訴人Ｂが２２３万９１００株を，Ｄ社が１７５万株を，それぞれ保有していたことが認められる。
そして，上記前提事実(8)アによれば，ＨはＥの長男，ＪはＥの叔父，ＫはＥの従弟であるから，いずれもＥの親族として法人税法施行令４条１項１号に規定する特殊の関係のある個人に該当し，また，控訴人Ｂは，上記(ｲ)のとおり，Ｅの「同族関係者」に該当するところ，これらの者が有する議決権を合計しても，控訴人Ａの議決権総数の過半数に満たないため，控訴人Ａは，Ｅの「同族関係者」に該当しないことになる。
もっとも，上記の株式の保有状況を踏まえれば，１７５万株ないし２００万株を保有するＤ社がＥの「同族関係者」に該当するとして同社の議決権を加えれば，控訴人Ａの議決権総数の過半数を超えることになるから，控訴人ＡもＥの「同族関係者」に該当することになる。しかしながら，前記のとおり補正の上引用する原判決の前記前提事実(4)ウによれば，Ｄ社の平成１７年３月３１日時点における出資者及び出資持分は，控訴人Ａが２万４０００口，控訴人Ｂが２万３９９５口，本件１３社が合計５万２０００口（１社当たり４０００口），Ｅが５口であると認められ，Ｅと同条２項２号に規定する特殊の関係のある法人（控訴人Ｂ）が有する議決権割合は，合計約３１．５パーセントにとどまり，議決権総数の１００分の５０を超えないから，Ｄ社は，Ｅの「同族関係者」に該当しないことになる。
したがって，控訴人Ａは，Ｅの「同族関係者」に該当するとは認められない。
イ まとめ
したがって，Ｄは「同族株主」（Ｅ及び控訴人Ｂ）のいる会社に該当するものの，控訴人Ａは，Ｄ社の「同族株主」に該当しないから，本件出資持分については，評価通達１７８ただし書にいう「同族株主以外の株主等が取得した株式」に該当することになる。
以上によれば，本件出資持分の価額は，特別の事情がない限り，評価通達１８８に従って配当還元方式に従って決められることになる。
(4) 評価通達の評価方法によっては適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情の存否について
ア 被控訴人の主張
上記(3)のとおり，本件出資持分の価額は，評価通達によれば配当還元方式に従って決められることになるが，被控訴人は，ＦグループがＤ社を実質的に支配していた実情を踏まえると，配当還元方式に従って決めることは，かえって納税者間の公平を著しく害することになるから，評価通達の評価方法によっては適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情があると主張する。
そこで，被控訴人の主張につき，以下検討する。
イ 認定事実
前記引用に係る原判決摘示の前提事実に証拠（後掲各証拠のほか，甲５８ないし６０）及び弁論の全趣旨を併せれば，次の事実を認めることができる。
(ｱ) 本件１３社に対する本件出資持分の譲渡の経緯等
ａ 本件１３社は，酒類食料品の卸売等を業とする控訴人Ａに対し，それぞれ長年にわたりビール等の酒類を卸してきた有力な取引先であり，控訴人Ａも本件１３社にとって主要な取引先の１つであった。
ｂ 控訴人Ａの代表取締役を務めていたＬは，平成２年６月８日，同人所有に係る控訴人Ａの株式２００万株のほか，その所有する不動産等を，時価を大幅に下回る価額（株式については１株２５円）で評価した上，これらを現物出資してＤ社を設立した。Ｄ社の出資持分はＬ及びＥが全て保有し，Ｌの持分数は９万９９９５口であり，Ｅの持分数は５口であった。
ｃ 本件１３社は，控訴人Ａとの関係を強化し，両社の取引関係を維持ないし発展させるため，Ｌから，同人が死亡する８日前の平成３年１２月５日，同人所有に係るＤ社の出資持分を１社当たり４０００口として合計５万２０００口を買い受けた（乙１６の１ないし３，乙１７の１ないし３，乙１８の１，乙１９の１及び２，乙２０の１及び２，乙２１の１ないし４，乙２２の１，乙２３の１，乙２４の１，２及び４，乙２５の１ないし３，乙２６の１ないし３，乙２７の１，乙２８の１ないし３，乙４４の２ないし１６，乙５１の１，乙５２）。
ｄ 本件１３社は，当初からＤ社の事業経営に関与する予定はなく，Ｄ社から毎期１口につき５０円の配当金を受領していたものの，社員総会等に一度も出席することがなく，白紙委任状又は決議案に全て賛成する趣旨の委任状を提出していた（乙５の１ないし１３，乙３８の１ないし１３）。
