長崎地方裁判所佐世保支部 平成１１年（ワ）２７７号 判決 2002年2月04日
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
高尾實
同
山元昭則
被告
国
同代表者法務大臣
森山眞弓
同訴訟代理人弁護士
堀江憲二
同指定代理人
甲斐正和
同
金子健太郎
同
渋田末明
同
藤本洋行
同
村木修
同
山口克久
同
腹巻哲郎
同
穴井秀幸
同
松本秀一
同
酒井光則
同
川俣史香
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
被告は、原告に対し、金１０億円及びこれに対する平成１０年５月２６日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２事案の概要
本件は、原告が、他の会社と共同企業体を構成した上で締結した駐車場の造成工事に係る契約に関して、佐世保税務署長により、法人税及び消費税の各更正処分、過少申告加算税の賦課決定処分及びそれらの各処分に対する異議決定がされ、その後にその各更正処分及び各賦課決定処分が取り消されなかったことが違法であるとして、国家賠償法１条１項に基づき被告に対し損害賠償請求（ただし、一部請求）をした事案である。
１ 争いのない事実等
以下の事実は、当事者間に争いがないか、又は括弧内掲記の証拠により容易に認めることができる。
(1) 原告
原告は、一般土木建築工事等を業とする株式会社であり、資本金は４５００万円である。
(2) 原処分に至る経過
ア 原告及び株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）は、平成４年４月２０日付けで、Ｃ商事株式会社（Ｃ商事株式会社の旧商号。以下「Ｃ商事」という。）との間で、テーマパークであるＤの大手原駐車場造成工事について、次の内容の「大手原駐車場造成工事委託契約」（以下「本件契約１」という。）を締結した（甲１）。
(ア)
所在地
長崎県佐世保市崎岡町
坪数
７万９４１３．１５坪
（２６万２５２４．０３平方メートル）
価格
坪単価１５万円（造成仕上げ渡し）
総額
１１９億１２００万円
工事期間
平成４年４月３０日から同年１１月末日
(イ) Ｃ商事が原告及びＢに用地買収から造成工事までの依頼を行い、原告及びＢは完全遂行を前提とし、以下の件に関しても全責任をもって工事を完成し、Ｃ商事に引き渡すものとする。
ａ 特約条項
(a)
用地取得金額
４１億９５８９万円
用地取得の手付金
６億７０００万円
離農処置費
２億円
用地取得の中間金
６億８４４４万円
用地取得残金
２３億４１４５万円
調査費、離農処置費
３億円
(b) 金利負担率 Ｃ商事２０パーセント、原告及びＢ８０パーセントの負担とする。
(c) 公有地の払い下げ
(d) 借地の借受け（地権者２名）
(e) 用悪水路（共有分の所有権変更）
(f) 近隣対策２４件かさ上げ
(g) 駐車場造成工事にはアスファルト舗装工事は含まれない。
ｂ 取り決め事項
工事は、Ｃ商事の指定する業者（Ｅ株式会社・Ｆ株式会社）と原告との間で施工する。
イ 本件契約１を締結した前後に、Ｃ商事は、長崎県佐世保市崎岡町の土地を駐車場用地とするため当該土地の地権者数十名と不動産売買契約を締結し、駐車場用地の地鎮祭が行われたとみられる平成４年５月下旬には、用地のほとんどについて、その地権者からＣ商事への所有権移転登記を完了した。
ウ Ｃ商事は、平成４年９月２２日付けで、Ｅ株式会社（以下「Ｅ」という。）及びＦ株式会社（以下「Ｆ」という。）で構成する共同企業体（以下「ＥＪＶ）という。）との間で、大手原駐車場造成工事（以下「本件駐車場造成工事」といい、大手原駐車場を「本件駐車場」という。）について、次の内容の工事請負契約（以下「本件契約２」という。）を締結した（乙１）。
工事名
大手原駐車場造成工事
工事場所
長崎県佐世保市崎岡町
工期
着手 平成４年６月１日
完成 平成７年３月３１日
引渡しの時期
平成７年３月３１日
請負代金の額
５６億３４１０万円
（うち消費税額１億６４１０万円）
支払方法
発注者Ｃ商事は、請負代金を、竣工・引渡時に現金で５６億３４１０万円を請負者ＥＪＶに支払う。
発注者
Ｃ商事
請負者
代表者 Ｅ
構成員 Ｆ
エ Ｃ商事は、平成４年９月２２日付けで、ＥＪＶに対し、本件駐車場造成工事の主要工事（工事内容は、駐車場地盤改良工事である。）を原告に一括下請けにすることを承諾した旨の「主要工事一括下請承諾通知書」（以下「本件一括下請承諾書」という。）を送付した（乙２）。
オ Ｅの建設所長であった乙とＢの代表取締役である丙（以下「丙」という。）は、平成４年１０月２８日付けの書面により、次のとおり合意した（弁論の全趣旨（甲４８））。
(ア)
総事業費
１２０．０億円
(イ)
内訳
ａ
土地代
４２．０億円
ｂ
近隣補償費他
２０．０億円
ｃ
土地代金利
５．８億円
ｄ
工事費
５２．２億円
工事費内訳本件工事
３６.０４億円
連壁等直営工事
４．５０億円
工事金利
１.７８億円
現場経費等
９．８８億円
カ Ｅは、平成５年１月８日付けで、本件一括下請承諾書に基づき、原告に対し、工事の工期を平成４年６月１日から平成７年３月３１日までとし、金額を３６億０４００万０９００円とする「注文書」（以下「本件注文書」といい、本件注文書に基づく工事を「本件工事」という。）を送付し、原告は、Ｅに対し、本件注文書と同一内容の「注文請書」を送付した。なお、本件注文書の「取極要項」の中には次のような事項も定められていた（甲７、乙１４）。
(ア) 今回見積工事の範囲は、工事完成までの一括責任施工とする（工事完成とは、Ｃ商事が正式に引き取った時点とする。）。したがって、工事数量、共通仮設費、現場経費の増減は一切行わない。
(イ) 隣接住民との友好関係に留意して、トラブル等を起こさないように十分注意すること。万一、工事途中、隣接住民からの要望やクレームが生じた場合には、Ｂを通じて解決すること。
(ウ) 場内の排水対策については、隣接民家が冠水しないよう万全を期すこと。
万一、冠水させた場合は、Ｂを通じて責任をもって対応すること。
キ Ｅは、平成４年９月２４日付けで原告から提出された本件工事に係る請求書に基づき、本件注文書の日付より前である同月３０日、Ｇ銀行佐世保支店の原告名義の普通預金口座に第１回目の工事代金として６億５０００万円を振り込んだ（甲８、９）。
ク Ｃ商事は、平成７年９月１８日付けで、農政局に対し、かねてから許可を受けていた本件駐車場用地の農地転用（計画変更申請をした後の平成７年７月２１日に許可を受けたもの）について、平成７年９月１３日に建設計画が完了したとして農林水産大臣宛ての「農地転用許可後の工事進捗状況報告について」と題する書面（以下「本件工事進捗状況報告書」という。）を送付した（乙３）。
ケ Ｃ商事は、平成７年１１月２７日付けで、ＥＪＶに対し、本件造成工事が平成７年９月１３日付けで監督官庁に対する完了報告をもって完了したことを確認した旨の「指示書」（以下「本件指示書」という。）を送付した（甲１９）。
コ 平成７年１２月２８日、Ｅは、原告に対し、本件工事の代金３６億０４００万０９００円の最終支払を完了した。
サ 原告の平成８年３月３１日現在における本件工事に係る未成工事支出金は、１８億９６８５万４７８０円であり、同年４月１日以降は、工事原価が発生していなかった（弁論の全趣旨（甲４８））。
シ Ｂは、本件工事の代金のうち第１回目工事代金を含め総額１９億１７４４万０５３９円を預かっているが、当該金額は、原告の工事代金ではなく、Ｂが用地買収費その他の対策費用等の目的にするものである旨の証明書を、平成１０年９月１４日付けで原告に提出している（弁論の全趣旨（甲４８））。
(3) 原処分等の経過
ア 佐世保税務署長の更正及び賦課決定
(ア) 原告は、平成７年４月１日から平成８年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について青色の確定申告書を作成し、また、平成７年４月１日から平成８年３月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税について確定申告書を作成し、いずれも法定申告期限までに佐世保税務署長（以下「原処分庁」という。）へ提出した。
(イ) 平成９年８月１８日から、佐世保税務署による原告に対する税務調査が行われた。その結果、同署職員である特別国税調査官丁（以下「丁調査官」という。）は、同年１０月２３日ころ、原告の従業員に対し、本件事業年度の法人税及び本件課税期間の消費税について、修正申告をするよう慫慂した（乙１７）。
その際の、丁調査官の見解及び主張は、次のとおりであった。
① Ｅから入金のあった金額のうち、消費税分を除く３４億９９０３円は、本件事業年度の原告の収入と認定する。
② 工事原価の１８億９６８５万４７８０円は、本件事業年度の損金算入を認める。
(ウ) 原処分庁は、その調査に基づき、平成１０年５月２６日付けで本件事業年度の法人税について、更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分をし、本件課税期間の消費税について、更正処分（以下「本件消費税更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定をした（以下、これら４件の処分を総称して「本件各処分」という。甲４１、４２）。
本件各処分の内容は、以下のとおりである（甲４１、４２）。
ａ 法人税
(a) 確定申告
所得金額 ３９８５万３４９１円
納付すべき税額 １３２５万７７００円
(b) 更正処分
所得金額 １６億４１７９万３７１１円
納付すべき税額 ６億６９６１万８４００円
(c) 賦課決定処分（過少申告加算税）
納付すべき税額 ９７７４万４５００円
ｂ 消費税
(a) 確定申告
課税標準額 ３７億２１３０万４０００円
納付すべき税額 ２１８７万２７００円
(b) 更正処分
課税標準額 ７２億２０３３万４０００円
