那覇地方裁判所 平成８年（行ウ）１０号 判決 2003年6月06日
主文
１ 原告らの各訴えのうち，
(1) 被告沖縄県知事Ａに対し，辺野喜地区団体営農地開発事業に関する公金支出等の差止めを求める訴え
(2) 被告沖縄県知事Ａが，被告Ｂに対し，同被告が辺野喜地区団体営農地開発事業に関して平成７年８月２５日に金３６４万８０００円及び平成８年１０月４日に金３９３万２０００円の各補助金を支出したことについて，不法行為に基づく同支出額相当の損害及びその遅延損害金の賠償請求権を有しているにもかかわらず，その行使を怠っていることが違法であることの確認を求める訴え
(3) 被告Ｂに対し，沖縄県に代位して，同被告が辺野喜地区団体営農地開発事業に関して平成７年８月２５日に金３６４万８０００円及び平成８年１０月４日に金３９３万２０００円の各補助金を支出したことについて，不法行為に基づき同支出額相当の損害及びその遅延損害金の賠償を求める訴え
をいずれも却下する。
２ 被告沖縄県知事Ａが，被告Ｂに対し，同被告が辺野喜地区団体営農地開発事業に関して補助金を支出したことについて，不法行為に基づく金２７６７万８０００円並びに内金９００万１０００円に対する平成８年５月２７日から，内金６４６万２０００円に対する平成９年５月２６日から，内金５９６万８０００円に対する平成１０年４月１５日から及び内金６２４万７０００円に対する平成１０年５月１５日から各支払済みまで，年５分の割合による損害賠償請求権を有しているにもかかわらず，その各行使を怠っていることが違法であることを確認する。
３ 被告Ｂは，沖縄県に対し，金２７６７万８０００円並びに内金９００万１０００円に対する平成８年５月２７日から，内金６４６万２０００円に対する平成９年５月２６日から，内金５９６万８０００円に対する平成１０年４月１５日から及び内金６２４万７０００円に対する平成１０年５月１５日から各支払済みまで，年５分の割合による金員を支払え。
４ 訴訟費用は，原告らと各被告との間に生じた分をそれぞれ５分し，その１を原告らの負担とし，その余を各被告の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の申立て
１ 請求の趣旨
(1) ア 主位的請求
被告沖縄県知事Ａは，辺野喜地区団体営農地開発事業に関して，公金を支出し，契約を締結若しくは履行し，債務その他の義務を負担し，又は地方債起債手続をとってはならない。
イ 予備的請求
被告沖縄県知事Ａが，被告Ｂに対し，辺野喜地区団体営農地開発事業に関して，不法行為に基づく金３５２５万８０００円の損害賠償請求権並びに内金３６４万８０００円に対する平成７年８月２５日から，内金９００万１０００円に対する平成８年５月２７日から，内金３９３万２０００円に対する平成８年１０月４日から，内金６４６万２０００円に対する平成９年５月２６日から，内金５９６万８０００円に対する平成１０年４月１５日から及び内金６２４万７０００円に対する平成１０年５月１５日から各支払済みまで，年５分の割合による損害賠償請求権を有しているにもかかわらず，その各行使を怠っていることが違法であることを確認する。
(2) 被告Ｂは，沖縄県に対し，金３５２５万８０００円並びに内金３６４万８０００円に対する平成７年８月２５日から，内金９００万１０００円に対する平成８年５月２７日から，内金３９３万２０００円に対する平成８年１０月４日から，内金６４６万２０００円に対する平成９年５月２６日から，内金５９６万８０００円に対する平成１０年４月１５日から及び内金６２４万７０００円に対する平成１０年５月１５日から各支払済みまで，年５分の割合による金員を支払え。
(3) 訴訟費用は被告らの負担とする。
２ 被告らの請求の趣旨に対する答弁
(1) 本案前の答弁
ア 原告らの訴えをいずれも却下する。
イ 訴訟費用は原告らの負担とする。
(2) 本案の答弁
ア 原告らの請求をいずれも棄却する。
イ 訴訟費用は原告らの負担とする。
第２事案の概要
１ 本件は，沖縄県（以下「県」という。県名について記載しない場合，沖縄県内の市町村を指す。）の住民である原告らが，辺野喜地区団体営農地開発事業（以下「本件事業」という。）及び事業の変更について県知事がした認可が，土地改良法（平成１１年法律第８７号による改正前のもの。以下，「土地改良法」という場合，同改正前のものを指す。）等に違反して違法・無効であるとして，①地方自治法（平成１４年法律第４号による改正前のもの。以下，「地方自治法」という場合，同改正前のものを指す。）２４２条の２第１項１号に基づき，被告沖縄県知事Ａ（以下「被告知事」という。なお，訴訟提起時の被告沖縄県知事はＢであったが，訴訟係属中にＡが被告の地位を承継している。）に対し，本件事業に関する公金支出等の差止めを求め，②同条項４号に基づき，県に代位して，県が本件事業に関し，平成７年８月２５日から平成１０年５月１５日までの間に，合計金３５２５万８０００円の補助金を支出した（以下「本件補助金支出」という。）ことが違法な公金支出であり，県に同額の損害を与えたとして，当時県知事として支出の命令権限を有していた被告Ｂ（以下「被告Ｂ」という。）に対し，本件補助金支出相当額の損害とこれに対する各支出日以降の民法所定年５分の割合による遅延損害金の賠償を求め，③上記①差止請求の予備的請求として，同条項３号に基づき，被告知事に対し，県が被告Ｂに対する上記②損害賠償請求権を有しているにもかかわらず，その各行使を怠っていることが違法であることを確認することを求めた事案である。
２ 前提事実（争いのない事実及び証拠により明らかに認められる事実）
(1) 当事者
原告らは，県の住民である。
被告知事は，県の公金の支出，財産の管理若しくは処分，契約の締結若しくは履行，債務その他の義務の負担，又は地方債起債手続などの行為をなすにつき最終権限を有する者である。
被告Ｂは，本件補助金支出当時，県知事の職にあり，本件事業の実施に対する補助金の支出を命じる予算執行権限を有していた。
(2) 本件事業の概要
本件事業は，沖縄県国頭郡国頭村（以下「国頭村」という。）に所在する勅令貸付国有林である県営林内において，国頭村が事業主体となって行う土地改良事業（農用地造成）である。
本件事業の計画・実施に際して，環境影響事前評価（環境アセスメント）は行われなかった。
ア 当初計画
本件事業に関する当初の計画は，昭和６０年１０月１７日，国頭村から県知事に対し，土地改良事業の認可申請がなされ，昭和６１年２月７日，当時の県知事Ｃが認可した。
当初計画の事業内容は，造成面積を３２．３ヘクタール，受益戸数を１３戸，基幹作物をサトウキビ・大根，造成工法を改良山成畑工とするもので，工期は昭和６０年度着工，平成９年度完了予定とされた。
本件事業の総事業費は７億円とされ，その負担割合は，国が７５パーセント，県が１２．５パーセント，国頭村が６．２５パーセント，受益者が６．２５パーセントとされた。
イ 第１回計画変更
本件事業に関して，昭和６３年度及び平成４年度に，事業費の増加を伴う事業計画変更の必要性が生じた。
この事業計画の変更について，平成９年９月１６日，国頭村から県知事に対し，計画変更の認可申請がなされ，同年１２月２日，当時の県知事被告Ｂが認可した。
ウ 第２回計画変更
本件事業に関して，平成７年度に事業費の減少を伴う，平成８年度に事業費の増加を伴う事業計画変更の必要性が生じた。
この事業計画の変更について，平成１０年６月１日，国頭村から県知事に対し，計画変更の認可申請がなされ，同年９月２８日，当時の県知事被告Ｂが認可した。
(3) 本件補助金支出
被告Ｂは，県知事として，本件事業に関して，国頭村に対し，下記のとおり補助金を支出した。
①平成７年８月２５日 ３６４万８０００円（「本件支出①」という。）
②平成８年５月２７日 ９００万１０００円（「本件支出②」という。）
③平成８年１０月４日 ３９３万２０００円（「本件支出③」という。）
④平成９年５月２６日 ６４６万２０００円（「本件支出④」という。）
⑤平成10年４月１５日 ５９６万８０００円（「本件支出⑤」という。）
⑥平成10年５月１５日 ６２４万７０００円（「本件支出⑥」という。）
(4) 監査請求
原告らは，平成８年９月２６日，県の監査委員に対し，地方自治法２４２条１項に基づき，本件事業が土地改良法の必要性等の基本要件を欠き，自然環境を破壊するため文化財保護法等にも反するなどとして，平成８年度以後の工事差止め，同７年度支出額の返還，完成部分の原状回復等を知事に勧告することを求める内容の「沖縄県職員措置請求書」を提出し，監査請求を行った（甲２，以下「本件監査請求」という。）。
これに対し，同監査委員は，平成８年１０月２９日付けで，原告らの監査請求は住民監査請求の制度に適合せず不適法の請求であるとして却下する旨通知した（甲３）。
(5) 本訴提起等
原告らは，平成８年１１月２５日，被告知事に対し，本件事業に関する公金支出の差止めを，被告Ｂに対し，県に代位して，平成７年度支出分（金１２５０万円）について，支出相当額の損害及び遅延損害金の賠償を求める住民訴訟として本訴を提起した。
原告らは，平成１０年５月２７日第８回口頭弁論において，同日付け訴え変更申立書で，被告Ｂに対し，本件支出③及び本件支出④について，支出相当額の損害及び各遅延損害金の賠償を求める訴えを追加する訴え変更の申立て（同変更申立書提出日は平成１０年５月２６日）をした。
原告らは，平成１４年１２月１３日第１９回口頭弁論において，同年１０月２６日付け訴え変更申立書で，被告知事に対し，本件事業に関する公金支出の差止請求の予備的請求として，被告Ｂに対して，本件事業に関する違法な本件補助金支出について，不法行為に基づく支出相当額（平成７年度から平成１０年５月１５日までの各支出合計として３５１０万９０００円）の損害賠償請求権及び各遅延損害金請求権を有しているにもかかわらず，その各行使を怠っていることが違法であることの確認を求める訴えを，被告Ｂに対し，本件支出⑤及び本件支出⑥について，支出相当額の損害及び各遅延損害金の賠償を求める訴えを追加する訴え変更の申立て（同変更申立書提出日は平成１４年１０月２７日）をした。
原告らは，平成１５年３月１９日第２０回口頭弁論において，同年３月３日付け訴状訂正申立書（訴えの変更）で，平成７年度分の支出額について，本件支出①及び本件支出②の合計額である１２６４万９０００円に変更し，本件補助金支出合計を３５２５万８０００円とする被告Ｂに対する損害賠償代位請求及び被告知事に対する損害賠償請求権不行使の違法確認を求める訴えに変更する申立て（同申立書提出日は平成１５年３月３日）をした。
(6) 本件事業の完了
本件事業の施行に伴う工事は，平成１０年３月２７日に完了し，本件事業に関する県の補助金支出は本件支出⑥で完了した。
第３本案前の答弁に関する争点及び争点に対する当事者の主張
１ 訴えの利益（差止請求について）
（被告知事の主張）
本件事業は完了しているから，差止請求は，差し止める対象が存在せず，訴えの利益を欠くため不適法であり，却下されるべきである。
（原告らの主張）
訴えの利益を欠くとの主張は争う。
２ 監査請求前置－監査請求期間徒過についての正当な理由（本件支出①に関する被告知事に対する損害賠償請求権不行使の違法確認及び被告Ｂに対する損害賠償代位請求について）
（被告らの主張）
本件支出①については，公金支出がなされた日から１年の監査請求期間を徒過して監査請求がなされている。
本件補助金支出に関する公文書は，平成４年７月１日施行の沖縄県情報公開条例の規定する開示対象文書であり，事柄の性質上何ら秘匿すべき事項でもないから，県の担当部署に直接問い合わせることによっても知り得たものである。実際，原告らが本件監査請求時に提出した平成７年度支出額，支出年月日を記載した文書（甲２の４）は，原告らからの照会に対して，県が任意に回答した内容が記載されている。
よって，原告らが，本件支出①がなされたことにつき，それを知る方法は，制度上保障されており，本件事業は平成７年度より以前から継続的に工事が行われているのであるから，各年度において県の支出がなされていることは外形的にも明らかであり，原告らは，本件支出①のなされたころには，それを知り得たというべきであって，監査請求期間を徒過したことについて，地方自治法２４２条２項但書所定の正当な理由は認められず，監査請求前置の要件を欠き，不適法である。
（原告らの主張）
原告らが，本件支出①がなされたことにつき，監査請求期間を徒過したことには，地方自治法２４２条２項但書所定の正当な理由がある。
本件支出①は，土地改良法に定められた公告・縦覧の計画変更手続を経ずになされた違法なものであり，原告らが，当初計画と異なる変更計画の工事内容の必要費用を具体的に知り得る機会はなく，平成９年１２月に認可された変更手続において初めてその具体的内容を知り得たというべきである。それまで，原告らが，変更手続の欠落した「違法な」公金支出を疑うことは，相当な注意をもってしても著しく困難であり，情報公開条例等によって調査を行うことは不可能であったといえ，監査請求期間を徒過したことには正当な理由がある。