ｅ Ｌがその保有するＤ社の出資持分を本件１３社に譲渡した後も，Ｌ及びＥの出資割合は４８パーセントを占めていた。また，Ｅは，Ｌの死亡後，控訴人Ａ，控訴人Ｂ及びＤ社の代表者に就任し，控訴人Ｂの出資総数の過半数を保有した。
ｆ 本件１３社は，Ｆ一族グループのガバナンスの見直しの一環として行われるものであるとの説明を受けた上（乙１６の４及び５，乙１７の８，乙１８の４，乙１９の４，乙２０の４，乙２２の４，乙２３の２，乙２３の３，乙２４の３，乙２５の４，乙２６の４，乙２７の２，乙２８の４），Ｄ社の提案どおりの金額で，同社の求める相手方に対し，平成１７年１０月から同年１２月にかけてＤ社の出資持分を全部譲渡した（乙１２の１ないし１３，乙１７の１０，乙１８の３，乙１９の３，乙２０の３，乙２１の５，乙２８の５）。
(ｲ) Ｌの相続更正処分等取消請求事件等（乙４の１，２）
ａ Ｌの相続人であるＥ及びＣほか２名（以下「本件相続人ら」という。）は，Ｌに係る相続税の申告に際し，同人の相続財産のうちＤ社の出資持分４万７９９５口の時価を評価するために，Ｄ社の保有資産である控訴人Ａの株式２００万株の時価を評価した。この点につき，本件相続人らは，Ｌ及びＥはＤ社の出資総数のうち４８パーセントを有するにすぎないから，Ｄ社はＬ及びＥの「同族関係者」に該当せず，控訴人Ａの「同族株主」にも該当しないと主張して，評価評価通達１８８及び１８８－２を適用し，上記株式２００万株を配当還元方式によって評価するなどして，Ｄ社１口当たりの単価を算出し，同単価に基づいて相続税額を算定して相続税の申告をした。
ｂ これに対し，芝税務署長は，Ｄ社が保有する控訴人Ａの株式２００万株の時価を評価するに当たり，Ｌ及びＥが実質的にＤ社を支配していた実情を踏まえると，Ｄ社は，両者の「同族関係者」に該当し，控訴人Ａの「同族株主」にも該当すると主張し，上記株式２００万株については原則的評価方式である類似業種比準方式によって評価すべきであるから上記相続税の申告額は過少であるなどとして，更正処分をするとともに過少申告加算税の賦課決定処分をした。
ｃ 本件相続人らは，芝税務署長に対し，上記の各処分は，評価通達に違反し，Ｌの相続財産の評価を誤った違法があるとして，上記更正処分のうち申告額を超える部分及び上記過少申告加算税の賦課決定処分（いずれも裁決により取り消された部分を除く。）の取消しを求める訴えを提起した（以下「Ｌ相続税事件」という。）。
ｄ Ｌ相続税事件について，東京地裁平成１２年（行ウ）第９０号同１６年３月２日判決は，Ｌ及びＥにおいてＤ社の出資総数のうち過半数以上を有していないとしてもこれを実効的に支配し得る地位にあったと認定した上，処分行政庁の主張を採用して上記各処分は適法であるとして，本件相続人らの請求をいずれも棄却した。また，その控訴審判決である東京高裁平成１６年（行コ）第１２３号同１７年１月１９日判決も，Ｌがその保有する控訴人Ａの株式を廉価な簿価により現物出資してＤ社を設立し，相続直前にその出資総数の５２パーセント相当分を有力な取引関係先に著しく廉価な価額で譲渡するという経済的合理性を欠いた行為をした上，自らは出資総数４８パーセント弱を保有し引き続きＤ社の経営を実効支配している場合に，評価通達を形式的に適用したのでは，相続財産の価額が不当に減少し，相続税負担の実質的公平を損なうことは明らかであると説示した上，原判決は相当であるとして本件相続人らの控訴をいずれも棄却した。その後に同判決は確定した。
(ｳ) 控訴人Ａ等によるＤ社の出資持分の評価等
ａ 控訴人Ａの経理部副部長であったＭは，平成１７年３月１日当時，Ｄ社の平成１７年３月時点の出資の時価につき，配当還元方式ではなく，原則的評価方式を採用して類似業種比準価額１４０６円と純資産価額７万７０６５円の併用方式によって１口３万９２３５円と算定した（乙５１の２）。
ｂ Ｃは，控訴人Ａに対し，同月３１日，その保有するＤ社の出資持分２万４０００口を代金９億４１６４万円（１口につき３万９２３５円）で譲渡するとともに，控訴人Ｂに対し，その保有するＤ社の出資持分２万３９９５口を代金９億４１４４万３８２５円（１口につき３万９２３５円）で譲渡した（乙７ないし１１）。
ｃ 控訴人Ａは，控訴人Ｂに対し，平成１８年３月２０日，その保有するＤ社の出資持分２万４０００口を代金９億８５００万８０００円（１口につき４万１０４２円）で譲渡した（乙１５）。また，Ｅも，控訴人Ｂに対し，同日，その保有するＤ社の出資持分５口を代金２０万５２１０円（１口につき４万１０４２円）で譲渡した（乙１４）。
ウ 特別の事情の存否について