納付すべき税額 １億２６８４万３６００円
(c) 賦課決定処分（過少申告加算税）
納付すべき税額 １４６５万１５００円
(エ) なお、本件法人税更正処分の更正の理由は、概ね以下のとおりである（甲４１）。
ａ 完成工事高の計上もれ ３４億９９０３万円
原告が、ＥＪＶから受注した本件工事については、次の事実が認められる。
(a) 平成５年１月８日、原告がＥＪＶから受領した本件注文書及びこれに対する注文請書によると、原告は、本件工事を工事代金３６億０４００万０９００円（内消費税１億０４９７万０９００円）で請け負っている。
(b) 原告の総勘定元帳、請求書（控え）及びＥＪＶからの本件注文書並びに支払通知書によると、原告は、ＥＪＶに対し、本件工事の出来高に応じて工事代金を請求し、平成７年１２月２８日の最終入金をもって、工事代金の総額３６億０４００万０９００円を受領した。
(c) 本件工事の施主であるＣ商事が農政局に提出した本件工事進捗状況報告書及びＥＪＶに発行した本件指示書によると、本件工事の完成検査済日は平成７年９月１３日となっている。
(d) 原告の現場別工事台帳によると、本件工事に係る材料費、労務費、外注費、経費等の工事原価は、平成８年４月１日以降全く発生していない。
これらのことからすると、原告は、本件工事を本件事業年度中に完成し、ＥＪＶへ引き渡していると認められるので、本件工事に係る未成工事前受金３４億９９０３万円を完成工事の計上もれとして、益金の額に算入する。
ｂ 完成工事原価の計上もれ １８億９６８５万４７８０円
前記のとおり、本件工事に係る未成工事前受金３４億９９０３万円を当期の益金の額に算入したので、本件工事に係る未成工事支出金１８億９６８５万４７８０円を当期の損金の額に算入する。
ｃ 事業税の損金算入 ２３万５０００円
前事業年度の更正による増加取得に係る事業税２３万５０００円を損金に算入する。
イ 異議審理庁の異議決定
(ア) 原告は、本件各処分に不服があるとして平成１０年７月２３月に異議審理庁である佐世保税務署長へ異議申立書を提出した（甲４３）。
(イ) 異議審理庁の職員である上席国税調査官戊（以下「戊調査官」という。）らは、平成１０年８月１０日から原告の異議申立てに係る審理及び調査を行い、これに基づき、異議審理庁は、平成１０年１１月１３日付けで原告の異議申立てを棄却する旨の異議決定（以下「本件異議決定」という。）をした（甲４５）。
(ウ) 本件異議決定の理由は、概ね以下のとおりである（甲４５）。
ａ 工事の完成時期について
(a) 原処分庁の調査により認められた事実によれば、原告は、本件工事を本件事業年度中に完成し、発注者へ引き渡していることが認められる。
(b) 完成時期の判定の要素としての工事の引渡しは、発注者ＥＪＶに対して行えば足り、原処分庁の調査により認められた事実によれば、既にＥＪＶに対して本件工事に係る駐車場の引渡しが完了しているのは明らかである。
(c) また、買収済みの土地の所有権は、平成４年から平成７年にかけて順次委託者名義に移転登記されており、異議申立てに係る調査、審理の結果、委託者Ｃ商事は、当該土地の一部を平成１０年６月２３日に第三者に売却しており、この事実からも本件工事が工事完了の上引渡し済みであったことは明白である。
ｂ 工事代金、工事原価について
(a) 原処分庁の調査によれば、次の事実が認められる。
① 本件工事の工事代金は、原告がＥＪＶへ提出した本件工事の見積書及び注文請書並びにＥＪＶが原告へ発行した本件注文書によると、いずれも３６億０４００万０９００円である。
② 平成４年９月２４日付けの原告のＥＪＶに対する６億５０００万円の請求は、原告が受取口座を指定し作成した請求書で行われており、原告は、その総勘定元帳に工事前受金の増加として記載している。
また、この後に本件工事に関して原告が作成した出来高に基づく請求書の入金済額欄の金額には、一貫してこの６億５０００万円が含まれている。
③ 原告は、本件工事の工事代金としての入金額の中から１９億１７４４万０５３９円をＢに渡し、この金額を建設仮勘定として記帳している。
④ 丙は、原処分庁に対し、本件契約１の利益をＢと原告が６対４の比率で配分するとの契約は存在しない旨の申述をしている。
(b) 以上のことからすると、本件工事の工事代金は、請求合計額及び入金合計額のとおり、３６億０４００万０９００円であり、工事代金の水増しの事実及び利益分配契約の存在を確認することはできない。
(c) また、Ｂに渡された金員が工事原価であるとした場合、通常受け取るべき請求書等の書類をＢから受け取っておらず、さらに、この支出の内容及び損金性が不明であり、この金員を工事原価に算入することは到底できない。
なお、丙は、異議申立てに係る調査、審理においても、原告から受領した資金の使途についての説明及び原告の主張を裏付ける証票類の提示をせず、また、丙を同席しての説明を原告に依頼してもこれが実現しない状況では、原告の主張のみをもって、工事代金の水増しの事実及び工事原価としての損金算入を認めることはできない。
ウ 国税不服審判所長の裁決
(ア) 原告は、異議決定を経た後の原処分に不服があるとして、平成１０年１２月３日に国税不服審判所長へ審査請求書を提出した（甲４６）。
(イ) 国税不服審判所長は、この審査請求に対して平成１１年１０月１２日付けで、本件各処分の全部を取り消す旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした（甲４８）。
(ウ) 本件裁決の理由は、概ね以下のとおりである（甲４８）。
ａ 原告及びＢは、共同企業体として（以下「原告らＪＶ」という。）、本件契約１を締結した。
ｂ 本件駐車場造成工事に関する契約等には、本件契約１、本件契約２及び本件注文書があり、原告が施工業者として当事者となっている契約等は、本件契約１及び本件注文書である。
原告は、内容の異なる２種類の契約等において施工業者となっていることになるが、本件駐車場造成工事は、原告らＪＶが用地買収から造成工事までを行い、完成後の本件駐車場を１坪当たり１５万円でＣ商事に引き渡すという本件契約１を基本として行われたもので、通常の契約形態とは異なる方法で行われたことが認められる。
なお、本件契約１に係る面積、工期等については、用地買収が困難な部分が生じたことなどから変更されているが、変更された内容については、当事者間において合意されていたものと認められる。
また、本件注文書に基づく本件工事代金には、本件工事以外の土地代及び近隣対策費等の金額が約４９パーセント（１７億５２７０万３３７０円）も含まれている事実からすると、当初から、本件工事代金には用地取得等に係る資金の一部を含むことが当事者間において了解されていたもので、融資の手段としての目的もあったものと推認される。
ｃ 本件工事については、Ｃ商事がＥに本件指示書を発行していること等から原処分庁の主張どおり未買収の部分を除いて本件事業年度中に完成しているものの、本件工事の収益計上時期は、本件契約１に基づき本件駐車場造成工事の一連の事業が完了し、Ｃ商事に正式に引き渡した日の属する事業年度とするのが相当と認められる。
ｄ 原告らＪＶが本件駐車場造成工事の完成部分について、実際にＣ商事に引き渡したのは、平成１０年６月２０日であると認められることから、本件工事の原告の収益計上時期は、平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度であることが認められる。
なお、本件駐車場造成工事の引渡しが当初計画からすると、遅延したことについては、未買収の土地があり、本件契約１のとおり完了しなかったことが主な原因と認められ、意図的な課税の繰延べ等と認められるような客観的事実もない。
ｅ 原処分庁が本件注文書に係る本件工事だけを切り離して、本件事業年度に完成したと認定したことは相当でない。
(4) 原処分以降の経過
ア 平成１０年６月、Ｃ商事は、学校法人Ｈに、本件駐車場用地の一部約８０００坪を１２億円で売買する旨の不動産売買契約を締結し、同月２３日に所有権移転登記をした（乙４、５）。
イ Ｂ、原告及びＣ商事は、いずれも平成１１年３月９日付けで、Ｂ及び原告がＣ商事に平成１０年６月２０日をもって本件駐車場用地の買収業務及び造成工事の完了を報告し、用地の引渡しを行った旨の「大手原駐車場引渡精算書」（以下「本件精算書１」という。）と、この引渡しの結果、原告及びＢのＣ商事に対する未収金、未払金の確定を確認する旨の「債権・債務の確定証書」とを、それぞれ作成した（甲２３、２４）。
また、原告及びＣ商事は、平成１１年３月９日付けで、Ｃ商事の原告及びＢに対する未払金の４割について、Ｃ商事が原告に対して債務を負い、Ｃ商事が５９回に分割して弁済する旨の公正証書を作成した（甲２５）。
ウ 原告及びＢは、平成１１年３月１９日付けで、原告がＥＪＶから送金を受けた３６億０４００万０９００円について、本件精算書に基づき、次のとおり精算する旨の「平成４年４月２０日付大手原駐車場造成工事委託契約証に基づく精算書」（以下「本件精算書２」という。）を作成した（甲２６）。
(ア)
原告
工事その他費用
１８億５１２９万７５３０円
(イ)
Ｂ
土地代、近隣対策費、その他費用
１７億５２７０万３３７０円
（合計） ３６億０４００万０９００円
エ 原告及びＢは、平成１１年３月１９日付けで、ＢがＣ商事から送金を受けた４億５０００万円について、平成１１年３月９日に合意した本件精算書１に基づき次のとおり精算する旨の「平成４年４月２０日付大手原駐車場造成工事委託契約証に基づく精算書」（以下「本件精算書３」という。）を作成した（甲２７）。
(ア)
原告
工事費その他の費用
１億１２５６万７１１６円
(イ)
Ｂ
土地代、近隣対策費、その他の費用
３億３７４３万２８８４円
（合計） ４億５０００万円
２ 主要な争点
(1) 本件各処分、本件異議決定及びその決定後に本件各処分を取り消さなかったことにつき、原処分庁に国家賠償法１条１項の「故意又は過失」及び「違法」が認められるか。