３ 監査請求前置－監査請求後の支出（本件支出③ないし⑥に関する被告知事に対する損害賠償請求権不行使の違法確認及び被告Ｂに対する損害賠償代位請求について）
（被告らの主張）
原告らによる本件監査請求では，①平成８年度以後の工事差止め②平成７年度支出額の返還③完成部分の原状回復が求められており，公金支出については平成７年度分しか監査請求の対象とされていない。よって，平成８年度及び平成９年度の支出については，監査請求の対象とされていないから，本件支出③ないし⑥に関する請求は，監査請求前置の要件を欠き，不適法である。
また，本件支出③については，本件訴訟提起（平成８年１１月２５日）前の支出であって，訴訟係属中の支出ではなく，訴訟における差止請求の対象とされていないから，適法な監査請求を経ていない（出訴期間も徒過している。）。
（原告らの主張）
住民訴訟の対象となる行為又は事実は，住民監査請求にかかわる行為若しくは事実から派生し，又はこれを前提として後続することが必然的に予想されるすべての行為若しくは事実に及ぶものであるところ，原告らのなした本件監査請求には，平成８年度以降の工事差止めの措置請求があり，これは，差止めに係る工事に関連する費用，公金の支出の差止めを当然含んでいるものである。
このように，監査請求において，工事の差止めを請求していたところ，住民訴訟の提起の前後に，監査請求における差止めに必然的に含まれる公金の支出が行われてしまった場合には，当該支出を対象として新たに監査請求をする必要はなく，当該支出を行った者を被告とする損害賠償代位請求を追加提起すればよいとされている。
よって，本件監査請求後になされた支出に関する請求は，監査請求前置の要件を満たしており，適法である。
４ 出訴期間（上記３と同じ各請求について）
（被告らの主張）
原告ら主張のとおり，本件監査請求後の支出分について，訴えの追加的変更によることが認められるとしても，訴えの変更は，新訴の提起に他ならないから，出訴期間の定めのあるものは，その出訴期間内に変更の申立てがなされなければならないのが原則であり，その場合の出訴期間は，当該公金支出を住民が知り得た日から３０日以内と解すべきである。そして，上記２指摘の事情によれば，原告らは，各支出のなされたころには，それを知り得たというべきである。
原告らは，本件において，本件支出③及び本件支出④に関する被告Ｂに対する損害賠償代位請求について平成１０年５月２６日，本件支出⑤及び本件支出⑥に関する被告Ｂに対する損害賠償代位請求と本件補助金支出に関する被告知事に対する損害賠償請求権不行使の違法確認について平成１４年１０月２７日に，それぞれ訴えの変更申立書を提出しており，いずれも支出のなされた日から３０日を経過した後で，出訴期間を経過した後になされたものであることは明らかである。
よって，訴え変更により追加された請求については，出訴期間を徒過したもので不適法であり，却下されるべきである。
（原告らの主張）
地方自治法２４２条の２第２項所定の出訴期間の定めは，住民訴訟の前置とされる監査請求がなされ，かつ，監査請求の結果通知があった場合，監査による措置を講じる期間が指定された場合，監査委員が監査又は勧告を行わない場合等不変期間である出訴期間を明確に知り得ることを前提としている。
監査請求ないし住民訴訟提起後，当初の監査請求の対象事項に関連し，これと同一性を有する新たな行為が生じた場合，改めて監査請求をする必要はないことからすると，新たな行為については，住民訴訟の出訴期間の始期を確定する独立の監査請求が存在しないのであるから，当初の監査請求を前置した住民訴訟が適法な出訴期間内に提起されていれば，その後，訴えを追加的に変更した請求についても，出訴期間を遵守したものとみなすべきである。
本件において，当初提訴の請求は，適法な出訴期間内に提起されたものであるから，その後，訴え変更により追加した請求についても，適法であるというべきである。
５ 住民訴訟の対象及び違法事由（被告知事に対する損害賠償請求権不行使の違法確認及び被告Ｂに対する損害賠償代位請求について）
（被告らの主張）
地方自治法２４２条の２第１項の規定に基づく住民訴訟の対象事項となるのは，公金の支出等のいわゆる財務会計上の行為に限定される。また，地方自治法における住民訴訟制度は，普通地方公共団体の行政一般の適正を確保することを目的とするのではなく，地方公共団体の財務会計の適正を担保することを目的とする制度であるから，住民訴訟において問題とされる違法事由は専ら地方公共団体の財務会計の適正を図る観点からの違法事由であり，裁判所が，住民訴訟においてそれ以外の観点から違法事由の有無を審理・判断することを同法は予定していないというべきである。
よって，本件訴訟において，本件事業及び知事の認可行為の違法を問題とし，財務会計上の行為以外の原因行為の違法を主張している原告らの本件訴えは，住民訴訟として不適法であり，却下されるべきである。
（原告らの主張）
原告らは，本件訴訟において，公金支出等の財務会計上の行為を対象とし，その違法性についても，本件事業及びこれに対する知事の認可が違法・無効であるため，これを前提とする本件補助金支出が違法であるとして，財務会計上の行為自体の違法性を問題としているのであって，住民訴訟として適法である。
第４本案に関する争点及び争点に対する当事者の主張
１ 先行する原因行為の違法と当該財務会計行為の違法との関係について
（原告らの主張）
公金の支出は，その公金支出手続自体が違法である場合のほか，当該公金支出の目的ないし根拠となる支出の原因行為（先行行為）が不存在の場合，又は違法・無効である場合にも違法となる。本件においては，本件補助金支出の原因行為であり先行行為となる本件事業及びこれに対する知事の認可が不存在又は違法・無効であるから，これを前提とする本件補助金支出は違法である。
（被告らの主張）
たとえ財務会計上の行為に先行する原因行為に違法事由が存する場合であっても，財務会計上の行為を捉えて損害賠償請求を問うことができるのは，その原因行為を前提としてなされた当該職員の財務会計行為自体が財務会計法規上の義務に違反する違法なものであるときに限られるとするのが相当であり，先行行為の違法が後行の財務会計上の行為に影響を及ぼすのは，処分が著しく合理性を欠き，そのためこれに予算執行の適正確保の見地から看過し得ない瑕疵が存する場合に限られる。
本件では，本件事業の認可行為について，処分が著しく合理性を欠き予算執行の適正確保の見地から看過し得ない瑕疵が存しないことは明らかである。また，本件事業の認可行為と補助金交付決定は全く別個の行為であり，土地改良事業を認可したとしても，当然補助金の支出が義務付けられるわけではなく，補助金の支出は認可行為とは別個の観点から決定されるもので，直接の法的な関連性はないから，認可処分の違法が補助金の支出に影響を与えることはない。
２ 本件事業の実体的違法について（平成１３年６月１５日の第１３回準備的口頭弁論調書添付の争点整理案（改訂版）に基づく）
（原告らの主張）
(1) 本件事業の必要性の欠如
国頭村においては，農家戸数が減少し，耕作放棄地が増加しており，本件事業計画で作付け予定とされているサトウキビや国頭村の主要農産物であるパイナップルの農業生産量は減少傾向にあるから，耕地面積拡大の必要性はなく，農家１戸当たりの耕作面積を拡大する必要があるのであれば，耕作放棄地を活用すれば足りるのであって，本件事業の必要性はない。
また，本件事業の農耕者は，周辺に居住しておらず，耕作，農作物の搬出のため，徒歩又は自動車交通を利用せざるを得ず，時間的にも経済的にも負担を伴い，採算性にも影響する上，農作物の状況を継続的に管理することは困難である。しかも，本件農用地には灌漑施設が設置されておらず，必要な灌漑用水は給水車などで搬入しなければならず，時間的，経済的負担も大きく，酸性度の高い土壌の改善維持のためには，多大の費用と労力を要する。これらの事情からすると，本件事業の必要性の検討において，本件事業の対象地の水利その他の自然的環境，社会的環境，経済的環境からみて本当に必要であるとは認められず，その必要性は合理的根拠を欠くものである。
(2) 本件事業の経済性の欠如
土地改良法における経済効果算定においては，すべての効果とすべての費用を算定して，比較しなければならないが，本件事業においては，以下のとおり，適正な算定が行われておらず，費用対効果の観点から合理性が認められない。
ア 経済効果算定項目の欠如
本件事業計画の経済効果測定の内容を見ると，作物生産効果と維持管理費節減効果の２項目しか挙げられていない。作物の播種直後の灌漑費用，農耕地から流出する表土の流出防止，沈砂池等の土砂の除去，農地への復土，赤土流出防止施設の補修や維持管理費用が計上されていない。
また，本件造成農地は，営農農家から数キロメートル離れた山中に位置しているため，農耕のための通作交通費用，農業輸送費用等が必要であるが，これらも計上されておらず，本件事業計画の経済効果測定は極めて不完全である。
イ 作物生産効果の不当な算定
本件事業計画の作物生産効果は，単位面積当たりの収量，作付け面積等の根拠がなく，過大に算定されている。
ウ 維持管理費節減効果の不当な算定
本件事業計画の維持管理費節減効果は，算定の根拠が示されておらず，計画の変更による維持管理費節減効果の変化の説明がなく，農道維持管理費が計上されていないなど，過小に算定され，極めて恣意的になされている。
また，「土地改良事業計画変更調査報告書」（甲３５）では，赤土防止対策の必要性及び沈砂池等防災施設の維持管理徹底の必要性を指摘しているが，これらに伴う維持管理費用も算定されていない。
(3) 自然環境の破壊等
本件事業は，その対象地及び周辺地域の自然環境が極めて貴重であり，これに及ぼす影響は重大であると考えられるところ，自然環境に対する配慮を著しく欠いており，以下の自然環境関連法令等に違反する。
ア 文化財保護法違反
天然記念物の保存に影響を及ぼす行為をしようとするときは，文化庁長官の許可を受けなければならないところ（文化財保護法８０条１項），本件事業がやんばるの天然記念物の保存に影響を及ぼすことは明らかであるのに，本件事業について文化庁長官の許可を受けていない。
イ 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成１１年法律第１６０号による改正前のもの。以下，「種の保存法」という場合，同改正前のものを指す。）違反
地方公共団体は，国内希少野生動植物種の生きている個体の捕獲等（捕獲，採取，殺傷又は損傷）をしようとするときは，あらかじめ環境庁長官に協議しその同意を得なければならないところ（種の保存法５４条２項），協議がなされていない。
ウ 人格権，環境権等侵害
本件事業により，大量の赤土が流出し，珊瑚礁を中心とした海の生態系を破壊し，沖縄の漁業・観光産業に多大な損害を及ぼしており，県は，今後，赤土流出防止，沖縄の漁業・観光産業の被害回復のための支出を余儀なくされ，県財政が圧迫されることになる。これは，原告ら，県住民の人格権，財産権，環境権，自然享有権に対する現実の差し迫った危険，侵害行為である。
（被告らの主張）
(1) 本件事業の必要性について
国頭村における本件事業計画作成当時（昭和５５年当時），１戸当たり平均経営耕地面積は０．８４ヘクタールであり，耕地面積の狭隘さと零細な農業規模が国頭村における農業の生産性の向上，農業総生産の増大を阻害し，農業構造の改善を阻んでいた。
よって，本件事業により農用地を造成し，耕地面積を集約的に拡大することは，農業の生産性の向上，農業総生産の増大，農業生産の選択的拡大，農業構造の改善に資するので，必要性の要件は十分満たす。
耕作放棄地では，その耕作地自体が狭い土地で点在していることから，耕作放棄地の利用によって農用地造成の代替はできない。
(2) 本件事業の経済性について
経済効果測定は，通達により具体的な測定項目，測定方法が定められており，本件事業計画においても，これに従って適正に測定されており，その結果，効果を費用で除した投資効率は１を超えている。
農用地造成では，原告ら指摘の点は測定を要しないことになっている。灌漑費用，土壌流出防止対策は通常のほ場管理としての性質を有するので，個別的な効果算定の対象とはならない。沈砂池の土砂上げ等管理は，営農行為の一環として位置付けられ，赤土流出防止のためのススキマルチ及び植生工の実施は，造成が完成してから作付けするまでの間のものでほ場を耕作することで畑にすきこまれるので，維持管理費の計上は要しない。
作物生産効果は，適切に算定されている。単位面積当たり収量は，マンゴーを除いて，沖縄総合事務局農林水産部統計情報課編集の園芸・工芸農作物市町村別統計書により算定されており，マンゴーは，沖縄県農林水産部作成の果樹栽培要領の数値を参考に単収見込みとして算定されたものである。