上記認定事実によれば，Ｌは，その保有する控訴人Ａの株式を低額で現物出資した上でＤ社を設立するとともに，その死亡直前には本件１３社に対しＤ社の出資持分の５２パーセント相当分を低額で譲渡していること，他方，本件１３社は，いずれも控訴人Ａの有力な取引先であり，当初からＤ社の議決権を行使する予定はなく，Ｄ社の事業経営に対する影響力が一切認められなかったこと，その後も，Ｅ及びその同族関係者である控訴人Ｂは，その議決権割合は合計約３１．５パーセントにとどまるものの，その余にＤ社の事業経営に対する影響力を有する者が一切存在しなかったのであるから，実質的にはＤ社を完全に支配していたことが認められる。
これらの事情によれば，Ｄ社が実質的にはＥ及び控訴人Ｂによって完全に支配されていたことは自明であるにもかかわらず，上記の実情を考慮することなく，Ｄ社がＥの「同族関係者」に該当しないことを前提として本件出資持分の評価に評価通達を適用し，配当の受領のみを期待して株式を取得した者に限り適用される特例的評価方式によって著しく低額にこれを評価すれば，かえって納税者間の公平を著しく害することになることは明らかである。控訴人Ａ自身も，本件Ｃ持分譲渡１において，現にＤ社の出資持分につき配当還元方式によるのではなく，原則的評価方式によって１口３万９２３５円と算定してこれを譲り受け，その後，控訴人Ｂに対しても，１口４万１０４２円でこれを譲渡しているのであるから，かえって控訴人Ａ自身も，本件出資持分の価格は評価通達による特例的評価方式によっては適切に算定することができないことを自認していたことは明らかである。上記の理は，既にＬ相続税事件の各裁判例が本件相続人らに対しても示していたところである。
したがって，本件出資持分の評価に適用される評価通達のうち同１８８(1)及び(2)の定義規定に従って評価通達１７８ただし書を適用して配当還元方式を採用した部分については，上記事情を明らかに反映せずに本件出資持分の時価を著しく低額に評価するものであるから，当該部分を適用して評価することは，かえって納税者間の公平を著しく害するといえる。したがって，上記の評価方法によっては法人税基本通達９－１－１４が除外する課税上弊害があるときに当たることになるとともに，評価通達１７８ただし書による評価方法によっては適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情が存すると認めるのが相当である。
もっとも，評価通達のうち上記特段の事情が認められる部分とは，評価通達１８８(1)及び(2)の定義規定を前提とする評価通達１７８ただし書の規定部分のみであって，その余の原則的評価方法を定める部分については，これによっては適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情が存するとはいえないことからすると，本件出資持分については，上記の適用除外された部分以外の評価通達を前提として，原則的評価方式によって評価するのが相当である（固定資産評価基準の評価方法の全部ではなくその一部につき特別の事情がある場合における適正な時価の認定手法につき，最高裁平成２４年（行ヒ）第７９号同２５年７月１２日・民集６７巻６号１２５５頁千葉勝美裁判官の補足意見参照）。
エ まとめ
以上によれば，本件出資持分は，評価通達１８８－２にいう特例的評価方式である配当還元方式ではなく，評価通達１７８から１８７までにいう原則的評価方式によりこれを評価するのが相当である。
４ 争点４から争点９までについての判断は，次のとおり補正するほかは，原判決の「事実及び理由」欄の「第３ 当裁判所の判断」の４から９まで（原判決３８頁１５行目から６４頁８行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
(1) 原判決４１頁１９行目から４２頁５行目までを次のとおり改める。
「そして，前記３のとおり，Ｄ社は，Ｅ及びその同族関係者である原告Ｂによって実質的には完全に支配されているのであるから，評価通達１８８(1)の定義規定に従って評価通達１７８ただし書を適用して，Ｄ社が保有する控訴人Ａの株式を配当還元方式で評価するのは，上記実情を明らかに反映せずに本件出資持分の時価を著しく低額に評価するものであるから，当該部分を適用して評価することは，かえって納税者間の公平を著しく害するといえる。そうすると，当該評価方法によっては適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情が存すると認めるのが相当であるから，前記３と同様に，Ｄ社が保有する原告Ａの株式については，上記の適用除外された部分以外の評価通達を前提として原則的評価方式によって評価するのが相当である。」