(2) 原告の損害の有無並びに本件各処分、本件異議決定及びその決定後に本件各処分を取り消さなかったことと原告の損害との間の因果関係の有無
３ 原告の主張
(1) 本件契約１締結以後の経過について
ア 原告らＪＶとＣ商事との間で、本件契約１が締結された。
イ 本件契約１の締結に伴い、原告らＪＶ内部では、駐車場造成工事は原告自らが分担して施工し、それに要した費用を原告らＪＶの経費として計算すること、Ｃ商事から受け取る金員から経費（土地取得費及び造成工事費用等）を差し引いた残りを利益として、これをＢが６０パーセント、原告が４０パーセントの割合で配分すること等が合意された。
さらに、平成５年２月ころ、原告らＪＶ内部では、その利益配分割合に関連して、原告において要した造成工事費用として差し引くべき金額を１２億３６００万円とみなして双方の利益配分額を算出することが合意された。
ウ 土地の買収及び造成に必要な多額の資金について、原告らＪＶとしては、このように多額の資金を現に保有しているわけではないので、Ｃ商事から数次に分けて段階的に金１１９億１２００万円の内金の支払を受け、それをもとに用地を取得したり、造成工事をしたりする必要があり、Ｃ商事も、当初は、そのように支払をすることを約束していた。
ところが、その後、Ｃ商事から、前記１１９億１２００万円については、造成後、引渡しを受けた後には、融資を得られる見込みであるが、それ以前に資金を用意することはできないとの説明があった。
そこで、丙とＣ商事が協議した結果、Ｅ及びＦに資金面の協力を得ることにし、両社も協力することとなった。
エ 両社は、前記１１９億１２００万円の内金２０億円は、Ｃ商事において調達してほしいと希望したので、内金４２億円は、ＥとＦのそれぞれの関連ファイナンス会社から各２１億円ずつＣ商事に融資させ、残金についてはＥ及びＦが可能な限り直接支出して資金協力をすることとなった。
ただ、Ｅ及びＦは、金融会社ではないため融資金名目では資金を出しにくいとのことであったので、ＥＪＶと原告らＪＶが協議した結果、ＥＪＶがＣ商事から金５２億円で工事を元請受注し、これを原告らＪＶに下請発注したこととすることにより、下請代金名目で出金する方法で融資することになった。
オ その後、エの合意に基づき、平成４年９月３０日から平成７年１２月２８日までの間に、前後４３回にわたって、Ｅが原告名義の銀行預金口座へ資金を振り込んだり、Ｅ振出の手形を送付するなどの方法で、合計３６億０４００万０９００円が送金された。
そのうち合計１９億１７４４万０５３９円については、Ｂが直接管理する原告名義の銀行預金から自ら引き出したり、原告がＢへ送金するなどして、原告からＢに引き渡され、Ｂは、その資金で土地買収の手配等をした。
カ なお、ＥＪＶの元請代金と原告に送金された金額との差額の大部分は、実質上はＥ及びＦの融資に伴う利益となるものであり、Ｅ及びＦは、Ｃ商事から元請代金を回収する方法でその融資金を回収することとなっていた。
(2) 本件各処分及び本件異議決定について
ア 本件各処分は、原処分庁が丁調査官らの調査をもとに、その職務上したものである。また、本件異議決定も、原処分庁が、その職務上したものである。
イ 原処分庁は、何ら適法な要件がないのに本件各処分をし、また、違法な本件各処分を取り消すべき職務を怠り取り消さなかったものである。
(ア) 原処分庁は、徴税等の専門家であり、誤った課税をして納税者に不利益を及ぼすことのないように、また、誤った課税をしたときは、速やかに取り消すべき高度の義務を負っている。のみならず、本件では、特に、課税が誤っていた場合の原告の損害が著しく大きく、かつ、後日処分が取り消されても原告の損害が容易に回復されないことが明らかであったのだから、なお一層の注意をもって調査し、判断しなければならなかった。
(イ) しかし、原処分庁及び佐世保税務署職員らは、前記義務に違反し、十分な調査をしなかったばかりか、かえって原告らの事情説明を聴くことを拒みさえした。
ウ 修正申告勧告等について
(ア) 平成９年８月以降の税務調査後の丁調査官の見解及び主張には次のものも含まれていた。
ａ Ｂが受け取った資金１９億１７４４万０５３９円からＢが原告に逆送した１億６４７３万７１６９円を控除した残額の１７億５２７０万３３７０円のうち、Ｂが土地買収費等に支出したとみられる合計８億２６４２万５０００円は、原告のＢへの貸金と認定する。
ｂ その余の９億２６２７万８３７０円についてのみ、原告がＢに支出した支払手数料と考え、損金算入を認める。
ｃ したがって、収入額３４億９９０３万円から損金額（工事原価１８億９６８５万４７８０円及び支払手数料９億２６２７万８３７０円の合計２８億２３１３万３１５０円）を控除した６億７５８９万６８５０円が利益の増加額となるので、この金額を上乗せして法人税の修正申告をし、これに伴い、消費税についても修正申告をされたい。
(イ) しかし、その理由については、丁調査官から原告に対し、何らの説明もなかった。
原告は、Ｂに土地買収等を依頼したこともなく、土地買収について手数料を支払う立場でもなく、前記８億円余をＢに貸さなければならない理由がないばかりか、担保取得等の保全措置、返済時期等の定め、借用証の徴求等、その８億円余が貸金であれば当然存在するはずの取り決めが全くされていない。
丁調査官や原処分庁らの事実認定は、杜撰な調査に基づくものであり、丁調査官が指示した修正申告の内容は、全く不当なものであったので、原告は、修正申告をしなかった。
エ 本件各処分について
本件各処分は、原告がＥから受領した資金の合計３６億０４００万０９００円から消費税３パーセント相当額１億０４９７万０９００円を控除した３４億９９０３万円をもって、原告がＥから請け負った工事に係る原告の収入と認定し、これを当期の益金に算入し、かつ、工事の原価を１８億９６８５万４７８０円と認定し、これを当期の損金に算入するとともに、本件事業年度の法人税の更正により増加する事業税２３万５０００円を当期の損金額に算入することによりされたものである。
しかも、本件各処分においては、税務調査の段階では丁調査官自ら損金と認定すると言明していた９億円余についてまでも、これを損金と認定せず、原告の利益であるとして計算された。
オ 原処分庁の事実認定が誤りであることについて
(ア) 原処分庁には、Ｂと原告を共同企業体でないと判断したことにつき、故意又は重大な過失がある。
(イ) Ｅから原告への入金は、Ｃ商事に対するＥＪＶからの融資金であり、そうでないとしても原告らＪＶの収入であって、原告の単独の収入ではない。
仮にそうでないとしても、平成８年３月３１日の時点では、原告の分担した造成工事は、造成予定地の全部の買収が未了であったため、未完成であり、引渡しもしていなかった。したがって、いずれにしても収益に計上すべき時期は到来していなかった。
これらのことは、原告から丁調査官らに資料を提出し、十分に説明した。
(ウ) 原告の利益は、過去１０年間で最大であった平成４年度でさえ１億円にも満たなかったのであり、突如として１６億円余りの利益が出ることがあり得るかということについては、納税者の所得を常に把握し、かつチェックしている税務署職員としては大いに疑念を抱くべきであった。
(エ) また、建設業界においては、通常、下請業者の利益は、下請代金の１５パーセント以下である。本件では、工事原価が約１９億円であるので、それから逆算して、下請代金は、多く見ても２２億円程度が普通である。このことは、業種別の所得の実情を幅広く把握している原処分庁が知らないはずはなく、本件が、下請代金としては異常に高額であり、原告主張のとおり融資金であることは当然に察しがついたはずである。
特に、本件では、元請業者が大手建設会社であり、積算能力の点で原告よりも優れているのであるから、本件が真に下請関係なのであれば、このような多額の金額で下請契約を結ぶことはあり得ない。
(オ) 未買収用地があって造成工事が完了していないこと、そのため収益計上時期が未到来であることは、現地を見たり、字図や土地登記簿を照合したりすれば容易に判断できることである。
カ 回復し難い損害が生ずることの予測可能性について
本件では、誤った処分をすることによって、たとえ事後的に行政不服審査手続でその処分が取り消されたとしても、原告に取り返しのつかない甚大な損害が発生することが容易に予測できた。
(3) 原告の損害について
原告の被った損害額は、次のとおり、少なくとも２２億円に達する。
ア 社会的、経済的信用を害されたことによる損害 ２０億円
(ア) 原告においては、本件各処分が取り消されるよう全社を挙げて取り組んだ。
(イ) 原告は、本件各処分が取り消されるまでの間、存続のため業務の中心であった公共工事の受注を確保しようと努め、佐世保市の税３３５０万１８００円及び松浦市の税約１５０万円を納付し、せめて両市の指名だけは受けることができるようにした。
(ウ) 本件各処分の後、原告が巨額の脱税をしているかのごとき噂が広く流布され、これをいわゆる業界新聞に売り込んで広く頒布しようと目論む者まで出現したため、原告のオーナーは、県議会議員選挙への出馬を断念した。
(エ) 平成１１年１月１０日、Ｉ新聞紙上に掲載された記事により、原告が巨額の脱税をしているかのごとき印象が世間に広まり、原告の社会的、経済的信用は、著しく低下した。
(オ) 前記新聞報道後、原告が１５億円もの税金を払うことはできないであろうから、原告が倒産するのではないかとの噂が広まり、金融機関が融資を渋るばかりか、既に融資していた融資金の回収に力を入れ始めた。
また、長崎県が低金利で２０００万円まで融資するサポート資金も、県税の納税証明書が提出できないために利用できなかった。
(カ) 平成１１年２月１９日、福岡防衛施設局長から、税金問題が片付くまで指名を見合わせていると言われ、原告は、防衛施設局関連の公共工事の受注をすることができなかった。そのため、原告は、最高で８８００万円の得たかもしれない利益を得ることができなかった。