土地改良事業計画及び変更計画における営農計画（経済効果測定）については，国頭村策定の「国頭村農業振興地域整備計画書」及び「国頭村農業生産総合計画書」国頭村農業協同組合作成の「地域農業振興計画書」を基に地域農業振興を図る観点から総合的に判断して計画されている。
(3) 自然環境関連法令等について
ア 文化財保護法違反
本件事業について，文化財保護法８０条１項の許可は受けていないが，本件事業は，事業規模，事業面積等から，同条項但書に規定される「影響が軽微である場合」に該当するから文化庁長官の許可を得る必要はなく，同法違反はない。
イ 種の保存法について
本件事業は農用地開発事業であり，「生きている個体の捕獲等をしようとするとき」に該当しないから，本件事業に，種の保存法５４条２項の適用はなく，環境庁長官との協議等を経ていないことは違法ではない。
ウ 人格権，環境権について
原告らの主張する環境権，自然享有権は現行法上法的権利として承認されておらず，現実の差し迫った危険もない。また，原告らは，本件事業の実施地域である国頭村以外の住人であり，原告らの人格権，財産権侵害が問題になることはない。
３ 本件事業の手続的違法について
（原告らの主張）
(1) 本件事業の計画変更手続の違法
土地改良事業を変更する場合には，省令の定めるところにより，当該市町村の議会の議決を経て必要な事項を定め，都道府県知事の認可を受けなければならず，適法な計画変更手続を実施しなければ，計画変更に係る工事の実施及びそれに関する公金支出もすることはできないものである。
本件事業においては，適正な変更手続を欠いたまま，計画変更に係る工事等が実施され，それを前提とした本件補助金支出もなされており，適法な先行行為が不存在で根拠のないまま，公金支出がなされており，違法である。
また，この本件補助金支出の違法性は，事後的に変更手続を実施したとしても治癒されるべきものではない。すなわち，土地改良法が定める土地改良事業の計画変更手続は，その適否の審査及び認可の後に，変更工事を実施し，これに必要な費用負担もなされることが当然の前提となっており，過去に実行した工事，それに関する違法支出の事実を事後的に承認することを容認するものではない。
仮に，事後的な承認により，瑕疵の治癒が可能であるとしても，瑕疵が治癒されるには，変更工事を含む新たな計画変更手続が適法有効になされ，既になされた公金支出等の瑕疵を明示的に認めた上で，これを是正する新たな財務支出承認行為がなされなければならない。しかし，本件における，計画変更の各手続は，以下のとおり，著しい手続瑕疵があるため違法であり，過去の違法な公金支出を治癒するに足りる手続がなされたとはいえない。
ア 第１回計画変更手続の瑕疵
第１回計画変更手続は，本件訴訟提起後，原告らが計画変更手続の必要性を指摘した後に慌ててなされたものであり，計画変更手続の必要書類である「団体営土地改良事業変更計画書」（甲３６の４）には変更内容が記載された図面の添付がなく，知事が詳細な審査を行う際の基礎資料となるべき専門技術者による「土地改良事業計画変更調査報告書」（甲３５）は，わずか１日で作成され，変更の理由，必要性，費用対効果の算出根拠等の調査及び吟味がなされたとは到底認められない杜撰なものである。
よって，第１回計画変更手続は適正になされたとは認め難い重大な瑕疵があり，それを看過してなされた知事による変更計画の認可は，不存在又は違法というべきものである。
イ 第２回計画変更手続の瑕疵
第２回計画変更手続は，第１回計画変更手続と同様，本件訴訟において，手続の必要性に気付き，事業完了間近になって慌てて開始されたものであり，公告された「土地改良事業計画変更概要書」（乙１６の２）は，第１回計画変更手続のものをほとんど引き写したものであり，専門技術者による調査においても，現地を調査することなく，計画変更に係る必要性，費用対効果の算出根拠等の吟味がなされたとは認め難く，誤記，記入漏れ等形式的不備もあるなど杜撰なものである。
よって，第２回計画変更手続は，適正になされたとは認め難い重大な瑕疵があり，それを看過してなされた知事による変更計画の認可は，不存在又は無効というべきものである。
(2) 環境影響事前評価（環境アセスメント）の欠如による手続違反
土地改良法は，土地改良事業計画決定に際して，同法８条４項１号の政令で定める必要性，技術的可能性，経済性の検討を要請しており，その趣旨として，これらの要件を検討するに当たり，当然に現地の実態把握等について事前の調査，予測，評価を要求するものである。そして，同法では，基本的要件のうちでも最も基本的な要件の１つである「必要性」の検討項目として，社会的経済的環境とともに「自然的環境上」の検討を明確に掲げているが，これは土地改良事業計画の基本的要件の検討において，自然的環境を対象とした環境アセスメントの実施を当然に予定しているものと解すべきである。
本件事業の対象地とその周辺地域の自然環境は，極めて貴重であり，慎重に保全されるべきものであるところ，本件事業がこれに及ぼす影響は重大であると考えられる。ところが，本件事業に関しては，当初計画においても，計画変更手続に際しても，当該事業対象土地の自然生態系調査，天然記念物，国内希少野生動植物に関する生息調査等はいずれも実施されず，合理的根拠のないまま必要性及び相当性の判断が恣意的になされた。
（被告らの主張）
(1) 本件事業の計画変更手続について
土地改良事業は，計画と施工との間に若干の異同を生ずることは不可避であり，常に工事実施とその代金支払より事前に計画変更の認可の変更手続を要求することは，事業の遂行に重大な支障を与えるもので，非現実的である。
土地改良法９６条の３第１項は，常に計画変更についての法定手続を事前に行うことを要求しているのではなく，計画変更の内容等に応じて，事後的に変更手続を行うことをも許容していると解すべきである。たとえ，事前に変更手続が必要だとしても，事後的に変更手続を受けた時点で手続的瑕疵は治癒され，適法となった。
また，専門技術者による当該報告書は，すべて適正に作成されたものであり，短期間に作成されたものではあるが，変更手続に先行して農用地開発事業実施要綱・要領に基づく審査を経ていたもので，法律上の調査，検討事項についても十分な検討がなされていたことから，その内容については何ら問題はない。
(2) 環境影響事前評価（環境アセスメント）について
土地改良法は，環境アセスメントを義務付けたものではない。沖縄県では，平成４年９月１８日，沖縄県環境影響評価規程（沖縄県告示７６３号）を決定して告示しているが，この規程によれば，土地改良法に規定する土地改良事業としての農用地の造成については，地区面積１００ヘクタール以上のものに限って，環境影響事前評価が要求されており，本件事業は，この規程によっても対象事業とならない小規模のものである。
よって，環境影響事前評価を経ていないからといって違法の問題が生じる余地はない。
４ 被告Ｂの責任について
（原告らの主張）
被告Ｂは，本件事業及びこれに対する知事の認可が違法であり，したがって，本件事業に関する公金支出が違法であることを知り，又は過失により知らずに支出を命じ，県に対して同額の損害を与えたのであるから，県に対して当該損害を賠償する責任がある。被告Ｂは，平成２年１２月１０日に県知事に就任したが，その後，本件事業計画が数回にわたり変更されたにもかかわらず，その計画変更に対する知事の認可を欠いたままであることを知りながら，補助金を支出した。
なお，土地改良事業の認可が県の農林水産部長の専決処分とされても，知事は土地改良法に定められた認可処分の権限を喪失したり，責任を免れたりするものではない。しかも，沖縄県事務決裁規定では，事業の計画変更の認可は，農林水産部長の専決事項とは定められていない。本件事業における計画変更の認可を農林水産部長の専決により行わせたとすれば，そのこと自体が違法である。
（被告Ｂの主張）
本件事業が認可されたのは，昭和６１年２月７日であり，同事業を認可したのは，被告Ｂの前任の県知事であるＣである。後任者である被告Ｂは，既に実行されている事業に対して補助金を支出するに当たり，適法なものとして支出しているから当然故意はなく，前任者が行ったすべての事業を見直して再審査した後でなければ公金を支出してはならないというのは現実離れした話であるから過失もない。
また，本件事業の認可処分及び変更計画の認可処分は，県の農林水産部長が専決処分として行ったものであり，被告Ｂが自ら行ったものではない。したがって，被告Ｂには，本件補助金支出を違法として認識すべき事情があったとはいえず，過失を認めることはできない。
第５本案前の争点に対する裁判所の判断
１ 差止請求について
前記前提事実(6)記載のとおり，本件事業は，平成１０年３月２７日にすべて完了し，本件事業に関する県の国頭村に対する補助金支出も，同１０年５月１５日に支出された６２４万７０００円をもって完了しているものである（当事者間に争いがない。）。
よって，原告らが，被告知事に対し，本件事業に関する公金支出等の差止めを求める訴えは，訴えの利益を欠くことが明らかであり，不適法といわなければならない。
２ 本件支出①に関する監査請求期間徒過について
前記前提事実(3)及び(4)記載のとおり，原告らは，本件支出①がなされた日から１年の監査請求期間が経過後，本件監査請求をしているところ，このような監査請求期間の徒過について，地方自治法２４２条２項但書所定の正当な理由が認められるか否かが問題となる。
地方自治法において，監査請求に期間制限が設けられた趣旨は，住民訴訟が提訴者の個人的権利や利益と関係なく提起できる客観訴訟であり，普通地方公共団体の執行機関，職員の財務会計上の行為が，いつまでも監査請求ないし住民訴訟の対象となり得るとすると，当該行為の法的安定性を損なうからである。そして，同法２４２条２項但書は，当該行為が秘密裡になされ，１年を経過してから初めて明らかになったような場合等には，その趣旨を貫くのは相当ではないことから定められたものであって，ここにいう正当な理由の有無は，普通地方公共団体の住民が相当の注意力をもって調査したときに客観的にみて当該行為を知ることができたか，また，当該行為を知ることができたと解される時から相当な期間内に監査請求をしたかどうかによって判断すべきものである。そして，当該行為が秘密裡になされた場合に限らず，普通地方公共団体の住民が相当の注意力をもって調査を尽くしても客観的にみて監査請求をするに足りる程度に当該行為の存在又は内容を知ることができなかった場合も同様に，特段の事情のない限り，普通地方公共団体の住民が相当の注意力をもって調査すれば客観的にみて監査請求をするに足りる程度に当該行為の存在又は内容を知ることができたと解される時から相当な期間内に監査請求をした場合には，正当な理由があると解すべきである（以上につき，最高裁判所昭和６３年４月２２日第２小法廷判決・裁判集民事１５４号５７頁，同平成１４年９月１２日第１小法廷判決・民集５６巻７号１４８１頁参照）。
そこで検討するに，本件事業は，昭和６１年２月７日，県知事により認可され，その後，国頭村において事業施行に伴う工事がなされていたことは外形的に明らかであり，県による補助事業として，県から国頭村に対する補助金が支出されることも上記認可手続において縦覧に供された計画書等から明らかであったところ，原告らが本件監査請求時に提出した平成７年度支出額，支出年月日を記載した文書（甲２の４）によれば，平成８年１０月２日，県農林水産部農地建設課は，原告らによる問い合わせに対して，平成７年度の支出額が１２６４万９０００円，支出年月日は第１回が平成７年５月２４日，第２回が同年８月２５日であることを任意に回答するなどの対応をとっていることが認められる。これよりすれば，県の住民は，県情報公開条例によって本件補助金支出に関する公文書の開示を求めたり，県に問い合わせることなどによって，本件支出①がなされた後，さほど間をおかずして，本件補助金支出の概要を知り得たというべきである。そして，原告らは，本件監査請求において，前記前提事実(4)記載のとおり，本件事業が土地改良法の必要性等の基本要件を欠き，自然破壊のため文化財保護法等にも反するなどとして，その違法性を主張していることからすると，具体的公金支出行為が明らかになって初めてその違法性を認識し得たというわけではなく，具体的公金支出行為を特定して監査請求をするにしても，当該公金支出後，さほど間をおかずして，客観的にみて監査請求をするに足りる程度に当該行為の存在又は内容を知ることが可能となったというべきであり，原告らが，本件支出①の１年１か月を経過した後に，本件監査請求をしたことについて，正当な理由があるとは認められない。