(2) 同４７頁１０行目の「平成１２年よりも」から１１行目の「判断であり」までを次のとおり改める。
「平成１２年よりも前の時期における通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとしてされた事例判断であり，その趣旨は，平成１２年に関係通達が改正された後における非上場株式の評価に妥当するものとはいえず，」
(3) 同４８頁１６行目から４９頁２行目までを次のとおり改める。
「ところで，前記３(1)のとおり，評価対象の財産に適用される評価通達の定める評価方法が適正な時価を算定する方法として一般的な合理性を有するものであり，かつ，当該財産の価額がその評価方法に従って決定された場合には，当該価額は当該財産の客観的な交換価値としての適正な時価を上回るものではないと推認されるものの，上記評価方法によってはかえって納税者間の公平を著しく害するなど適正な時価を適切に算定することのできない特別の事情の存するときは，上記評価方法を定める評価通達に係る部分を適用しないとするのが相当であり，この理は，もとより評価通達１８５ただし書についても異なるところはない。」
(4) 同４９頁２２行目の「評価すべきであるから」を「評価すべきであり，それにもかかわらず，評価通達１８５ただし書を適用するのは，かえって納税者間の公平を著しく害するといえるから」に改める。
(5) 同５５頁１３行目の「ほどんど」を「ほとんど」に改める。
５ 本件各処分の適法性等について
本件各処分の適法性等についての判断は，原判決の「事実及び理由」欄の「第３ 当裁判所の判断」の１０（原判決６４頁９行目から６５頁２４行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
６ 当審における控訴人らの主張に対する判断
(1) 控訴人らは，評価通達が課税実務上法源と同様の機能を果たしている実情に鑑みると，評価通達によらずに評価することが許容されるのは，明白な租税回避事案等に限られるべきであるのに，Ｅ及び控訴人ＢのＤ社における議決権割合が過半数を大きく下回る約３１．５パーセントにすぎないにもかかわらず，両社がＤ社を実質的に支配していたとして，Ｄ社がＥの「同族関係者」に該当することを前提として本件出資持分を評価すべきものとした原審の判断は，本件が明白な租税回避事案等ではないにもかかわらず，評価通達によらずに本件出資持分を評価したものであって不当であるなどと主張する。
(2) しかしながら，前記認定事実によれば，Ｄ社の出資総数のうち５２パーセントを有していた本件１３社は，その譲受け当初から議決権を行使することが予定されておらず，Ｄ社で議決権を現実に行使するのはＥ及びその同族関係者である控訴人Ｂに限られていたのであるから，Ｅ及び控訴人ＢがＤ社を実質的には完全に支配していたことは自明のことである。現に，Ｄ社が保有する控訴人Ａの２００万株についても，Ｌ相続税事件に係る裁判の判断の前提において，上記と同旨の判断が既に示されていたのであり，かえって，控訴人Ａ自身も本件出資持分を譲り受けるに当たり，これを配当還元方式によるのではなく，原則的評価方式を採用して評価していたのである。これらの事情が存在するにもかかわらず，本件出資持分を特例的評価方式である配当還元方式によって著しく低額に評価するのは，明白な租税回避事案等とはいえないとしても，納税者間の公平を著しく害することになるのは明らかである。控訴人らの当審における主張の実質は，Ｅ及び控訴人ＢがＤ社を支配していないことを前提とするものであって，上記事情のほかに控訴人Ａ自身の行動に照らしても，その前提を欠くというほかない。そのほかの控訴人らの主張に対する判断も，上記のとおり補正の上引用する原判決が説示するとおりであって，控訴人らの主張は原審と同旨の主張を繰り返すものにすぎず，上記判断を左右するものではない。
(3) 以上によれば，控訴人らの上記主張は採用することができない。
第４結論
よって，原判決は相当であって，本件控訴は理由がないからこれをいずれも棄却することとして，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官 髙世三郎 裁判官 中島基至 裁判官 福島かなえ）