(キ) 原告に対する良からぬ風評のゆえに、県及び市から受注を得にくい状態にあり、さらに、原告においては、本件各処分の取消しを実現するために全力を注入していたため、営業活動がほとんどできないでいた。
(ク) 原告の前社長は、本件による心労のためもあって、平成１１年７月１８日に突然死亡した。
(ケ) Ｃ商事と原告らＪＶの間で、平成１１年３月９日、本件駐車場用地の買収及び造成の精算をし、Ｃ商事は、原告らＪＶへの対価の未払金１１億７３１５万３４３７円のうち、４割に相当する４億６９２６万１３７５円を、平成１１年３月以降、毎月８００万円宛、原告に分割して支払うこととなり、その全額が県税及び国税への支払に充当された。
(コ) 原告は、会社の清算をも検討せざるを得ない状態であり、従業員の賞与も支給できないでいる。
イ 行政不服審査手続における弁護士費用 １億円
ウ 本件訴訟における弁護士費用 １億円
４ 被告の主張
(1) 本件各処分等について
原処分庁がした本件各処分等は、次のとおり、本件各処分及び本件異議決定段階では、収集し得た限りの証拠資料に基づき、自らに付与された所得認定の裁量の範囲内において原告の課税標準等を合理的かつ適正な判断に基づいて認定したものであって、適正な判断に基づく適法な処分であり、故意、過失もない。
ア 原告らＪＶについて
本件契約１につき、原告とＢが共同企業体を構成していたと認定することはできなかった。
イ 利益配分について
Ｂと原告の間で、Ｃ商事から受け取る金員から経費（土地取得費や造成工事費用等）を差し引いた残りを利益として、これをＢが６０パーセント、原告が４０パーセントの割合で配分すること等の口頭での合意があったとは判断することはできなかった。
ウ 下請代金名目での融資について
原告は、ＥＪＶがＣ商事から５２億円で工事を元請受注し、これを原告らＪＶに下請発注することにより、下請代金名目で出金する方法で融資するということになったと主張するが、この点に関する原告の主張は、原処分段階から異議調査段階までの間に変遷しており、いずれの段階においても融資という事実を確認できる証拠資料の提出はなく、本件工事の発注者であるＥからも原告の主張に沿う答述はなかった。
エ 丁調査官による調査について
(ア) Ｅからの入金のうち消費税を除く３４億９９０３万円については、原告の総勘定元帳によれば、Ｅからの入金は工事前受金として経理処理をされていることから、原告自身も計上時期はともかく工事収入金であると認識していたことは明らかであり、丁調査官が説明をした時点では、その入金額に工事代金以外の金額が含まれているなどという原告からの申立てはなかった。
(イ) Ｂが受け取った１９億１７４４万０５３９円からＢが原告に逆送した１億６４７３万７１６９円を控除した残額の１７億５２７０万３３７０円のうち、Ｂが土地買収等に支出したとみられる合計８億２６４２万５０００円について、丁調査官は、損金と認め得る具体的な資料の提示がない以上、認める訳にはいかないという調査態度で一貫していたのであり、合計８億２６４２万５０００円を貸金と認定するなどと具体的な金額を示して断定的な説明をしたことはない。
(ウ) また、その余の９億２６２７万８３７０円についても、丁調査官は、Ｂに渡った約１９億円について、原価として認められるものがあれば損金算入を認めるが、そのためには根拠や証拠が必要であること、つまり、Ｂと原告の間で利益配分あるいは未収、未払部分に関して根拠や証拠があれば積極的に証拠資料を提出するよう説明していたし、本件工事に関して追加の原価等が見込まれる場合は、その額を合理的に見積もることができる旨の説明をしている。しかし、丁調査官が、根拠もないのにこの金額をＢへの支払手数料として損金算入を認めるなどと説明したことはなく、原告の主張は、丁調査官の説明を曲解したものである。
(エ) Ｂに渡った約１９億円について、原告は、これを建設仮勘定として経理処理していたが、これについては、Ｂからの請求書もなく内容が不明朗な支出であった。したがって、丁調査官がこれを工事原価に類する支出と認めることができなかったのは当然であり、立替金や貸付金のような流動資産としての性質を有するものであると判断せざるを得なかったのである。
オ 本件工事の完成、引渡しについて
本件指示書によれば、平成７年９月１３日付けで造成工事面積の減少を認めた上でＣ商事からＥＪＶ宛に工事の完了確認がされており、かつ、Ｅは、原告に対して本件工事の全額を支払っているのであって、本件事業年度において本件工事が完成していたのは明らかである。そして、Ｅが本件工事の完成を認めて、下請人である原告から本件駐車場の引渡しを受けた以上、ＥＪＶと施主であるＣ商事との間で本件駐車場造成工事の完成をめぐって争いが生じたとしても、それは、法律上、Ｅと原告の関係に何ら影響するものではない。
カ 本件法人税更正処分について
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額である（法人税法２２条１項）ところ、原告の本件事業年度の法人税の確定申告には、前記第２の１(3)ア(ウ)及び(エ)のとおり、益金の額に算入すべきものと損金の額に算入すべきものが含まれていなかったので、原処分庁において更正した。
キ 本件消費税更正処分
前記カの益金の額に算入した完成工事高は、課税資産の譲渡等に該当することから、本件課税期間の消費税の課税標準額に加算した。
ク 過少申告加算税の賦課決定処分について
本件各処分のうちの法人税及び消費税に係る過少申告加算税の賦課決定処分は、原告が申告納税額のほかに新たに税額を納付すべきこととなり、納付すべき税額の計算の基礎となった事実に加算税を賦課しない場合の理由もないことから、原処分庁において、新たに納付すべき税額につき、国税通則法６５条１項及び２項に基づき過少申告加算税を賦課決定した。
ケ 審査請求後の上申書について
原告が審査請求後に提出した本件各処分を取り消すことを求める旨の上申書は、原告らＪＶによる用地買収及び造成工事を前提として作成されているが、本件工事の引渡時期及び共同企業体の精算等に疑問が多いことから、原処分庁は、これに応じなかったものである。
(2) 原告の損害について
ア 佐世保市及び松浦市の公共工事については、原告が指名から排除されてはおらず、長崎県のそれについても指名排除を回避できていることから、損害が発生したとはいえない。
また、防衛施設局関連の公共工事で得たかもしれない利益は、原告の主張する「同規模」の会社が受注した工事について、その主張のとおり「得たかもしれない」不確実な利益の可能性を「粗利」で計上したに過ぎない。
イ 原告のオーナーの県議会議員選挙不出馬及び原告の前社長の死亡は、いずれも個人的な損害の問題であり、本件各処分によって原告に生じるべき損害とは無関係である。
ウ 県からのサポート資金については、仮に県税を納税し、融資の申し込みを行ったとしても、その他の融資条件もあることから、必ず融資を受けられるものでもなく、さらに、原告が県からの融資を受けられなかった金額を当該融資よりも高利な他の融資先から調達した旨の主張すらない。
エ 平成１１年３月以降の県税及び国税の納付のうち国税分については、原告から任意に納付を受けたものであり、納付を強要したものではない。また、納付金については、還付加算金を加算して全額還付済みであって、損害は生じていないか又は回復済みである。
オ 仮に原告の受注高が減少していたとしても、工期の長い大規模な工事を請け負っている事業者においては、大規模な工事を受注した事業年度には受注工事高に大幅な増加があり、その逆もあるのが常であるから、受注工事高の増減によって原告の損害を算出することはできない。
また、本件各処分後の３年間に受注工事高の減少が３３億円にも上るという事実はない。
カ 原告によるその他の損害についての主張は、いずれも抽象的で曖昧であり、具体的な損害として算出することはできない。
第３当裁判所の判断
１ 課税処分の違法について
一般に、課税処分において課税評価額の認定に過誤があったからといって、その過誤があることをもって直ちに国家賠償法１条１項にいう違法があったとの評価を受けるものではなく、担当職員が資料を収集し、これに基づき課税要件事実を認定、判断する上において、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と更正をしたと認め得るような事情がある場合に限り、前記の評価を受けるものと解するのが相当である（最高裁判所平成５年３月１１日判決・民集４７巻４号２８６３頁参照）。
したがって、以下、本件各処分、本件異議決定及びその決定後に本件各処分を取り消さなかったことにつき、原処分庁が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしたか否かを個別に検討する。
２ 本件各処分について
(1) 前記第２の１(3)ウのとおり、本件裁決では、本件契約１を基本として、原告とＢを共同企業体と認定するとともに、本件工事代金には土地代及び金利対策費等の金額も含まれるとした上で、本件工事の収益計上時期は、Ｃ商事に正式に引き渡した日の属する事業年度とみるべきであり、正式に引き渡したのは平成１０年６月２０日であると認定して原処分を取り消している。したがって、本件裁決によれば、原処分は、本件工事による収益計上時期の認定を誤ったという過誤が存することになる。以下では、原処分庁による上記認定の誤りの存在を前提として、その認定・判断の適否について順次検討する。
(2) 本件各処分時までに判明していた事情
証拠（甲４ないし６、１２ないし１４、乙６、１２、８、１７、証人Ｊ、証人丁）によれば、本件各処分時までに原処分庁に判明していた事情等として、次の各事実が認められる。
ア 丁調査官は、本件各処分前の税務調査において、原告の総務部長Ｊ（以下「Ｊ部長」という。）から、本件契約１の契約証（甲１）及び「Ｂフォーラム取引関係一覧（Ｂ支払分）」と題したメモ等関係書類の提示を受けた上、Ｂに資金が流れており、原告においてはその資金を建設仮勘定に計上していること、及び、その性格は立替金的なものであることなどの説明を受けた。また、本件駐車場造成工事と土地買収から生じる利益を原告とＢとで配分する約束があること、及び、土地買収の報酬等としてＢがＣ商事から受け取る近隣対策費の金額が決まっていないことの説明も受けた。なお、丁調査官は、この際、Ｊ部長に対し、原告とＢの利益配分に係る文書の提示を求めたが、そのような文書はないとの回答であった。