この点，原告らは，本件補助金支出が，土地改良法に定められた公告・縦覧の計画変更手続を経ずになされており，原告らが，当初計画と異なる工事内容の必要費用を具体的に知り得たのは平成９年１２月に認可された計画変更手続においてであり，それまでは，変更手続の欠落した違法な公金支出がなされたことを知り得なかったと主張する。しかし，原告らによる本件監査請求は，上記のとおり，本件事業が必要性等土地改良法の基本要件を欠き，自然破壊のため文化財保護法等にも反するなどと主張してなされたものであって，変更手続の欠落による本件補助金支出の違法を主張していたわけではないから，計画変更の手続によって工事内容の必要費用が具体的に明らかにされていなかったからといって，原告らが上記と同様の違法を主張して監査請求をすることが妨げられるものではなく，監査請求期間を徒過したことに正当な理由があるということはできない。
そうすると，原告らが，被告知事が被告Ｂに対する不法行為に基づく損害賠償請求権等の行使を怠っていることの違法確認を求める訴え及び被告Ｂに対してする損害賠償代位請求のうち，平成７年８月２５日にした３６４万８０００円の支出に係る分については，監査請求期間の徒過について，地方自治法２４２条２項但書所定の正当な理由が認められないから，適法な監査請求の前置を欠くことになり，不適法といわなければならない。
３ 監査請求手続中及びその後になされた支出に関する監査請求前置の要件充足について
住民訴訟を提起するには，当該訴訟の請求と同一の事項について監査請求を経ていることが必要であるが，その請求が同一であるとして住民訴訟の対象となる範囲は，監査請求に係る行為若しくは事実から派生し，又はこれを前提として後続することが必然的に予測されるすべての行為若しくは事実に及ぶと解すべきである。
本件において，前記前提事実(4)記載のとおり，原告らは，本件事業が土地改良法の必要性等の要件を欠くなどと主張して，平成８年度以後の工事差止め，同７年度支出額の返還及び完成部分の原状回復等を知事に勧告することを求める本件監査請求をしており，当該監査請求中及びその後の本件事業に関する補助金の支出は，本件監査請求の対象となった本件事業に関する工事や支出等から派生し，又はこれを前提として後続することが必然的に予測される行為といえるから，当該監査請求をもって，監査請求手続中及びその後に支出された本件支出③ないし⑥に関する損害賠償請求権不行使の違法確認及び損害賠償代位請求についても，監査請求前置の要件を満たしていると認めるのが相当である。
被告らは，平成８年度及び平成９年度の支出について，本件監査請求の対象とされていないから，本件支出③ないし⑥に関する上記請求が監査請求前置の要件を欠き不適法であると主張する。
しかし，上記説示のとおり，監査請求の対象となった事業に関する工事や支出等から派生し又はこれを前提として後続することが必然的に予測される行為に関して，改めて監査請求前置を求める必要性が乏しいことは明らかであるから，被告らの主張は採用できない。
また，被告らは，本件支出③について，本件訴訟提起前の支出であって訴訟係属中の支出ではなく，訴訟における差止請求の対象とされていないから，同支出に関する訴えが適法な監査請求を経ていないと主張する。
しかし，本件支出③は，平成８年度以後の工事差止め等を知事に勧告することを求める本件監査請求の手続中に支出されたものであり，これに関する損害賠償請求権不行使の違法確認及び損害賠償代位請求が，本件監査請求に含まれるものと解すべきことは明らかであり，この点に関する被告らの主張も採用できない。ただし，本件支出③が，本件訴訟提起前の支出であって訴訟における差止請求の対象とされていないことによる出訴期間の制限の問題については，後述するとおりである。
４ 訴え変更により追加された各請求の出訴期間の要件充足について
前記前提事実(5)記載のとおり，原告らは，監査請求手続中及びその後になされた県の補助金の支出に関し，訴えの追加的変更により，被告知事の損害賠償請求権不行使の違法確認及び被告Ｂに対する損害賠償代位請求を提起している。
訴えの追加的変更は，変更後の追加された新請求については，新たな訴えの提起に他ならないから，その新請求について出訴期間が遵守されているか否かは，原則として，訴えの変更時を基準とすべきものである。しかし，変更後の新請求と変更前の旧請求との間に訴訟物の同一性が認められる場合，又は両者の関係からして，出訴期間の遵守の点において，変更後の新請求に係る訴えを旧請求の提訴の時に提起したものと同視し得る特段の事情がある場合には，例外的に旧請求の訴えの時に新請求の訴えの提起があったものとみなすことにより，出訴期間の遵守に欠ける点がないと認めるのが相当である。
これを本件についてみると，本件事業に関する公金支出の差止め及び既になされた平成７年度支出分に関する損害賠償代位請求と，本件訴訟提起後になされた本件支出④ないし⑥に関する損害賠償代位請求及びその不行使の違法確認とは，同じ違法主張を前提とするもので，その中心的な争点を共通とし，公金支出の事前差止請求と公金支出後の損害賠償代位請求等は，密接不可分の関係にあり，差止めを求められている公金が支出された場合，これに関して損害賠償代位請求等がなされるであろうことは当然に予測されるものといえる。また，被告についても，当初提訴の時から，被告知事と被告Ｂを相手方とするものであり，変更後の新請求においても，両名を被告としており，差止請求を維持しつつ，当初から提訴されていた損害賠償代位請求（附帯請求を含む。）の金額が変更され，これに伴う不行使の違法確認が追加されたにすぎない。
そうすると，本件においては，本件支出④ないし⑥に関する変更後の新請求に係る訴えを旧請求の訴えの提起の時になされたものと同視し，出訴期間の遵守において欠けるところがないと解すべき特段の事情があるものというべきである。
ただし，本件支出③に関しては，前記前提事実(3)ないし(5)記載のとおり，訴状においてこの支出に関する損害賠償代位請求が提起されておらず，また，本件訴訟提起（平成８年１１月２５日）前に，本件監査請求手続中の平成８年１０月４日に既に支出されたものであるから，本件訴訟における差止請求の対象に含まれないことも客観的に明らかである。そうすると，本件支出③に関しては，本件監査請求後，適法な出訴期間の範囲内に何らの訴訟も提起されていないのであるから，本件支出④ないし⑥と同様に，変更後の新請求に係る訴えを旧訴の提起の時になされたものと同視することは困難であり，本件支出③に関する訴えは，出訴期間を遵守しておらず，不適法といわなければならない。
原告らは，当初の監査請求を前置した住民訴訟が適法な出訴期間内に提起されていれば，その後，訴えを追加的に変更した請求についても，出訴期間を遵守したものとみなすべきであると主張する。
しかし，本件支出③に関しては，前記のとおり，訴状において損害賠償代位請求が提起されておらず，また，差止請求の対象にも含まれないのであるから，適法な出訴期間内に提起された訴訟がなく，上記主張自体失当といえる。仮に，原告らにおいて，平成８年度以後の工事差止請求に本件支出③に関する損害賠償代位請求等を含める意思であったとしても，客観的にみて提訴が可能であった同請求を（原告らにおいて，本件補助金支出の内容を知り得たことは，前述したとおりである。），訴状において提起していないことは明らかであるから，上記主観的意思が前記判断に影響を及ぼすものではない。
５ 住民訴訟の対象及び違法事由について
被告らは，住民訴訟において問題とされる違法は専ら地方公共団体の財務会計の適正を図る観点からの違法に限られ，裁判所が，住民訴訟においてそれ以外の観点から違法事由の有無を審理・判断することを地方自治法は予定していない旨主張して，原告らが本件事業及び知事の認可行為の違法を問題としていることを，財務会計上の行為以外の原因行為の違法に該当するとして，住民訴訟として不適法であると主張する。
しかし，原告らは，本件訴訟において，公金支出等の財務会計上の行為を対象としており，違法事由の問題については，後述のとおり，財務会計上の行為の違法事由として当該行為の原因又は目的となった事項の違法性を主張できるかという違法性の判断に関わるものであり，財務会計上の行為をした当該職員に対する損害賠償代位請求訴訟を前提とした場合であっても，当該職員が財務会計上の行為を行うに際して，財務会計上の行為に先行する原因行為に違法事由が存する場合，その職務上，どのような財務会計法規上の義務を負うかという観点から検討されるべきことであるから，これは当然本案において審理・判断すべき問題であり，原告ら主張に係る違法事由について裁判所が住民訴訟において審理・判断することを同法が予定していないものとはいえないから，被告らの主張は採用できない。
第６本案に関する争点に対する裁判所の判断
１ 証拠（甲１，甲２（枝番号を含む。以下同じ。）ないし７，甲９ないし１７，甲１９ないし４４，甲５６，甲５７，甲５９，甲６１，乙１ないし１１，乙１３ないし２１，乙２３ないし２７，乙３０ないし３４，原告Ｄ，証人Ｅ，同Ｆ，同Ｇ，平成１２年９月２９日実施の検証結果）及び弁論の全趣旨によれば，次の事実が認められる。
(1) やんばる地域の自然環境
国頭村は，沖縄本島の最北端，北緯２６度，東経１２８度付近に位置し，東村，大宜味村と隣接しており，これら沖縄県北部地域の最北部三村，国頭村，東村，大宜味村にまたがる山岳地域を通称やんばる（山原）という。
やんばるは，イタジイを主とする亜熱帯常緑広葉樹に覆われており，その土壌は国頭マージと呼ばれる赤土である。
やんばるには，沖縄本島最高峰の与那覇岳（４９８メートル），西銘岳（４２０メートル），伊湯岳（４４６メートル）などの大小幾多の山々が中央部を縦走して連なり，海岸近くまで丘陵地となっている。山々には無数の沢が流れ，大小の多くの河川となって海に注いでいるが，河川勾配が急峻で，流路面積が短い河川が多く，そのため渓流が複雑な地形を形作り，亜熱帯の渓流に特徴的な渓流植物群落が発達している。これらの植物は各々渓流により隔離され，固有種の分化が多い。
やんばるの年間降雨量は，与那覇岳山頂付近では３０００ミリメートルを超えるなどの多雨地域であり，大量の雨水をスポンジのように吸収して貯えるイタジイの自然林が，県民の水瓶，生活用水の供給源として極めて重要な機能を果たしてきた。
やんばるには，多くの固有種が分布生息しており，文化財保護法による天然記念物，種の保存法・同法施行令１７条所定の希少動植物種，環境庁編日本版レッドデータブック「日本の絶滅のおそれのある野生生物」掲載の絶滅危惧種・危急種・希少種が多数見られ，やんばるは，その種の多様性，希少性という点で国際的に有名であり，「東洋のガラパゴス」ともいわれている。やんばるにだけ生息する動植物は，現在判明しているものだけで１９２種に及び，これらの生物を育んできたのが，イタジイを主とする亜熱帯常緑広葉樹林である。イタジイの森は，そこに生息する生き物たちを台風や冬の北風，潮風から守り，夏の強い日差しを和らげ，これら希少動植物の生息に最適な温暖湿潤で安定した環境を保つ役割を果たしてきた。
やんばるの固有種の代表例といえるのは－①「ヤンバルクイナ」国指定天然記念物，種の保存法希少野生動植物種に指定され，絶滅危惧種である。世界中でやんばるのみに生息する。飛翔力のないこの鳥は，木立の密度が高く，樹冠が鬱閉し，林床にも植物が密に生息する沢や谷沿いに生息し，明るいところには稀にしか現れないといわれている。②「ノグチゲラ」国指定特別天然記念物，種の保存法の希少野生動植物種に指定され，絶滅危惧種である。世界中でやんばるの原生的自然林の中だけで生息する一属一種のキツツキで，営巣適木は樹齢５０年以上のイタジイの大木や老木で，傾斜した部分（地表に対し６０から７５度）を巣として利用し，同じ巣は再度使用しないなど多くの条件がある。生息数がわずか９０羽前後（１９９０年時点）と推定されており，個体群を維持できるかどうか危惧されている。③「ヤンバルテナガコガネ」国指定天然記念物，種の保存法の希少野生動植物種に指定され，絶滅危惧種である。日本最大の甲虫類で，やんばるの自然林だけに生息し，学術上は「生きている化石」の一つとされている。幼虫は老木や古木のウロ（樹洞）の中の腐食土を食べて成長する。やんばるの開発に伴い，ウロのある古木が急速に失われている現在，絶滅が最も心配されている種である。④「オキナワトゲネズミ」やんばるのみに生息する固有亜種で，学術的に貴重な動物とされている。国指定天然記念物，危急種。⑤「リュウキュウヤマガメ」やんばる，久米島，渡嘉敷島だけに生息する固有亜種。国指定天然記念物，危急種。⑥「ホントウアカヒゲ」沖縄本島と慶良間諸島に生息する固有亜種の留鳥。国指定天然記念物，種の保存法希少野生動植物種，危急種－である。
(2) 団体営農地開発事業の実施の手続等
団体営農地開発事業は，土地改良法３条に規定する資格を有する者からの農地開発事業実施の申請を受けて，市町村の長が開発予定地域を定め，その地域に関する農地造成事業計画の概要，営農計画の概要，資金計画の概要等を記載した農地開発基本計画の概要書に，開発予定の用地調達の可能性等を明らかにした調書を添えて，都道府県知事に基本計画樹立の申請をし，都道府県の知事が基本計画樹立の可否を決定した後，当該事業の受益者の事業実施の同意等を経て，都道府県知事が基本計画案を作成する。この基本計画案は，沖縄県の場合，沖縄総合事務局長により，事業の技術的可能性，経済性，営農計画の合理性等に関する条件の充足の審査を受け，その承認を受けると，県知事より市町村の長に送付され，市町村の長は，事業の受益者と事業実施につき協議をし，実施することに意見が一致したときには，その旨を県知事に報告し，事業主体を定めて，土地改良法上の事業申請手続を行うこととなる。
(3) 補助金交付に関する規定等
ア 国による補助
農用地開発事業実施要綱（乙１１）において，国が農地開発事業に対する助成措置として，事業費の負担及び補助をすることが定められ，団体営農地開発事業に関しては，農地造成事業等の工事等に要する経費及び事業に附帯する事務に必要な経費につき，別に定めるところにより，都道府県に対し補助するとされており，本件事業のように，事業主体が市町村の場合は，間接補助事業として，県を経由して補助金が交付されることになる。
そして，農地開発事業補助金交付要綱（乙３１）において，事業に要する経費に対する補助率が定められており，補助金交付の申請の様式は，①事業の目的②経費の配分及び事業計画の概要③事業の完了予定④収支予算書等を示してなすこととされている。また，工事費と事務費との経費の配分を変更する場合や，事業内容に一定の変更がある場合には，その変更の内容を示して，補助金変更承認の申請を行うこととされている。補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律１２条に基づく状況報告は，各年度毎に事業遂行状況報告書として，事業遂行状況及び事業完了予定を示して行い，農林畜水産業関係補助金等交付規則６条の実績報告書は，補助事業の成果，収支精算を示して行う。間接補助事業の場合，これらの申請及び報告等は，都道府県が行う。
イ 県による補助
県による補助金の交付については，沖縄県補助金等の交付に関する規則（乙３２）により，農地開発事業については，さらに，土地改良事業等補助金交付規程（乙３３）により，市町村等が行う土地改良事業に要する経費に補助金を交付する手続等が定められている。これらによれば，補助事業の主体となる団体等は，補助事業の内容や経費の配分に一定の変更をしようとするときは，事業変更承認申請書を知事に提出して，事前にその承認を受けることや，知事に対し，補助事業の各年毎の事業遂行状況や，補助事業完了後の事業実績を報告することを義務付けられている。
(4) 国頭村における農業・農村整備計画
国頭村では，昭和５０年ころから，地域振興の一環として，優良農用地の確保，農業生産基盤整備等の農業・農村の整備計画の策定を始めた。
国頭村における農業等の状況は，昭和６１年５月作成の国頭農業振興地域整備計画書（乙１）によれば，「山地地形からなる本村の自然特性を最大限に活用して，各産業の振興を強力に推進するには，先ず，農業を中心的産業としての確立を図りつつ，これと有機的連携のもとでの他産業との総合的，計画的な開発整備を推進して地域の活性化を求めることが急務となっている。…優良農用地を確保し，広範な山林原野の開発可能地については，自然の保護，林業の振興にも配意した調和ある開発整備を推進する。…農業の生産拡大には，農家の生産意欲を高めるのが肝要であり，…遊休地や農用地の有効利用を図るため農用地利用増進事業等を活用して農用地の集積をはかり，経営規模の拡大と中核的農家の育成を促進する。」として農業中心の地域振興の方向性を示し，その地質について，「大部分を国頭れき層が，占めており，別名赤色土ともいわれ，耕作は容易であるが，養分，保水力に乏しく，雨水等により流出し易く，赤土汚濁の要因ともなっている。」と問題点を指摘しつつも，「広範に存在する山林原野の開発可能地を自然環境との調和，林業振興にも十分配慮し，開発整備することにより，優良農用地が形成され，農業生産の向上，規模の拡大を図る。」とされている。
また，本件事業の対象地となった辺野喜地区を含む西岸地区については，「河川流域の狭隘な平坦地で介在する農用地も少なく，山林原野が海岸線まで迫り出しており，そのために農用地は，大部分が山地に広がり，サトウキビを中心にみかん，パインが栽培されており，地形的な制約から全体的には，農業条件に恵まれていない地域であり，基盤整備も遅れている状況である。…農地の拡大集団化により，農業生産性の向上を図るものとするが，その基本となるべき土地については，広大な山林の開発可能地を農地として有効利用するため，佐手地区の３０ヘクタールの農地造成事業，辺野喜地区の５３ヘクタールの農地造成事業もすでに計画実施されており，ほ場整備，農道，用排水等の農業基盤整備を積極的に推進し，生産性を高め，有利的農業への転換を図る。」とし，国頭村全体の土地基盤について，「山岳地形のために，平坦地の農用地は，一部の地域でしか見られず，ほとんどが狭小であり，又，集落背後の緩傾斜地や山間部を開発した農用地が，小規模で，広範囲に散在しており，このような地形的条件により，土地基盤の整備，農道等の整備も遅れている状況であり，近代的農業を推進するにあたり，有利な農業条件を備えているとはいえない。」と指摘し，西岸地区についても，「平坦な農用地がほとんど狭小で，起伏の激しい山林原野が多く，これまでほ場整備は実施されなかった…地形的な条件から，農道等の未整備ヶ所も多く，全般的に土地基盤整備も遅れている状況である。…過疎化による遊休農用地も多く，農業離れも目立ち，全般的に農業生産性は低い。」などと問題点を指摘しつつ，今後の方向については，「さとうきびを中心にしてパイン，みかん，野菜花き等や畜産の複合経営を推進し，広大な面積を有している国有林野を農用地として造成開発して活用することをはじめとし，集落に接する小規模なほ場や１００ヘクタール以上もある辺戸地区の大規模なほ場の整備，農業生産性に重要な農道等を効率的，かつ早急に整備を推進して，農地の拡大，集団化を図り，農業生産を向上させる。」とされている。
なお，同国頭農業振興地域整備計画書の基礎資料において，国頭村の地域資源について，「広範な深緑の山林域には，熱帯樹林やヤンバルテナガコガネ，ヤンバルクイナ，ノグチゲラ等貴重な動植物が生息し，自然観察の場を提供しているとともに林業振興にも一役担っている。…近年，自然保護に対する関心が高まりつつある中で，亜熱帯地域である特性から本村の森林域は，今もっとも注目を集めているところである。林道網の整備も年々進み，木材，林産物等の生産が活発に行われており，又，鳥獣，植物保護地区の設定もなされ，これらの保護等にも務めているところであるが，森林のもつ経済的，公益的機能が発揮され，両立した有効利用を図る必要がある。ダム建設により湛水面等の出現で山林の様相が大きく変容しており，その景観を観光的利用と豊富な水量を維持している河川水を農業用水としての活用を図ることが必要となっているが，諸開発等により赤土汚濁も年々進行しておりその防止対策も強力に推進しなければならない。」などと問題点が指摘されている。
(5) 辺野喜地区農地開発事業基本計画
県が昭和６０年度に作成した本件事業の辺野喜地区農地開発事業基本計画書（乙２５，以下「基本計画書」という。）の内容は大要以下のとおりである。
ア 目的
本地区の属する国頭村は，総面積１９．４５０ヘクタールでその内山林原野が９５パーセントを占めており，耕地面積は僅か６９８ヘクタールの３．６パーセントである。本地区周辺の農家が自立経営を目指すには経営耕地面積が小規模なため困難な状態にある。本地域の勅令貸付国有林野を農地として活用し，経営耕地面積を拡大することにより安定した農業経営が営めるようにするものである。
イ 対象地区の排水状況
本地区には河川整備された排水路はなく，地区北西から南東方向に向けて走る尾根を分水界とし，地区北側の辺野喜川と地区南の佐手川にそれぞれ自然の沢をつたって流下している。
ウ 対象地区の道路状況
本地区のほぼ中央を国道５８号線（佐手）と我地（県道名護から国頭線）を結ぶ県営林道我地佐手線が縦断しており，本線が本地区と国道及び県道を連絡する唯一の道路である。又，本線は林道としては整備済であるが，幅員が４メートル（有効３．０メートル）と小さく，本地区の幹線農道として利用するには，改修の必要がある。尚本地区と国道５８号線（佐手）の間の約２．２キロメートルについては団体営農道として，国頭村の改修計画（昭和６３年頃）がある。
エ 地域農業の動向
国頭村における農業人口は，昭和５０年から５５年にかけてわずかではあるが増加している。農業戸数の減少は兼業農家が中心で近年のほ場整備や農地開発等の進展により専業農家は増え，農家の規模拡大のきざしは見えるが，それでも戸当り平均面積０．８ヘクタールと小さい。
オ 受益農家の農業経営改善の構想
本地区は，基盤整備の立ち遅れから経営規模が小さく農業経営不安定であり，労働生産が低く，農業所得が少ないという農業経営の問題点があり，本地区の造成により農業経営の安定を計り，経営規模の拡大と労働生産性を高めるために機械化体系に即したほ場を造成することにより経営改善を図る。
現状の受益農家１３戸は個別経営であり，うち２戸が専業農家で経営耕地は１．５から２ヘクタール，うち１戸が第１種兼業農家で経営耕地が５０アールから１ヘクタール，うち１０戸が第２種兼業農家で，経営耕地は，９戸が５０アール未満，１戸が５０アールから１ヘクタールとなっている。
カ 作付計画
サトウキビを主として，その更新時期に，大根，ピーマン，カボチャ，菊などの野菜等を作付し，サトウキビと野菜の輪作体系とする。
キ 農地造成計画
本地区は山谷の発達した起伏の多い急傾斜地となっており，その複雑な波状地形が造成上大きな制約要因となっている。本地区はサトウキビを対象作物とするのでこれらの地形条件と営農条件（サトウキビの機械化作業体系に合致したほ場面が必要である）から連続的に平滑なほ場面の確保が必要であり，土地利用率の高い改良山成工を造成工法として採用するが，造成費の経済性も考慮して，一部テラス工法も取り入れる。造成面勾配はサトウキビの営農体系及び農地保全上の配慮から耕区の短辺方向５度未満，長辺方向３度未満とする。
ク 土壌改良計画
本地区の土壌はＰＨ（Ｈ２Ｏ）４．９から５．１の強酸性土壌でサトウキビの適正限界下限がそれを下回っている。本地区ではサトウキビの適正ＰＨを確保するためＰＨ６．５まで酸性矯正を行うものとする。一方開発当初のほ場は一般的に地力が低く，リン酸分が不足するので熔リン有機肥料を施用することにより地力の向上をはかる。
ケ 排水計画
排水計画は，土砂流出防止を考えた排水計画とし，ほ場承水路（草生水路）の流出水を集水し，沈砂池，砂防ダムへの導水が速やかに行われるよう配置する。排水路の断面はそれぞれの水理計算により決定されるが構造は排水量を安全に流下させ，流出水の侵食に耐え，かつ機械化作業の支障にならない構造とする。排水経路において，土砂溜桝と沈砂池に流出した土砂はほ場に還元する。
コ 侵食（崩壊）防止工
ほ場侵食防止のため，ほ場承水路（１万２１０５メートル），地区外への土砂流出防止及び侵食土砂のほ場への還元のため，土砂溜桝（１９０個）及び沈砂池（１８個），地区近傍の河川，海岸への土砂流出防止のため，砂防ダム（２基），土砂フトン篭（４基）及び粗朶柵（２２５メートル）を設ける。
サ 事業費及び資金計画
事業費は，工事費６億４５５０万円，測量試験費２３００万円，工事雑費３１５０万円，地方事務費３１５０万円で，合計７億３１５０万円で，その資金計画は，地方事務費を別とした７億円のうち，７５パーセントの５億２５００万円を国が，１２．５パーセントの８７５０万円を県が，６．２５パーセントの各４３７５万円をそれぞれ市町村及び受益者が負担する。
(6) 国頭村の本件事業の申請手続
国頭村は，基本計画書に基づいて，土地改良事業計画概要書（甲２５，以下「事業計画概要書」という。）を作成し，昭和６０年３月１２日，議会の承認を求める議案を国頭村議会に提出し，同月１５日，同議会において，原案が可決され（甲２０），同年１０月１日から同月５日まで，本件事業の施行認可申請のため公告を行った（甲２１）。
本件公告を受けて，参加申出をした土地改良法３条の資格者１３名のうち１２名が国頭村辺野喜の住民であり，１名は名護市の住民であった（甲２２，２３）。
国頭村は，昭和６０年１０月１７日，県に対して，本件事業計画について申請した。