イ 原告がＥＪＶから受注した本件駐車場の造成工事については、見積書による工事代金を４億０００５万２０００円とする深層工事（工事種目は駐車場地盤改良である。）と同じく工事代金を３６億０４００万０９００円とする浅層工事（工事種目は駐車場造成工事であり、これが本件工事に該当する。）とがあり、この深層工事については、平成６年３月期の原告の決算で既に完成工事として計上されていた。
また、本件工事についても、平成７年１２月２８日を最終日として３６億０４００万０９００円の工事代金の総額が原告に入金済みであり、原告の総勘定元帳の工事前受金勘定にその経過が記帳されていた。さらに、原告がＥＪＶに送付した請求書の控えにおいても、原告が工事出来高として請求し、その請求に基づきＥＪＶが発行した支払通知書に従って入金されていた。加えて、原告の請負工事台帳（平成８年３月３１日以前は現場別工事台帳）によると、材料費や外注費等の工事原価は、平成８年４月１日以降発生していなかった。
ウ 平成９年９月、丁調査官らは、Ｃ商事に対する反面調査を実施し、Ｃ商事のＫ部長（以下「Ｋ部長」という。）の協力の下、本件工事進捗状況報告書（乙３）、本件指示書（甲１９）及び次の記載等がある覚書証（乙８）等を入手した。
(ア)ａ Ｃ商事は、次の役割を分担し、その責任を完全に遂行する。
(a) 各個別法令の審査申請申出人となる。
(b) 用地取得の譲受人となる。
(c) 用地取得費、駐車場用地造成費、その他費用も含め坪当たり単価１５万円とし、負担総額約１２０億円とする。
ｂ 原告は、次の役割を分担し、その責任を完全に遂行する。
(a) 行政当局の環境整備
(b) 工事の完全な遂行
ｃ Ｂは、次の役割を分担し、その責任を完全に遂行する。
(a) 用地買収業務
(b) 行政当局に対しての環境整備
(c) 各個別法令の申請手続、作業等の代行業務
(イ) 工事完了引渡しまでのＣ商事の総負担額は、約１２０億円（面積不確定のため）であり、Ｃ商事が工事完了以前に負担する土地買収資金他に対するＣ商事の支払利息は、当然負担総額の１２０億円に含まれるものとし、Ｃ商事、原告及びＢは、これを確認合意した。
(ウ) 工事に関しては次のとおりとする。
ａ Ｃ商事は、原告及び大手ゼネコンとの共同企業体への工事の発注を行うものとする。
ｂ 原告及び大手ゼネコンとの共同企業体は、各個別法令等の申請の工程表に基づき円滑に完全な工事の遂行に努める。
ｃ 原告は、大手ゼネコンとの間でトラブルを起こさないものとする。
また、Ｃ商事及びＢは、調整を計るものとする。
エ また、Ｃ商事に対する当該調査により、Ｃ商事の平成９年３月期の決算書には、本件駐車場が販売用土地として計上されており、その取得費用の一部としてＢに対する未払金（近隣対策費）が計上されていることが確認された。
オ 平成９年９月下旬、丁調査官は、ＥＪＶの代表であるＥの九州支店に電話をし、担当課長であったＬ（以下「Ｌ課長」という。）に、本件工事の完成の有無を確認したところ、ＥＪＶは、代金の受領が未済であるため、本件駐車場をＣ商事に引き渡してはいないとの回答を得た。併せて、ＥＪＶは、本件工事に係る原告への支払を未成工事支出金としており、これに係る消費税については課税仕入れにしているとの回答があった。
カ(ア) 丁調査官は、前記アからオまでの調査の結果、本件工事は平成７年９月には完成してＥＪＶに引き渡されていると判断して、平成９年１０月中旬から同年１１月初旬までの間に、原告に対し、本件工事を完成工事として収益に計上した修正申告書の提出を慫慂したところ、原告のＪ部長は、次のような主張をした。
ａ 原告は、本件工事につき代金全額を受領してはいない。
ｂ 本件工事を完成工事として収益に計上すべきというのであれば、Ｂに送金している１９億円を工事原価に入れるべきである。
ｃ 近隣対策費の金額が確定していない。
ｄ 本件駐車場の造成工事は、８万坪を１２０億円でＢと一緒に請け負ったものであり、まだ、未買収の土地もあるし、工事が進行中なのであって、全部が完成しなければ完成したことにはならない（なお、この時点では、原告とＢが共同企業体であるという趣旨の主張はなかった。）。
(イ) 前記(ア)ａについて、丁調査官は、Ｊ部長に対し、「代金は３６億円でしょう、全額入金になっていますよね。」と応じたところ、これに対するＪ部長の反論はなかった。また、前記(ア)ｂについて、丁調査官は、Ｊ部長が以前にこの建設仮勘定に計上している金額は立替金であると説明したことを指摘し、この金の性格は立替金や仮払金であって、いわば原告がＢに一時的に貸したようなものではないかとも述べた。そして、前記(ア)ｃについて、丁調査官は、近隣対策費はＢが受け取るべきものであり、Ｃ商事も支払先はＢであるとして申告している旨説明した。さらに、前記(ア)ｄについて、丁調査官は、「施主であるＣ商事が完成したと言っています。ＥＪＶも引渡しを受けたとしています。未買収の土地を残したまま、工事を完了させたということではないですか。」と答えた。
キ またＪ部長は、「造成工事から生じる利益も、土地買収から生じる利益も、ＡとＢとで４対６の割合で配分することになっているとＡのＭオーナー、（Ｍ、以下「Ｍオーナー」という。）とＢの丙社長から聞いている。」と説明するとともに、次の各書面を丁調査官に提示した。
(ア) 「４．９．３０」の日付が付され、６億５０００万円の入金があり、これから立替金等の出金５億４６９５万円及び立替金利息３３３万２０７６円を控除した残額が９９７１万７９２４円である旨と、その残額につき、次の計算式の記載がある書面（甲１２）
ａ 「９９，７１７，９２４×４＝３９，８８７，１６９（Ａ）」
ｂ 「９９，７１７，９２４×６＝５９，８３０，７５４（Ｂ）」
(イ) 「５．２．１」の日付が付された原告宛の「崎岡支払明細書」と題する書面で、１億６６６０万円の入金から「土地用悪水路支払い」という名目での支払合計額１億２８２７万５０００円を控除した残金が３８３２万５０００円である旨と次の記載があるもの（甲１３）
ａ 「Ａ（４０％） １５，３３０，０００円」
ｂ 「Ｂ（６０％） ２２，９９５，０００円」
(ウ) 原告宛の平成５年７月１９日付けで、次の記載等がある書面（甲１４）
ａ 「Ａより６月３０日入金済み ４２５，０００，０００」
ｂ 「総支払い金額 １５１，２００，０００」
ｃ 前記ａからｂを控除した残額である２７３，８００，０００につき次の計算式
「２７３，８００，０００×４０％＝１０９，５２０，０００（Ａ）」
「２７３，８００，０００×６０％＝１６４，２８０，０００（Ｂ）」
ク そこで、丁調査官は、前記キの４対６の利益配分に関する合意文書の提示を原告に求めたが、その提示はなかった。また、丁調査官は、平成９年１１月初旬、Ｍオーナーに対し、面会を申し入れたが、不在という理由で面会できなかった。
ケ 丁調査官は、Ｃ商事のＫ部長に対し、本件駐車場の造成工事に当たり、原告との間にＥＪＶを入れた理由について尋ねたところ、Ｋ部長から、「Ｃ商事の親会社であり大手原駐車場の所有者となる予定の株式会社Ｎの当初からの意向として、一部地盤が軟弱なところがあり、ゼネコンの技術力を必要としたからである。」との回答を得た。
また、丁調査官は、平成９年１１月１３日、再度Ｋ部長に尋ねたところ、同人から次のような説明を受けた。
(ア) 本件契約１に係る契約証（甲１）は、大まかに決めたものである。むしろ、それ以前に作成された覚書証（乙８）の方が未締結だが内容の全てを表している。
(イ) Ｃ商事は、平成９年３月期に、Ｂに対する未払金（近隣対策費）を計上しているが、これはＣ商事が依頼している監査法人の指導を受けて概算額で計上したものである。
(ウ) 近隣対策費の仮払金として、Ｂに２億円と３億円の計５億円を支払済みであり、Ｂは、この内から１億７６６７万６３２９円を元国有地等の土地取得代に充てているが、そのほかについては正確な報告がない。
コ また、丁調査官は、平成９年１１月１９日、Ｃ商事の社長、Ｋ部長及びＯ税理士らから再度次のような説明等を受けた。
(ア) 「未払金は監査法人の指導を受けて概算額で計上したものであって、支払額が決まっているわけではない。」
(イ) 「契約証と同じころに作成した覚書証（乙８）に従って役割分担した。」
サ 平成９年１２月３日、丁調査官は、Ｂに対する反面調査として、丙に対して事情を聴いたところ、次のような回答が得られた。
(ア) 本件駐車場の造成工事は未完成であり、未買収の地権者と交渉中である。
(イ) Ｂから原告に支払った金額の計算書に記載してある４０パーセントとは、原告もそれくらいは要るだろうということである。
(ウ) 原告から受領している１０数億円は預り金であり、領収書は発行していない。全部完了したら精算して、返すべき金額は返すつもりである。
なお、丙は、その際、Ｂと原告の間の利益配分の存在を認めることはなく、また、Ｂと原告が共同企業体を構成している旨の説明もなかった。
その後、丁調査官は、Ｍオーナーとの面会を求めたり、同人に電話で連絡を取ろうとするなどしたが、いずれも実現しなかった。
シ 丁調査官は、平成１０年１月中旬、Ｅ九州支店に対する反面調査に赴いたところ、Ｌ課長と現場担当者Ｐが応対し、特記事項欄に本件工事の完成及び引渡しが平成７年９月１３日であることが記載された見積書（乙６、注文請書に綴られたもの）の提示を受け、Ｐも、引渡しが同日であることを認めた。
その際、Ｌ課長は、丁調査官に対し、本件指示書（甲１９）の存在につき承知している旨回答し、本件指示書の記載のとおり、造成工事面積に減少があったこと、その土地が現在でも金網で区切っている未買収の土地であることなどを説明した。さらに、丁調査官は、その場で、工事契約書、実行予算書、工事日誌、費用に係る請求書等を確認した。