事業計画概要書の内容は，辺野喜地区の地形，土質及び土壌について「本地区は，辺野喜部落の南東部約１．５キロメートル付近に位置し，北西から南東方向向けで標高は，１６７メートルから２３２メートルの急しゅんな地形である。地区の中央を縦走する林道を尾根とし，両側に傾斜をなしている。土壌統は，屋良統，土性はＬｉｃ，ＰＨ（Ｈ２Ｏ）は，４．９から５．１の強酸性である。」と指摘するほか，目的，排水状況（添付の「現況排水系統図」を含む。）及び道路状況等については，基本計画書と同一であり，事業計画の要旨を「本事業により農用地造成３２．３ヘクタール（道路工７０８０メートル（幹線１７２０メートル，支線５３６０メートル）排水工７１４５メートル，土壌改良工３２．３ヘクタール，防災工一式）を施行する。」とし，営農計画の概要，計画作付体系，農用地造成のための開墾，土壌改良等の内容も基本計画書に沿ったものである。費用の概算については，地方事務費を１０５０万円とするほかは，工事費，測量試験費，工事雑費の合計額及びその内訳は基本計画書と同一である。効用については，作物生産効果（４４０６万３０００円）と維持管理費節減効果（－６００万円）の増加見込純益（３８０６万３０００円）を基に算出した妥当投資額７億４６９７万６０００円を総事業費７億３１５０万円で除した投資効果を１．０２としている。
事業費の細目及び資金計画書（甲２４）では，事業費の細目は，工事費６億４５５０万円，測量試験費２３００万円，工事雑費３１５０万円，地方事務費１０５０万円，合計７億１０５０万円とし，その資金計画は，国庫補助金５億３０２５万円，県費補助金９０１２万５０００円，地元分担金９０１２万５０００円とし，地元分担金の内訳は，国頭村負担金４５０６万３０００円，受益者負担分４５０６万２０００円として，受益者負担分は水源基金を充てるものとした。
(7) 県知事の認可手続
県は，昭和６０年１０月１７日の国頭村からの本件事業の申請を受けて，土地改良事業計画に係る調査結果報告書を作成することとなり，県農林水産部農林建設課のＥ（以下「Ｅ」という。昭和６０年４月同課配属，自然的条件・事業の技術的意見・事業費部分を分担）と，県農林水産部耕地課のＨによって，調査及び報告書作成がなされ，同年１２月３日，県知事に対して同調査報告書が提出された。
土地改良事業計画調査報告書（甲２６，以下「当初計画調査報告書」という。）の内容は大要以下のとおりである。
ア 事業施行の必要性
必要な理由及びその程度の自然的条件については，本地区は，沖縄本島の最北端国頭村辺野喜部落の南東部約１．５キロメートルに位置し，標高１６７メートルから２３２メートルの傾斜地帯である，土壌は国頭マージで土壌統は屋良統である，未利用山林原野が９９パーセントを占めておりこれらの山林原野を農地造成することにより，農業経営規模の拡大による中核農家の育成を図る。社会的経済的条件については，本地区は，国頭村の西部，辺野喜川の南に位置する受益面積５２．９ヘクタール地域である，本地区周辺農家の農業意欲は盛んであるが，経営耕地面積が小さく自立経営に支障をきたしている，よって，本事業により農用地の造成をおこない経営耕地面積を拡大し，農業経営の安定を図る必要がある。不必要な理由は自然的条件にも社会経済的条件にもない。
イ 事業施行の可能性
可能なる理由の自然的条件については，計画内容は自然的条件にも適合しており事業施行は可能である。社会経済的条件については，本事業の施行については，受益者全員１００パーセント（１３人中１３人）の同意があり，事業費の地元負担分については，受益者が負担するので事業施行は可能である。不可能なる理由は自然的条件にも社会経済的条件にもない。
ウ 事業主体がこの事業を行うことに対する技術的意見
村の当事業に対する技術的対応は，十分と思慮するが土砂流出対策には入念な施行計画等に留意する。
エ この事業によって生ずる経済効果
効用及びその算出基礎は，作物生産効果，営農労力節減効果，維持管理費節減効果とも事業計画概要書どおりの数値であり，事業費の積算においては，県設定の歩掛表及び単価表を使用して算出してある。
投資効率は１．０２である。
オ この事業施行によって生ずる施設がある場合，その管理方法に対する技術的意見
防災施設は，土砂桝等からの土砂排除を定期的に行う。道排水路施設は，車両の通行，流出水等に支障をきたさないよう降雨前後の流石等の除去及び補修を遅滞なく処理すること。
カ 事業計画書に記載された事項についての技術的意見
記載されている事項については妥当である。
キ 結論及び勧告
本事業については，自然的，社会的，経済的条件とも支障がなく，早急に事業の施行が望まれる。
作成者の１名であるＥは，前記のとおり，主として自然的条件に関する分野を担当していたが，当初計画調査報告書の作成に当たり，本件事業予定地を見分するなどの現地の調査は行わず，基本計画書及び国頭村提出の書類である事業計画概要書，同意書，権利関係調査簿等を資料として，国頭村の申請が基本計画書に基づいてなされているかを書面上検討し，造成勾配等が土地改良の設計基準内にあったことから自然的条件は適応であると判断したものである。また，維持管理費の算出に当たっては，砂防ダムに関し，効用期間中に砂が堆積して除去作業が必要になり，別途維持管理費を要するという点や，赤土対策に関し，辺野喜地区の土質等の点を特に考慮することなく，あくまでも全国基準に基づいて判断し，国の土地改良設計基準の指針に従った。そして，走行経費や農産物搬出の経費は生産効果で算入したが，本件事業により造成される農地には灌漑施設がなく，農業用水をどのように確保するかという点については，検討がなされなかった。
県知事は，昭和６０年１２月１４日，国頭村申請の本件事業につき，適当であるとの決定を行い，昭和６０年１２月２０日から昭和６１年１月８日，国頭村役場において縦覧手続が行われた。
昭和６１年２月７日，当時の県知事Ｃが，本件事業につき，総事業費７億円で，計画を認可した。なお，この手続は，農林水産部長の専決事項として処理された。
(8) 第１回計画変更
昭和６３年５月，既設道を線形変更し，幹線農道として計画したことに伴い，電柱２２本の移設が必要となり，電力会社に対する電柱移設の補償費が必要になったことから，事業費が１２００万円増額し，平成４年度，赤土流出防止対策として，作物の植付けまで裸地状態となる畑面への植生工の追加工事（２７．１ヘクタール）及び側溝周辺にススキを敷き詰め畑面から側溝への土砂流出を防止するススキマルチ工事（２．７ヘクタール）のために５２４６万４０００円，沈砂池内に仕切及び立樋を追加設置する沈殿池の強化工事のために２８１３万６０００円の合計８０６０万円事業費が増加し，物価上昇分の自然増と併せて総事業費が８億９４００万円に増額した。
この事業費の増額を伴う計画変更について，土地改良法所定の計画変更の手続は事前になされないまま，変更された工事が平成元年度から平成７年度にかけて実施され，その工事代金は，平成元年から平成９年５月３日までの間支出された。
(9) 第１回計画変更の認可手続
第１回計画変更の土地改良法上の変更手続として，平成９年８月２９日，国頭村議会に，事業変更の議案が提出された。議会においては，手続がなされなかった理由について質疑応答がなされ，担当者（建設課長）により，計画変更当時から，手続が必要であることは理解していたが，事業の最終時点でまとめて計画変更する考えであったと説明された。また，住民訴訟の裁判で県が敗訴した場合の村への影響について，担当者（助役）が，補助金の返還の問題となって村にも相当の影響があると述べるなどし（甲３６の９），同日原案が可決された（甲３６の８）。
平成９年９月１日から同月５日まで，国頭村役場掲示場において，辺野喜地区団体営農地開発事業変更計画概要書（甲３６の１０）等が公告された（甲３６の６，７）。
本件公告を受けて参加申出した土地改良法３条の資格者は，国頭村辺野喜の住民が２名，同辺土名の住民が１名，同奥間の住民が１名，同半地の住民が１名，同佐手の住民が１名，同与那の住民が１名，同比地の住民が１名，名護市の住民が１名の合計１１名であり（甲３６の５），うち辺野喜の住民であるI及びＪ，名護市の住民であるＫの３名のみが，当初計画より参加していた者であった。
平成９年９月１６日，国頭村から県知事に対する土地改良事業計画変更認可申請書が提出され，同月１７日，県北部農林土木事務所が申請書を収受し（甲３６の２），同月１９日，県農林水産部が申請書を収受し（甲３６の１），同部農地建設課のＦ（以下「Ｆ」という。平成８年４月同課配属，自然的条件・技術的意見・事業費部分分担）と，農地水利課のＬ（社会的経済的条件部分分担）によって，同日付けで土地改良事業計画変更調査報告書（甲３５，以下「第１回計画変更調査報告書」という。）が作成された。
第１回計画変更調査報告書の内容は，大要以下のとおりである。
ア 事業施行の必要性
自然的条件は当初計画調査報告書と同一
社会的経済的条件については，本地区のある国頭村の平成７年度国勢調査における就業人口は２６７５人でうち第１次産業で７３８人，第２次産業５１２人，第３次産業１４２２人である。本地区は，サトウキビをはじめサヤインゲン等の野菜を作目としているが，耕地が小規模であるため農業経営に困難をきたしている。本事業を行うことにより勅令貸付国有林を農地として活用し，経営耕地面積を拡大することにより，安定した農業経営を営む。
イ 事業施行の可能性
可能なる理由の自然的条件については，計画変更内容は，赤土等流出防止対策の強化が主であり，当初の計画内容より自然的条件により配慮されたものとなっている。社会経済的条件については，本事業においては，受益者１１名全員の同意があり，事業の施行は十分可能である。不可能なる理由は自然的条件にも社会経済的条件にもない。
ウ 事業主体がこの事業を行うことに対する技術的意見
赤土流出防止対策の強化については，今後とも現場で可能な限り務めてほしい。
エ この事業によって生ずる経済効果
効用及びその算出基礎につき，作物生産効果６０６０万２０００円，維持管理費節減効果－１７９万７０００円，増加見込効果額５８８０万５０００円，事業費８億９４００万円，事務費１３４１万円，総事業費９億７４１万円，妥当投資額９億８５００万８０００円とし，事業費の積算においては，県農林水産部設定の歩掛表及び単価表を使用して適正に算出してある。
投資効率は１．０５である。
オ この事業施行によって生ずる施設がある場合，その管理方法に対する技術的意見
沈砂池等の防災施設については，定期的に巡回し，その機能が最大限発揮出来るよう維持管理を徹底してほしい。
カ 事業計画書に記載された事項についての技術的意見
記載されている事項については妥当である。
キ 結論及び勧告
本事業については，自然的，社会的，経済的条件とも支障がなく，今後とも円滑な事業の推進が望まれる。
第１回計画変更調査報告書の作成に当たり，担当者であるＦらは，本件事業の対象農用地における実際の調査や入植者に対する面談等は行わず，事業各年度の検査官による検査（年度末に事業が設計書に基づいているか等を検査するもの）の結果報告の資料等を検討したのみであり，何年にもわたって当初計画が変更されて実施されたにもかかわらず，その具体的な実施内容，実施時期，変更の主たる理由である赤土流出防止の実際の効果等について調査，検討をせず，ほとんど当初計画報告書の内容を踏襲して，１日で第１回計画変更調査報告書を作成した。したがって，例えば，報告書作成当時，対象農用地は供用開始されて耕作が行われ，Ｆ自身も従前から何回か対象農用地を訪れており，実際に耕作がなされていない農用地があることを認識していたが，国頭村から土づくりをしていると説明される以上に，その範囲や具体的理由を確認せず，また，実際に耕作されている作物と計画書の内容が異なる理由や計画書どおりに作付けが可能か否か等は調査しなかった。さらに，土地改良法３条所定の資格者が当初の１３人から１１人に減員し，３人のみが当初からの受益者で，新たな８人はすべて辺野喜地区の住民でない理由，維持管理費が当初計画の６００万円から１７９万円に減額された正確な理由及びその具体的内容，添付の図面と実際の沈砂池等との整合性などについてもいずれも確認していない。費用対効果の算出も，前任者が実施したものであり，Ｆ自身はその正確性を確認せず，各年度の確定した数字の積算を検算しただけである。
当時の県知事被告Ｂは，第１回計画変更調査報告書に基づき審査を行い，平成９年１０月９日，適当との決定を行い（甲３２ないし３４），同年１０月２０日から同年１１月１０日まで，土地改良事業変更計画書の写しが国頭村役場の掲示場において縦覧され（甲３１），その間，異議の申出はなかった（甲２９，甲３０）。
被告Ｂは，平成９年１２月２日，変更計画の認可をした（甲２７）。
(10） 第２回計画変更
平成７年度，「造成地区の一部が，字辺野喜の簡易水道の流域内にあり赤土汚染のおそれがあるためその区域を削除した。又，特に急峻できびしい地形のケ所を除外した。」との理由により，農用地造成面積を減らしたため，事業費が３２００万円減額となり，平成８年度，調査測量費として事業費が６９０万円増額となり，物価上昇分の自然増と併せて総事業費が９億３５０万円に増額した。この各計画変更に関する工事等の調査・設計は平成８年度以降になされ，工事の実施及びその工事代金の支払は，平成８年度から同９年度までになされたが，それに先だって，土地改良法の計画変更手続はなされなかった。
(11) 第２回計画変更の認可手続
第２回計画変更の土地改良法上の変更手続として，平成１０年３月１２日，国頭村議会に，本件事業の受益面積増減が１０パーセントを超えるため，その変更認可申請を行うとして，事業変更の議案が提出され，同月２３日，国頭村議会において可決された（乙１６の１）。
事業変更計画概要書等は，国頭村役場掲示場で平成１０年３月２４日から２８日まで，公告された（乙１６の２）。
平成１０年６月１日，国頭村から県知事に対する土地改良事業計画変更認可申請書（乙１６の４）が提出され，同月２日，収受され，県農林水産部農地建設課のＧ（以下「Ｇ」という。平成１０年４月同課配属，自然的条件，技術的意見，経済的効果の部分担当）と農地水利課のＭによって，同月２２日付け土地改良事業計画調査報告書（乙１６号証の５，以下「第２回計画変更調査報告書」という。）が作成された。
第２回計画変更調査報告書の内容は，大要以下のとおりである。
ア 事業施行の必要性
第１回計画変更調査報告書と同一
イ 事業施行の可能性
第１回計画変更調査報告書と同一
ウ 事業主体がこの事業を行うことに対する技術的意見
第１回計画変更調査報告書と同一
エ 事業によって生ずる経済効果
効用及びその算出基礎につき，作物生産効果６０５６万９０００円，維持管理節減効果－１８２万９０００円，事業費９億３１０４万８０００円，事務費４１１３万２０００円，総事業費９億７２１８万円とし，費用及びその算出基礎は，沖縄県の統一歩掛及び単価を使用しており事業費は妥当である。
投資効率は１．０１である。
オ この事業施行によって生ずる施設がある場合，その管理方法に対する技術的意見
第１回計画変更調査報告書と同一
カ 事業計画書に記載された事項についての技術的意見
第１回計画変更調査報告書と同一
キ 結論及び勧告
第１回計画変更調査報告書と同一
第２回計画変更における造成面積の減少は，事業着手後，毎年度造成の過程で減少され，事業完了とともに最終面積が確定したものであるが，国頭村から変更の必要性を具体的に根拠付ける資料等は全く提出されておらず，Ｇは，計画の変更手続をとる必要性が生じた時期，その具体的事情，実際に変更された対象土地の状況等を調査できなかったが，現地において，事業がなされた面積が２８．５ヘクタールであることを確認し，現地の状況等から造成面積の減少は妥当であったものと独自に判断した。また，Ｇは，各年度の検査調書は確認しておらず，耕作していない農用地があることを確認したが，休耕期と考え，それ以上の調査はしなかった。さらに，沈砂池の維持管理費等も含めて費用を算出しなければいけないことは承知していたものの，これを無視して，計量化できないものは考慮せずに判断した。
当時の県知事被告Ｂは，第２回計画変更調査報告書に基づき審査を行い，平成１０年７月９日，適当との決定を行い（乙１６の６），７月２１日から８月１０日まで土地改良事業変更計画書が国頭村役場において縦覧され，その間，異議の申出はなかった（乙１６の７）。
被告Ｂは，平成１０年９月２８日，変更計画の認可をした（乙１６の８）。
(12) 平成１２年９月２９日（検証日）の状況
平成１２年９月２９日の検証実施時，本件事業により造成された農用地において，耕作されずに草木が茂った状態にある箇所（検証調書写真番号５ないし９，３３，３４，６９，７０），裸地の状態の箇所（同写真番号１０ないし１２，２８ないし３２）があり，観葉植物が作付けされている箇所（同写真番号２２，２３），サトウキビが作付けされている箇所（同写真番号２４，２５，６０ないし６２），茶が作付けされている箇所（同写真番号４１ないし４４），ミカンの木が作付けされている箇所（同４５ないし４８）もあったが，その多くは，周囲に草木が茂るなどの状況にあった。
２ 先行する原因行為の違法と当該財務会計行為の違法との関係について
地方自治法２４２条の２第１項４号に基づき，財務会計上の行為をした当該職員に損害賠償責任を問うことができるのは，先行する原因行為に違法事由がある場合であっても，上記原因行為を前提にしてされた当該職員の行為自体が財務会計法規上の義務に違反する違法なものであるときに限られる（最高裁平成４年１２月１５日第３小法廷判決・民集４６巻９号２７５３頁）。
そして，財務会計上の行為に先行する原因行為に違法事由となるべき瑕疵が存在するにもかかわらず，当該職員が，その原因行為を前提とした財務会計行為を行った場合に，財務会計上の義務違反行為に当たるか否かは，原因行為に存する瑕疵の内容及びその違法性の程度，当該職員において，その瑕疵の存在を認識することが可能であったか否か，瑕疵の存在を認識できたとすれば，これを是正することが可能であったかなどの事情を総合的に検討して判断されるべきものである。
以下，この観点から，被告Ｂが本件事業に関して国頭村に対して補助金を支出したことが違法といえるか否かにつき検討する。
３ 本件事業の内容に関連する違法の主張について
(1) 本件事業の必要性について
前記認定のとおり，国頭村において，地形的な制約から，小規模な農用地が広範囲に散在しており，そのため土地基盤整備が遅れ，近代的農業の推進を阻んでいたものとして，広大な面積を有している国有林野を農用地として造成開発し，農地の拡大，集団化を図り，農業生産を向上させることなどを意図して本件事業が計画されたものであること，実際，当初計画において，土地改良法３条所定の資格者１３名の参加申出があったことなどからすると，本件事業の必要性はそれなりの合理的根拠に基づくものであることを否定することはできない。確かに，前記認定のとおり，検証の結果，本件事業により造成された農用地における農業が，必ずしも計画どおりには実施されておらず，耕作されずに草木が生い茂った箇所も散見されるなどの状況も認められるが，本件事業が当初計画時における予想と異なる部分が生じているということから，直ちに，その計画時における必要性の判断が不合理で，本件事業が違法であるとまでいうことはできないものである。また，原告らが指摘する本件事業対象地の地理的要因から生じる耕作や農作物の搬出のための時間的・経済的負担や，灌漑施設が設置されていないこと，酸性度の高い土壌の改善維持のための費用と労力などの点を考慮しても，本件事業の必要性が欠けているとまでは認められない。
(2) 本件事業の経済性（費用対効果）について
原告らは，本件事業において，土地改良法施行令２条３項に規定される「すべての効用がそのすべての費用をつぐなうこと」の要件が欠けていると主張する。この点，農林水産省構造改善局計画部監修「土地改良の経済効果」（甲５７，乙２４）によれば，土地改良事業における経済効果の測定については，効果測定の基本事項，効果額の算定方法，効果算定に使用する係数等に関する通達により規定されており，年総効果額を資本還元した妥当投資額を総事業費で除した投資効率が１．０以上であれば，土地改良法施行令２条３項の「すべての効用がそのすべての費用をつぐなうこと」という経済性の要件が肯定されるものとされる。そして，効果と費用についてはでき得る限りすべて把握することとされ，農地造成事業の場合に計測すべき効果項目について，作物生産効果，維持管理費節減効果，走行経費節減効果，災害防止効果等が挙げられている。作物生産効果の算定においては，計画作付面積の算定は，計画における自然立地・社会経済条件，営農技術水準，受益農家の意向，農産物の需給動向，行政施策を踏まえて作成した土地利用計画及び営農計画に基づいて算定すること，作物の単収は農林統計資料に基づくこととされている。
そして，このような手法により，上記の土地改良法施行令２条３項所定の要件を判断することには，合理性があるものと解されるから，この観点から本件事業の経済性を検討する。
本件事業における計画概要書及び専門技術者による調査報告書のいずれも，費用対効果の検討において，作物生産効果と維持管理費節減効果の具体的数値を記載し，具体的な妥当投資額及び総事業費から投資効率を算出して１．０以上であることを示しており，一応の検討及びその結果の記載がある。確かに，算定の根拠とした資料，算定の過程が明示されていないことや，当初計画調査報告書を作成した証人Ｅの供述によれば，本件事業の対象地には灌漑設備がないという事情があるにもかかわらず水の確保の観点を十分に考慮していないことが認められるなど，本件事業の費用対効果の検討に落ち度が全くないとはいい難いものであるが，これらの検討は，計画策定時における合理的予測としてなされるものであって，その時点において行政庁が把握している情報及び行政施策等に従って，費用と効果を把握して算出すべきものとされているのであるから，これに沿って作成された上記調査報告書等における費用対効果の検討が，明らかに不合理で経済性が欠如しているとまではいうことができない。また，本件事業が当初計画時における予想と異なる部分を生じているということから，直ちに，本件事業が経済性を欠いて違法となるとまではいえない。
(3) 自然環境関連法令違反の主張について
前記認定のとおり，本件事業においては，基本計画書の段階から，河川，海岸への土砂流出防止のため，砂防ダム等の設備を設けることとし，それに沿った土砂流出防止の方策がとられたものであり，自然環境に対する配慮を著しく欠いていたとまでいうことはできず，各法令違反等の主張も以下のとおり，採用し得ない。
ア 文化財保護法違反の主張について
原告らは，本件事業がやんばるの天然記念物の保存に影響を及ぼすとして，文化財保護法８０条１項により，天然記念物の保存に影響を及ぼす行為をしようとするときは，文化庁長官の許可を受けなければならないのに，その許可を受けていないとして，本件事業の同法違反を主張するが，本件事業が，文化庁長官の許可を得る必要のあるほどにやんばるの天然記念物の保存に影響を及ぼすものと認めるに足りる証拠はなく，同条項但書においてその影響が軽微である場合には許可を要しないとされていることからして，原告らの主張は採用し得ない。
イ 種の保存法違反の主張について
原告らは，本件事業が国内希少野生動植物種の生きている個体の捕獲等（捕獲，採取，殺傷又は損傷）をしようとするときに該当するとして，種の保存法５４条２項により，環境庁長官に協議しその同意を得なければならないのに，その同意を得ていないとして，本件事業の同法違反を主張するが，農地開発事業である本件事業は，生きている個体の捕獲等をしようとするときに該当するとはいえないことは明らかであるから，原告らの主張は採用し得ない。
ウ 人格権，環境権等の侵害の主張について
原告らが主張する環境権，自然享有権は，その内容，範囲，効果などが明確なものではなく，本件事業を違法とするような個人の具体的権利として実定法上確立したものとはいえず，また，本件事業によって，原告らの人格権，財産権等が現に侵害され，又は将来侵害されようとしていると認めるに足りる証拠はないから，本件事業がこれら権利を侵害するもので違法であるとの主張は採用し得ない。
以上のとおり，本件事業の内容が，土地改良法の必要性等の要件を欠き，自然環境に影響を及ぼすことから自然環境保護関連法令違反や原告らの環境権等を侵害して違法であり，それゆえ本件補助金支出が違法であるとする原告らの主張については，本件事業の内容に違法とまでいえる事情は認められないから，本件補助金支出の違法性にどのように影響を与えるかを検討するまでもなく，この点に関する原告らの主張は採用できない。
４ 本件事業の手続に関連する違法の主張について
(1) 本件事業の計画変更手続の欠缺について
前記認定のとおり，本件事業において，昭和６３年度に電柱移設の補償費が必要となり，平成４年度に赤土流出防止のための防災工を追加することとなり，平成７年度に施行地域を縮小することとし，平成８年度に調査測量費が必要となるなど，それぞれ当初計画の内容と異なる内容の工事等がなされたにもかかわらず，その実施に先立って事業計画の変更手続がなされず，県知事の認可を得ていないことは明らかである。
土地改良法においては，土地改良事業を行う市町村は，都道府県知事の認可を経たことにより，認可された事業計画の定める内容の事業施行権を有することになるものと解され（土地改良法９６条の２），認可された事業計画を変更する場合は，計画の変更について，都道府県知事の認可がされたときに，変更された土地改良事業計画の定める内容の事業施行権を有することになるものと解される（同法９６条の３）。したがって，都道府県知事の認可を経ないで，事業計画の変更に係る工事等を実施された場合，認可を得ていない事業を施行したことに他ならないから，当該工事等の実施が違法となるとともに，事業計画全体も違法となるものといわなければならない。なぜなら，当該工事等の実施に伴って当初予想された費用が増額することにより，経済的効果（効果自体も変動する場合がある。）を上回り，事業計画全体の前提となる投資効率が１を下回る事態に至ることが生じ得るからである。