ス(ア) 丁調査官は、平成１０年１月１９日、原告のＪ部長と共にＢの事務所へ行き、丙に対し、原告とＢの間で利益配分の約束があるのか、Ｃ商事からＢが近隣対策費を受け入れたとき、Ｂは原告に分配金をいくら出すのかについて質問をし、契約証についての説明を求めた。
(イ) これに対し、丙は、利益配分の合意については「そのような約束はない。」旨答えてその存在を認めることはなく、「この仕事は進行中であり完了していない。」と回答した上で、当時難航していた部分の買収についての説明をした。
(ウ) また、丁調査官は、原告に追加の費用の発生が見込まれるか否かを確かめるため、Ｊ部長に席を外してもらった上で丙にＢの関係帳簿を確認したいと申し入れたが、多忙を理由にこれを断られた。
セ 平成１０年１月下旬、丁調査官は、原告のＱ社長及びＪ部長に対し、改めて修正申告を慫慂した上、再度Ｍオーナーとの面会を求め、同人が不在であったため、後日の面談を申し入れたが、これも実現しなかった。
ソ 原処分庁は、本件各処分時以前には、「大手原駐車場請求、入金、Ｂ送金対比表」と題する書面（甲６、平成４年９月から平成８年１月までの間のＥから原告への入金額及び入金日、原告からＢへの送金額及び送金日、「Ａ仮受金」という名目で計上された金額等が記載された書面）の提出を受けていなかった。
タ 以上の調査結果を踏まえて、原処分庁は、本件各処分を行った。
(3) 原告らＪＶの存在、利益配分の合意の有無等についての原処分庁の判断の適否
ア 前記(2)のとおりの事情（調査の対象及びその内容）に照らしても、丁調査官らによる資料収集その他の調査が通常行われるべき調査を怠ったものと認めるに十分ではない。
イ(ア) 前記(2)のとおり、本件各処分前の段階では、原処分庁において、本件契約１に係る契約証（甲１）については大まかに決めたものであり、むしろ覚書証（乙８）の方が内容の全てを表しているとの説明を受けているところ、これによれば、原告が工事の遂行を行い、Ｂが用地買収を行い、Ｃ商事が原告と大手ゼネコンとの共同企業体に工事を発注することなどが定められているのみであり、同覚書証はもちろん、本件契約１に係る契約証の記載全体を見ても、直ちに契約当事者が原告らＪＶであるとはうかがわれず、かつ、原告、Ｂ及びＣ商事等の関係者から本件契約１における当事者が原告らＪＶであるなどという主張はされていなかった。
また、本件契約１締結の後に、Ｃ商事とＥＪＶの間で本件契約２が締結され、これを受けて、ＥＪＶから原告が一括して下請けをすることについての本件一括下請承諾書が作成され、これに基づき、Ｅから原告に対する本件注文書が作成されているところ、本件注文書（甲７）には、本件工事の代金は３６億０４００万０９００円と記載されており、これについては、Ｅから原告に対し、平成７年１２月２８日までに全額入金済みであった。
(イ) そして、この工事代金３６億０４００万０９００円に関して、原告は、Ｂとの間の利益配分の合意の存在を主張したり、Ｂへ送金した約１９億円を工事原価に算入すべきと主張していたものであるが、利益配分の合意については、利益の一部に関するメモ的な文書（甲１２ないし１４）があるのみで、その合意の存在を明確に示した文書はなく、Ｂの丙においては、その合意の存在を認めることすらしておらず、合意の事情を知っていたとみられたＭオーナーには、丁調査官らが面会することすらかなわなかった。また、Ｂへの送金分についても、原告において建設仮勘定として処理されており、証拠（証人丁）によれば、会計学上は、建設仮勘定は固定資産の部に分類されるものであり、法人が事業に寄与する建物等を取得する場合に、その建物等が完成するまでの間、支出した費用等を建設仮勘定として経過的に計上しておく勘定科目であって、その建物等の完成後は、適当な有形固定資産の勘定科目に振り替えられるべきものであることが認められる。さらに、前記のＢへの送金分については立替金的な性格を持つものであるとの説明がされていたのであり、本件各処分までに、この送金分が用地取得代等であると判断できる資料はなかった。
(ウ) これらのことからすれば、この段階において、原告とＢとの利益配分の合意があると認定することは到底困難であり、原処分庁がかかる資料等を前提として前記約３６億円のうちＢへ送金されたものを損金として算入しないなどと判断したこともやむを得ないものというべきである。また、本件契約１の契約書における受託者側の当事者が原告らＪＶではなく、原告及びＢの各自であり、前記覚書証のとおり、本件駐車場造成工事のうち、原告が造成工事を遂行し、Ｂが用地取得等の業務を負担することとなっていることなどを併せると、本件契約２については、これによって、本件契約１のうち、造成工事の部分についてＥＪＶが元請けし、そこから原告が下請けをするという形に変更されたものと判断することにも十分に根拠があるということができ、かつ、原処分庁においてその判断を否定するに足りる資料の存在がほとんど認められない状態にあったというべきである。
したがって、本件各処分において、本件契約１が原告らＪＶを当事者とするものとは判断しなかったこと、及び、原告とＢの間に利益配分に関する合意はなく、前記約３６億円のうちＢへ送金されたものを損金として算入しないなどと判断したことについては、税務調査の性質に照らしても、原処分庁の担当職員において、職務上尽くすべき注意義務を尽くさなかったとは到底いえない。
(4) 収益計上時期についての原処分庁の判断の適否
ア 法人税法基本通達２－１－５（請負による収益の帰属の時期）によれば、請負による収益の額は、別に定めるものを除き、物の引渡しを要する請負契約にあってはその目的物の全部を完成して相手方に引き渡した日、物の引渡しを要しない請負契約にあってはその約した役務の全部を完了した日の属する事業年度の益金の額に算入するものとされ、同通達２－１－６によれば、請負契約の内容が建設、造船その他建設工事等である場合には、その建設工事等の種類及び性質、契約の内容等に応じて、次のような方法のうちからその目的物の「引渡し」の日として最も合理的と認められるものを選択し、これにより継続的に収益計上すべきものとされており、これらに違法又は不合理な点は見当たらない。
(ア) 作業の全部を結了した日に引渡しがあったとする方法
(イ) 相手方の受入場所へ搬入した日に引渡しがあったとする方法
(ウ) 相手方が検収を完了した日に引渡しがあったとする方法
(エ) 相手方において使用収益ができるようになった日に引渡しがあったとする方法
イ ところで、本件注文書（甲７）においては、工事完成とは、Ｃ商事が正式に引き取った時点とするとの取り決めがされているが、前記(2)オのとおり、ＥＪＶ側は、Ｃ商事からの代金の受領が未済であるため、本件駐車場を正式には引き渡していないとの回答をしている。
しかしながら、本件工事進捗状況報告書（乙３）においては、Ｃ商事は、平成７年９月１３日に本件駐車場についての建設計画が完了したことを認めており、さらに、Ｃ商事は、ＥＪＶに対し、本件指示書により、本件造成工事が平成７年９月１３日付けで完了したことを確認している。
また、見積書（乙６）によれば、少なくともＥＪＶに対する本件工事の完成及び引渡しが平成７年９月１３日にされたことが認められ、前記(2)エのとおり、Ｃ商事は、平成９年３月期の決算書に、本件駐車場を販売用土地として計上しており、本件駐車場を自己の資産として認識していたものといえる。
ウ イを前提にすると、本件駐車場のＣ商事への引渡しが未了であるのは、Ｃ商事の代金不払というＣ商事側の一方的な事情によるものに過ぎず、本件工事の収益計上時期との関係では、本件工事が完成しているとみることもまた十分に可能である。
そして、現に、本件工事については、本件注文書による工事代金３６億０４００万０９００円全額が平成７年１２月２８日までに既に原告に支払われているのであり、平成８年４月１日以降は、本件工事に係る工事原価が発生していなかったのであるから、本件工事に係る収益の全部を原告は既に実現、取得していたということもまた可能である。
エ そうすると、前記(3)の判断を前提に、その収益を本件各処分により本件事業年度に計上すべきと判断したことにつき、担当職員において、職務上尽くすべき注意義務を尽くさなかったということはできない。
(5) 本件各処分についての結論
よって、本件各処分をしたことにつき、国家賠償法１条１項の違法があったということはできない。
３ 本件異議決定について
(1) 本件異議決定時までに判明していた事情等
証拠（甲４、７ないし１２、１７、１９、４３、乙２、４、５、９、１１、１２、１４、１６、１８、証人戊）によれば、本件異議決定時までに異議審理庁に判明していた事情等として、前記２(2)の事実のほか、次の事実が認められる。
ア 原告は、異議申立書（甲４３）において、次のとおり主張している。
(ア) 本件駐車場の造成工事は、本件契約１のとおり、Ｂと原告が共同企業体を組み、土地の買収斡旋、近隣対策、水路の払い下げ、開発申請等の諸手続及びその他造成工事等を含み、駐車場として完成させる事でのデベロッパーとして、８万坪の土地を坪１５万円、合計１２０億円で受け渡しするという基本契約のうちの造成工事部分である。
(イ) 当該工事は、本来、原告らＪＶが施工するところであるが、大規模工事であるため高品質を保証するため、Ｃ商事の要望によりＥＪＶが施工する取り決めとなったが、実体は基本契約の一部に過ぎない。
(ウ) 当該工事は、総額１２０億円の中で始められたもので、Ｃ商事に引き渡して初めて契約完了となるのであるから、当該工事はあくまで未完成である。
(エ) 工事代金については、１２０億円の総事業費が決まり、これから逆算して当該工事金額が決定されたものであり、約５０パーセントの利益率となって普通の土木工事では考えられない数値である。このような工事費の決定方法、異常に高い利益率からすれば、工事金の中に土地代等の工事金以外の金額が含まれていると考えるのが妥当である。現に入金した金額のうち、工事原価以外の資金のほとんどはＢに流れている。
(オ) よって、当該工事は、あくまで総額１２０億円の基本契約の中の一部に過ぎず、造成工事完了の上、Ｃ商事が引渡しを受けて初めて完結となり、乙との間の立替金等の精算が終了後に原告の利益が確定する。仮に当該工事を基本契約と切り離し、完成工事とするのであれば、Ｂに渡った資金は工事原価に算入されなければならない。
イ 戊調査官は、平成１０年８月１０日、反面調査のためＣ商事に赴き、Ｋ部長と面会した。Ｋ部長の説明によれば、平成３年１１月ころの当初の計画では、Ｃ商事がＢに用地取得から造成工事の施工までを委託し、駐車場完成後に坪当たり１５万円でＣ商事が買い受ける約束をして、Ｂが全責任をもって当たっていたが、農地転用等に係る行政官庁の許可は、全てＤの駐車場としてのみの許可であったことから、土地の買主も造成工事の発注者もＣ商事となっているとのことであった。
ウ また、本件駐車場については、次の事実が判明した。
(ア) 平成７年１２月２８日付けの、Ｃ商事からＥＪＶに宛てた「大手原駐車場造成工事工事代金支払の延期について（お願い）」と題する書面（乙９）には、当該工事が無事終了したこと、当該工事代金の支払を猶予してもらいたいこと、したがって、本件駐車場は、工事代金支払時までＥＪＶにおいて留置されたい旨の記載があること
(イ) 平成１０年６月２２日付けでＣ商事とＥＪＶとの間で、Ｃ商事がＥＪＶに発注した本件駐車場の造成工事に係る請負代金５６億３４１０万円について、同年６月３０日以降１２回に分割して支払うことなどを内容とする「請負残代金の支払ならびに抵当権設定契約」（乙１６）が締結されていること
(ウ) 本件工事の予定地内には依然として未買収地があるが、平成１０年６月に、本件工事の対象となっている土地の一部について、Ｃ商事が第三者に譲渡する契約が締結され、同月２３日付けで所有権移転登記がされていること
エ なお、Ｃ商事の平成１０年７月１７日付け陳述書（甲１７）には、次のとおりの記述がある。
(ア) Ｃ商事は、本件駐車場の造成工事について、本件契約１により、Ｃ商事がＢ及び原告に対し用地の買収から造成工事まで完了の上、Ｃ商事へ引き渡すことを委託したものである。
(イ) しかし、当該工事は、地権者の間の係争中の境界線の争いなどがあり、数か所の未完成部分がある。Ｃ商事としては、これらの未完成部分の工事完了をもって工事完了との立場であるので、本件駐車場は、完全なものとして引渡しを受けることができる状況にはなく、当該工事は未完成工事である。
(ウ) Ｃ商事の決算においては、資産計上しているが、これは監査法人の指示により行ったものであり、その金額については未確定である。
オ 戊調査官は、平成１０年８月１０日、Ｃ商事に対する反面調査を行い、その際、Ｃ商事とＥＪＶとの本件契約２に係る代金約５６億円について、土地代等の工事金以外の金額が含まれているかどうかにつき質したが、それを認める趣旨の回答は得られなかった。また、工事代金については、「消費税を含めて５４億７０００万円と考えていたが、ＥＪＶがこれに消費税を加えて約５６億円になった。」との説明があった。
カ 戊調査官は、平成１０年８月１９日、ＥＪＶに対する反面調査のため、ＥＪＶの代表であるＥの九州支店に行き、Ｌ課長に面会し、その際、本件工事の完成引渡しについての新たな資料の提示はなかったが、本件指示書（甲１９）の原本を確認した。
また、工事代金について、Ｅからは、ＥＪＶから原告に発注した本件工事の代金約３６億円の中に、工事代金以外の金額が含まれているとの回答はなかった。
そして、平成４年９月２４日付けの請求書（甲８、９）により同月３０日に原告名義の預金口座に振り込まれた合計６億５０００万円の性格については、本件工事の工事代金約３６億円の一部として支払っているとの回答があった。また、その支払の時期が、ＥＪＶと原告の間で注文書（甲７）及び注文請書（乙１４）が取り交わされた時期より前であることについては、平成４年９月２２日付けの本件一括下請承諾書（乙２）があり、本件工事は原告が受注することを事実上合意していたもので、契約がなければ払わないとはいえないとの回答があった。
キ 平成１０年８月２０日及び同月２１日、戊調査官は、原告の事務所へ行き、原告の副社長、Ｊ部長、Ｒ税理士（以下「Ｒ税理士」という。）と面会した。そこで、原告側から、原告が見積もった本件工事の見積価額が１６億８２００万円であること、ＥＪＶから最初に支払われた６億５０００万円がＢに渡り、土地の取得代等に充てられたことなどにつき、資料を示して説明がされたが、本件工事代金に工事金以外の金額が含まれているとの主張について、その工事金以外の金額の内容についての具体的な説明はなかった。なお、前記の見積金額が１６億８２００万円であることについては、この時点において初めて主張されたものであった。
また、前記のとおり支払われた６億５０００万円については、メモ的な計算書（甲１２）も提示されたが、請求書（甲８、９）の記載では、原告がこれを請求して原告の指定口座に送金されており、また、原告の帳簿において、平成４年９月３０日に工事前受金６億５０００万円との記載があり、相手科目には「業者長期貸付金」との記載があった。
ク 戊調査官は、平成１０年８月３１日、再度原告の事務所へ行き、Ｍオーナーと面会した。同人によれば、Ｂの経費は、ＥＪＶから最初に支払われた６億５０００万円と国有地等を取得するために要した１億８０００万円であるとのことであったが、６億５０００万円の使途につき明確な説明はなかった。
ケ(ア) 平成１０年９月１４日、原告のＪ部長は、戊調査官に対し、同人が作成を依頼していた「大手原駐車場請求、入金、Ｂ送金対比表」（甲６）を提示し、全体として６対４になるように調整しながら送金した旨説明したが、その比率の計算の前提が、原告の本件工事に係る原価が実績に関係なく約１２億３０００万円となっており、Ｂの経費の内容は確認できないというものであった。また、これは、平成４年２月２８日にＢがＣ商事から受領した２億円や、原告が別途ＥＪＶから受注した約４億円の関連工事代金が配分の対象となっていない内容のものであった。
(イ) また、Ｊ部長は、Ｂから原告に宛てた次の内容が記載された「証明書」（甲１１）を提示した。
ａ Ｂは、本件駐車場の造成工事に関し、用地買収から近隣対策及び工事に至るまで全てをプロデュースしている。
ｂ 原告がＥＪＶから下請けした代金３６億０４００万０９００円の工事についてその内容も全てプロデュースした。
ｃ ３６億０４００万０９００円は、工事費と用地買収費及びその他対策費用等に充てており、平成４年９月３０日入金の６億５０００万円を始め、総額１９億１７４４万０５３９円を平成１０年９月１４日現在までに預かっているが、土地の買収等に支払ったり、未買収地の取得に充てる予定である。
ｄ したがって、３６億０４００万０９００円のうち１９億１７４４万０５３９円は、原告の工事代金ではなく、Ｂが用地買収費その他の対策費等の目的にするものである。
コ 平成１０年１０月６日、原告の副社長及びＪ部長は、戊調査官に対し、本件契約２の工事代金５６億３４１０万円の中には、工事代金、未買収の土地代、近隣対策費並びにその他工事完成に係る諸経費も含まれていることを認識している旨記載されたＣ商事作成の証明書（甲１０）を提示したが、その際、その代金のうち、原告が受注した工事の代金約３６億円の中に土地代等が含まれている点に関する具体的な説明はなかった。
サ(ア) 平成１０年１０月１４日、原告から佐世保税務署長に対し、次の内容等が記載された「異議申立に関する理由の補足および上申書」と題する書面（以下「本件上申書」という。甲４４）が提出された。
ａ Ｅらから原告へ下請代金名目で送金された３６億０４００万０９００円の送金分のうち、１６億８１７０万３０００円を原告がＢへ送金しているが、この送金分は、ＥらがＣ商事に融資した金であり、原告が取得すべきものではなく、本来ならば、原告からＣ商事に送金し、Ｃ商事が用地取得等の任に当たっていたＢに土地取得等のために渡すことになるが、その手数を省いてＢに直に送ったものである。
ｂ 原告は、Ｅらから本件駐車場予定地全部を一括して下請けして造成し、一括して引き渡す契約をしている。しかし、造成予定地の一部は未買収で、下請工事自体未完了である。
(イ) なお、本件上申書においては、実体として、本件契約１の当事者が原告らＪＶであること、そこでの原告とＢの間の利益配分の割合が４割対６割であることなどの説明、主張はされていない。また、前記(ア)ａの融資金の主張は、この時初めてされたものである。
シ 平成１０年１０月１９日、戊調査官は、丙に面会し、同人から、Ｂが本件駐車場に係る資金を原告から平成４年ころからこれまでに約１９億円受け取っているが、この資金の使途については、進行中の本件駐車場に係る土地買収に悪影響を及ぼすおそれがあるから帳簿等は見せられないとの回答を得た。また、Ｂが当該約１９億円のうちから原告に送金した１億６０００万円余については、利益配分の存在を認めることもなく、「原告も資金が必要だから渡しているだけだ。」との丙の回答であった。
そして、証明書（甲１１）については、同人から、当該１９億円は預かった金ではあるが、全部使ってしまって原告に返す金はない旨の回答がされた。
ス 平成１０年１０月２３日、戊調査官は、Ｃ商事の社長に対し、証明書（甲１０）の内容について、土地代等が含まれているというがそれはいくらかと尋ねたところ、用悪水路等でＣ商事の名義になっているものがあり、この取得資金はＣ商事は負担しておらず、工事費の中から出たという説明を後から聞いたが、そうならそうだろうと思った旨の回答があった。そして、Ｃ商事が平成１０年６月に土地を譲渡した際にＢに１億５０００万円を渡しているがこれが当該土地取得資金ではないかと尋ねたところ、当該１億５０００万円は、Ｂに泣きつかれて渡したものであり、何の支払と決まった金ではないとの同人の回答であった。
その後、戊調査官が調査資料を検討したところ、Ｃ商事は、平成４年２月２８日に２億円及び同年５月１１日に３億円をＢに支払っており、これが用悪水路等の取得資金としてＣ商事の帳簿に記載されていることが判明した。