この点，被告らは，土地改良事業は，計画と施工との間に若干の異同を生ずることは不可避であり，常に工事実施とその代金支払より事前に変更計画の認可の変更手続を要求することは，事業の遂行に重大な支障を与えるもので非現実的であるから，事後的に変更手続を行うことも許容していると解すべきであると主張する。しかし，土地改良法の規定からして，変更計画の実施に先立って，手続が要求されていることは明らかであり，同法においては，災害復旧等急速にされる必要がある場合でさえ，事前に都道府県知事の認可を得ることが求められている（同法９６条の４，４９条）のであって，通常の計画変更の場合に，都道府県知事の認可を経ずに計画と異なる内容の事業を実施することが許容されているものと解する余地はない。しかも，本件において第１回計画変更の対象とされた事業費の増加は，合計８０６０万円であり，第２回計画変更の対象とされた事業費の増加は６９０万円，農用地造成面積の減少等による事業費の減額が３２００万円であって，被告らの主張するような若干の異同とは到底いえないような金額の変動であることが明らかである。したがって，いずれにしても被告らの主張を採用することはできない。
もっとも，これは手続的な瑕疵の問題であるから，都道府県知事の認可を欠いたまま違法になされた土地改良事業も，その後，適法な変更手続を経て知事の認可がなされた場合には，その瑕疵が治癒されて適法となる余地はあるものと考えられる。そこで，都道府県知事の認可を欠いたまま変更に係る土地改良事業を実施したという違法が，その後いかなる手続等を経ればその瑕疵が治癒されるか問題となるところ，この点，土地改良法が，土地改良事業の変更につき，変更手続及び都道府県知事の認可を求めた趣旨が実質的に充たされるに足りる手続が行われたかにより判断すべきものといえる。土地改良法，同施行令及び同規則によれば，土地改良事業計画の都道府県知事の認可に際しては，農用地の改良，開発，保全又は集団化に関し専門的知識を有する技術者が，土地改良事業のすべての効用と費用や事業施行に関する技術的意見等調査して提出する報告に基づき，詳細な審査を行い，当該土地改良事業が，土地改良法８条４項１号，同施行令２条各号に定める土地改良事業の施行に関する基本的な要件に適合するものであるか否かを検討し，その適否を決定するものとされ，この手続は，事業計画を変更する際にも，同様に，変更後の事業計画が基本的な要件を充足をするものかを詳細に審査すべきものとされている。この基本的要件適合性の検討は，本来の手続においては，事前審査という性質上，事前の合理的予測に基づく調査，判断によるものであるが，適正な事前審査を経ずになされた事業について検討する場合においては，当然のことながら，実施された事業の実績をも踏まえ，事前審査を欠いた違法な事業を検証するという視点が求められるというべきであり，その上で，基本的要件適合性の判断をしなければならない。
そこで，本件事業において，当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業を違法に実施したことに関し，上記の視点から求められる違法性の瑕疵の治癒を認めるに足りる事後的な手続が行われたか否かを検討するに，前記認定のとおり，本件事業の事後的変更手続において，まず，具体的に実施された事業の実績調査が行われておらず，当初計画と異なる事業を必要とした具体的理由及びその必要性判断の過程の検証作業が皆無であり，しかも，専門技術者の報告書である第１回計画変更調査報告書（甲３５）は１日で作成されたものであって，第２回計画変更調査報告書（乙１６の５）は本件事業の完了後に作成されたものであるにもかかわらず，「今後とも円滑な事業の推進が望まれる。」とするなど，外形的事情からして明らかな不備があるほか，事業の実績を踏まえた費用対効果の具体的な算出がなされたものともいえず，いずれの記載内容も，土地改良法規則１５条所定の記載事項に対応する項目を形式的に列挙したとしかいえないものであり，それに基づいてなされた県知事の基本的要件適合性の判断が，法の要求する詳細な審査を行ったものとは到底いうことができない。
以上よりすれば，当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業を違法に実施したことに関し，形式的に県知事の認可を得たとしても，その違法性の瑕疵の治癒を認めるに足りる事後的な手続が行われたと認めることはできず，当初計画と異なって実施された本件事業は依然として違法であるといわざるを得ない。
(2) 環境アセスメントの欠如による手続違反の主張について
原告らは，土地改良法が環境アセスメントの実施を当然に予定しているものとして，本件事業計画及びその実施に当たって，その手続を経ていないことが違法であると主張する。
しかし，土地改良法が，土地改良事業の計画等に当たって，環境アセスメントの手続を経ることを法的に義務付けたものとまでは解することはできず，県の環境影響評価規程（甲１２別表第１の１２）においても，土地改良事業としての農用地の造成については，地区面積１００ヘクタール以上のものについて環境アセスメントを行うとしているものであり，本件事業において，環境アセスメントを法的に義務付ける根拠はないといわざるを得ず，この点をもって，違法であるということはできない。
(3) 本件各公金支出の違法性について
(1)記載のとおり，本件事業に関し，当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業を変更手続と県知事の認可を経ずに実施した違法が存するものであるが，この本件事業における違法と，被告Ｂが，本件事業に関し，国頭村に対して補助金を支出したこととの関連性につき検討する。
市町村が都道府県知事に土地改良事業の認可の申請をする際には，土地改良法，同法施行令，同法規則等に基づき，土地改良事業計画書に事業費に関する事項の記載，事業費の細目及び資金計画を記載した書面の提出が求められており，都道府県知事は，それらに基づき，基本的要件であるすべての効用がすべての費用を償うこと，農家の費用に関する負担能力の妥当性等基本的要件を審査するものとされる。本件事業においては，基本計画書の段階から，事業費のうち国が７５パーセントを，県が１２．５パーセントを負担するものとされ，それを前提に基本的要件適合性が検討されているものであり，本件土地改良事業の認可申請手続において，国及び県の負担割合（補助金）を前提とした資金計画は当該事業計画と密接不離の関係にある。また，県の負担することとなる金額（補助金）は，事業費に対する補助率（負担割合）により決定されるため，事業費に変更をきたす事業計画の変更があれば，そのまま県の負担する金額に変動を生じさせることになる。このような，土地改良事業計画の内容とそれに対する補助金交付の密接な関係を前提として，県の土地改良事業等補助金交付規程（乙３３）では，補助金交付の手続として，補助事業の主体となる団体等は，知事に対し，補助事業の内容や経費の配分に一定の変更をしようとするときは変更承認申請書を提出して，事前に承認を受けるべきことや時期に応じて事業遂行状況報告書や事業実績報告書等を提出すべきことを定め，沖縄県補助金等の交付に関する規則（乙３２）では，知事は，補助金交付決定に際し，申請に係る補助金等の交付が法令及び予算で定めるところに違反しないかどうかという点のみならず，補助事業等の目的及び内容が適正であるかという点まで調査するものとされ，補助事業者等が提出する報告等により，補助事業が交付決定の内容や条件に従って遂行されていないと認めるときは，これに従って遂行すべきことを命じることができるとされており，これら規定の趣旨は，まさに，補助事業の内容の適正を確認し，その遂行状況及び実績を把握するなどして，補助金に関する予算の執行の適正を確保しようとするものといえる。
このように土地改良事業計画の内容と補助金交付が密接不離の関係にあり，補助金に関する予算執行の適正の観点から，県が補助事業に一定の監督を及ぼしていることからして，当該事業が土地改良法上定められた手続を履践しているか，認可に係る事業計画どおりに遂行されているか等の事項は，補助金交付という財務会計上の行為をなすに際して，当然検討されるべきことといわなければならない。なぜなら，土地改良法上の変更手続と県知事の認可の有無は，補助の対象となるべき事業計画の実施可能性を左右するものであるから，これが欠けたままの状況で補助金を支出することは，予算の執行の適正を損なうことになるからである。そして，補助金交付自体の手続において，各年毎の補助事業の遂行状況の確認がなされ，一定の事業変更の際には，変更承認申請がされることになっていることからすれば，その過程において，補助金交付を行う当該職員は，補助事業において，当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業がなされていること，その事業の実施に変更手続と県知事の認可を経ていないという明白な違法が存することを容易に知り得たといえる。そして，そのような場合，速やかに変更手続を先行させ，県知事の認可等を経た上で補助金を支出すべきであり，それをすることに何ら支障はないものであったと考えられる。
以上よりすれば，被告Ｂが，本件事業に関し，当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業を，変更手続と県知事の認可を経ずに実施しているという明白な違法が存するにもかかわらず，補助金を支出したことは，補助金に関する予算の執行の適正を確保すべき財務会計法規上の義務に違反する違法なものといわなければならない。
５ 被告Ｂの責任
被告Ｂは，本件補助金支出当時，県知事の職にあり，本件事業に関する補助金等予算の支出を命じる予算執行権限を有していた責任者であり，前述のように，県において，本件事業において当初計画の内容と異なる変更計画に係る事業を変更手続と県知事の認可を経ずに実施している現状は十分に把握できていたものであるから，本件補助金支出が違法となることも容易に知り得たというべきであり，それにもかかわらず，違法な公金支出をしたことに過失があったことは明らかである。
また，本件補助金支出の状況を見るに，原告らによる本訴提起後，第１回及び第２回の各計画変更に関する変更手続等が事後的に行われており，その事後的手続が本件事業実施自体の瑕疵を治癒するに足りるものでないことは前述のとおりであるところ，それだけでなく，被告Ｂは，県知事として，第１回の計画変更の認可を行うまでに本件支出①ないし④（合計金額２３０４万３０００円）を行い、第２回の計画変更の認可を行うまでに本件補助金全額（３５２５万８０００円）を支出するなど，漫然と補助金を支出し続けており，当初計画の内容と異なる事業を変更手続と県知事の認可を経ずに実施したことが違法であること及びこのような事業に対する補助金支出が違法であることのいずれに対しても，問題意識が極めて低いことが窺われる。そして，このような状況を放置した県の予算執行の権限者である被告Ｂは，公金支出をした財務会計上の行為者というだけでなく，財務会計一般に関する，職員らに対する指導監督義務の観点からしても責任は免れがたく，いずれにしても，県に対する不法行為を構成し，被告Ｂは，県に対し，本件補助金支出相当額の損害賠償の責任を負うものというべきである。
なお，被告Ｂは，本件事業の認可処分は農林水産部長が専決処分として行ったものと主張するが，本件で問題とされているのは，財務会計行為である補助金支出に当たって，原因とされる事業の違法性をどのように検討考慮すべきであったかということであるから，原因行為自体の専決性は被告Ｂの責任に影響を及ぼすものではなく，同被告の主張は採用できない。
６ 被告知事の被告Ｂに対する損害賠償請求権不行使の違法性
上記５のとおり，被告Ｂが，県に対し，本件補助金支出に関し，損害賠償の責任を負うものである以上，県の財産管理等の最終権限者である被告知事が，その行使を怠っていることは，違法であるといわなければならない。
第７結論
以上のとおりであるから，差止請求並びに平成７年８月２５日及び同８年１０月４日の各支出分に関する損害賠償代位請求及びその不行使の違法確認の訴えを却下し，被告Ｂが平成８年５月２７日から同１０年５月１５日までの間，違法に２７６７万８０００円の公金を支出させたことに関し，被告知事に対し，被告Ｂに対する損害賠償請求権の行使を怠っていることが違法であることを確認する請求，被告Ｂに対し，県に代位して行う２７６７万８０００円の損害賠償請求及び各支出日からの遅延損害金の請求を認め，訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６４条本文，６５条１項本文を適用して，主文のとおり判決する。なお，仮執行の宣言は相当でないから付さない。
（裁判長裁判官 清水節 裁判官 高松宏之 裁判官 池田弥生）