セ 平成１０年１１月４日、戊調査官は、Ｂの丙と面会したが、丙は、前回調査時に作成した丙に対する質問顛末書に「税務的に利用しない。」と記入して正本を渡せなどと要求するなどして全く調査に応じようとせず、帳簿等の提示を求めることが期待できなかったことから、戊調査官は、それ以上の説得を行わなかった。
(2) 原告らＪＶの存在、利益配分の合意の有無等についての異議審理庁の判断の適否前記２(2)及び前記３(1)の各事実によれば、原告は、異議申立書において、本件契約１の当事者が原告らＪＶであることを主張しているものの、本件上申書においては、そのような主張は見当たらず、むしろ、原告は、本件工事に関する実体について、Ｅらから原告に下請代金名目で送金されたものの一部には、ＥらがＣ商事に融資した金が含まれ、この金は本来原告からＣ商事に送金し、Ｃ商事からＢに渡すべきものである旨主張し、さらに、原告自身がＥＪＶから本件駐車場予定地全部を一括して下請けして造成し、一括して引き渡す契約をしていることを認めている。このような本件上申書における原告の主張は、原告とＢの各自が独立した取引主体であることを前提とした主張であり、本件契約１の当事者が原告らＪＶであったという主張とは矛盾するものといわざるを得ない。
そして、本件異議決定時の段階においても、本件契約１及び本件契約２の関係等についての前記２(3)のとおりの判断を否定できるような新たな資料の存在を認めることはできない。また、本件上申書における融資金等の主張についても、そのような主張に沿うような資料は、ＥＪＶ、Ｃ商事及びＢのいずれにおいても見いだすことができない。
さらに、利益配分の合意に関しては、新たな資料として、「大手原駐車場請求、入金、Ｂ送金対比表」（甲６）、Ｂ作成の証明書（甲１１）及びＣ商事作成の証明書（甲１０）が提出されている。しかしながら、「大手原駐車場請求、入金、Ｂ送金対比表」（甲６）については、Ｂの経費の内容が確認できたわけでもないから、６対４という配分を認めるには十分な資料とはいえず、また、Ｂの丙自身は依然として利益配分の存在は認めておらず、さらには、原告自身、本件上申書において、前記のとおり、原告からＢへの送金分については本来Ｃ商事からＢへ土地取得等のために渡されるべきものであったなど、利益配分という主張とは矛盾する主張をしていたのであって、到底利益配分の合意の存在を認めることができるような状況にはなかったものである。また、Ｂ作成の証明書（甲１１）については、総額１９億１７４４万０５３９円を預かっており、土地の買収等に支払ったり、未買収地の取得に充てる予定とされているが、丙に対する調査によってもその使途が明確にはならず、その約１９億円が債務として確定しているかも不明な状態であったというべきであり、かつ、一旦下請工事代金名目でＥＪＶから原告に送金されたもののうちの一部が原告からＢへ送金されていることについては、前記２(3)のとおり、そもそも原告において建設仮勘定として処理され、立替金的な性格であるなどとの回答がされていたものであって、これを工事原価として認定できる状態にはなかったというべきである。さらに、Ｃ商事作成の証明書（甲１０）については、Ｃ商事の社長の回答によれば、本件契約２の代金中に土地代等が含まれているとのことであるが、それがいくらであるのかについても判然とせず、また、ＥＪＶから原告に支払われた本件工事代金に土地代等が含まれているかどうかも明らかではないというものであり、本件工事代金中の工事原価を算定するための資料とはなり得ないものであったというべきである。
以上の事情を前提とすると、本件異議決定において、本件契約１が原告らＪＶを当事者とするものではなく、原告とＢの間に利益配分に関する合意はなく、前記約３６億円のうちＢへ送金されたものを損金として算入しないなどと判断したことについても、異議審理の調査の性質に照らし、担当職員において、職務上尽くすべき注意義務を尽くさなかったとは到底いえない。
(3) 収益計上時期についての異議審理庁の判断の適否
異議審理の段階において、本件工事が未完成である旨のＣ商事の平成１０年７月１７日付け陳述書（甲１７）が提出されているが、前記２(4)のとおり、異議審理庁は、本件工事進捗状況報告書（乙３）、見積書（乙６）の記載と矛盾するなどしていることから、同陳述書におけるＣ商事の陳述を採用せず、本件工事は完成していると判断したことについても、同様に、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くさなかったということはできない。
(4) 本件異議決定についての結論
よって、本件異議決定をしたことにつき、国家賠償法１条１項の違法があったということはできない。
４ 本件異議決定後の不作為について
(1) 本件異議決定後に判明した事情等
証拠（甲２３ないし２８、３０ないし３４、３７、３８、４７、５４、乙１８、１９）によれば、本件異議決定後に佐世保税務署長に判明した事情等として、前記２
(2) 及び前記３(1)の事実のほか、次の事実が認められる。
ア 原告の審査請求書（甲４６）には、概ね次のような主張がされている。
(ア) 本件契約１により、原告らＪＶが本件駐車場用地を取得し、それを駐車場に造成することを請負い、原告らＪＶ内の利益はＢ６割、原告４割とする口頭での合意がされた。
(イ) Ｃ商事とＥＪＶの間の元請契約及びＥＪＶと原告の間の下請契約は、ＥらからＣ商事への融資を実行するために仮装されたものであり、Ｅから原告の口座に送金された約３６億円は原告の下請工事代金ではなく、融資金である。
(ウ) 本件工事はＥらの下請工事としてされたものではない。
(エ) 仮に本件工事を下請工事とみるとしても、これは原告のみに対してされたものではなく、原告らＪＶが下請けしたものである。
(オ) 本件工事だけを本件契約１から切り離して完成の有無を論じるべきではなく、また仮に本件工事だけを切り離して考えるとしても本件工事は完成しておらず、課税時期は到来していない。
イ 原告は、平成１０年１２月３日に審査請求書を提出した後、平成１１年３月２９日、佐世保税務署長に対し、本件精算書２及び同３並びに次の内容等が記載された添付書類等と共に本件各処分の取消しを求める旨の上申書（甲４７）を提出した。
(ア) 本件精算書１
Ｂ及び原告は、Ｃ商事に平成１０年６月２０日をもって、本件駐車場用地の買収業務及び造成工事の完了を報告し、用地の引渡しを次のとおり行い、平成１１年３月９日に原告、Ｂ及びＣ商事の３者間で次のとおり精算を行った。
ａ
引渡面積 ２５万１７６１．２８平方メートル
引渡価額
７万６１５７．７８坪×１５万円＝１１４億２３６６万７０００円
ｂ
Ｂ管理地 １２０８．３５平方メートル（３６５．５２坪）
３６５．５２坪×１５万円＝５４８２万８０００円
ｃ
精算総額（ａ－ｂ）
１１３億６８８３万９０００円
ｄ
Ｃ商事既払金等
(a)
Ｃ商事既払金
９９億９４９８万７１８８円
(b)
Ｃ商事別途支払済金
１億５０００万円
(c)
Ｃ商事諸経費
５０６９万８３７５円
（合計）
１０１億９５６８万５５６３円
ｅ
Ｃ商事未払金（ｃ－ｄ）
１１億７３１５万３４３７円
(イ) 平成１１年３月９日付け「債権・債務の確定証書」（債権者Ｂ及び原告並びに債務者Ｃ商事の作成）
Ｂ及び原告は、Ｃ商事に、平成１０年６月２０日付けをもって、本件駐車場を引き渡した。そして、残代金が１１億７３１５万３４３７円であることを確認する。
ウ なお、前記イの時点で、かように本件駐車場が平成１０年６月２０日にＣ商事に引き渡された趣旨については、本件異議決定前の税務調査における戊調査官らに対しては主張されていなかった。
エ 佐世保税務署長は、前記ア以外の資料として審査期間中までに、Ｊ部長作成の陳述書（甲２０）、原告の総勘定元帳（甲２８、３０）、「大手原駐車場引渡精算書」（甲２３）、債権・債務の確定書（甲２４）、公正証書（甲２５）、精算書２通（甲２６、２７）、Ｊ部長作成のメモ（甲３１）、法人税確定申告書及びその添付書類（甲３２ないし３４、３７、３８）を入手している。
(2) 原告の不作為の適否
前記(1)アの主張については、本件上申書と矛盾する内容のものであり（本件上申書においては、原告は、Ｅらから本件駐車場予定地全部を一括して下請けして造成し、一括して引き渡す契約をしている旨明言している。）、前記(1)イに記載の精算書等は、いずれも本件異議決定後作成されたものであって、直ちに本件契約１の当初からそのような利益配分の合意があったことを示すものとしてこれを信用することができるかどうかについてはなお疑問があるというべきであって、本件指示書や見積書（乙６）等の資料や、ＥＪＶらに対する調査結果からも認めることができない事情である。
また、完成、引渡しの時期についても、前記(1)イにより引渡しの時期とされている平成１０年６月２０日は、本件異議決定前の日であるが、同日に引渡しがあったなどという主張は、原告を含めた関係者のいずれからもなかったものである。
そうすると、このような経緯を前提とした上で、佐世保税務署長において、前記審査請求書の提出を知り、前期(1)イ等の書類の存在を知ったとしても、直ちにそれを信用せずに再更正の措置等を採らなかったことについては、むしろ、この段階においてかかる作為義務を想定することはできないというべきであるから、そのような税務署長の不作為が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くさなかったもので国家賠償法１条１項にいう違法があったということはできない。
５ 結論
以上のとおりであって、本件各処分、本件異議決定及びその後の不作為につき、いずれの段階においても国家賠償法１条１項にいう違法があったということはできないのであり、その余の点を判断するまでもなく、原告の請求は理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官 岩木宰 裁判官 坂本三郎 裁判官 秋本昌彦）