高知地方裁判所 平成１４年（行ウ）１８号 判決 2004年3月26日
原告 有限会社Ａ
同代表者代表取締役 甲
被告 高知税務署長
蔵本輔典
同指定代理人 片野正樹
同 藤本義文
同 富﨑能史
同 田尾照明
同 宇都宮浩
同 浜田幸秀
同 阿部幸恵
同 中川義信
同 鈴木久市
同 友澤哲郎
同 倉本幸芳
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告が原告の平成１１年３月１日から平成１２年２月２９日までの事業年度の法人税について平成１３年１２月２５日付けでした更正及び加算税賦課決定（知法（法）第６４１号）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、被告の更正及び加算税賦課決定が違法であるとして、その取消しを求めた事案である。
１ 争いのない事実
(1) 本件訴訟に至るまでの経緯
① 原告は、高知市に本店を置く冷凍設備設置工事業等を目的とする資本金５００万円の同族会社である。
② 原告は、平成１０年１０月１３日、Ｂ公社（以下「公社」という。）との間で、原告が、公社に対し、高知県が事業主体となっている県道高知北環状線道路改良事業の用地として、原告所有の高知市高須新町の各土地（以下「本件各土地」という。）を土地代金７２０４万５５７２円で譲渡し、公社が、原告に対し、土地代金の他に動産移転料４万８１８４円及び残地補償金２２５万６７５０円を加えて合計金７４３５万０５０６円を支払うことなどを内容とする契約を締結した。
③ア 原告は、同月２０日、原告、国（四国地方建設局）及び株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）の三者間において、原告が、国に対し、建設省四国地方建設局が事業主体となっている一般国道５５号高知南国道路工事事業の用地として、原告所有の高知市高須新町に所在の土地及び同土地上の建物ほか（以下「本件各物件」という。なお、本件各土地と本件各物件を併せて「本件物件」という。）を土地代金１億０８９６万２２１６円で譲渡し、国が、原告に対し、土地代金の他に建物移転料４６３６万２０００円、工作物移転料５３３万０３６０円、動産移転料６８万８３８０円、移転雑費補償金３５４万７３９０円、立竹木補償金４３４７円及び営業補償金５７７万５２２７円を加えた合計１億７０６６万９９２０円を支払うとともに、原告が、そのうちの１億０８００万円で、Ｃから国を介して、本件各土地の代替地（高知市若松町の土地ほか１筆のＣ持分３５分の２７）を取得するとの契約を締結した。当該代替地取得代金には、前記②の譲渡代金等の一部が充てられた。
イ 原告は、同月、原告、公社及びＣの三者間において、Ｃから公社を介して、３２００万円で本件各土地の代替地（前記アの高知市若松町の土地ほか１筆のその余のＣ持分３５分の８）を取得し、当該取得代金には前記②の譲渡代金等の一部を充てるとの契約を締結した。
ウ 上記各代替地については、同月２２日、いずれも原告名義の所有権移転登記が経由された。
④ 原告は、同月２８日、本件各物件の譲渡代金等の一部として四国地方建設局から１１００万円の支払を受けた。
⑤ 原告は、同年１２月１０日、原告、公社及び乙の三者間において、５６２万６８０２円で代替地（高知市若松町の土地・宅地３３．８２平方メートル）を取得し、当該取得代金は前記②の譲渡代金等の一部を充てるとの契約を締結した。
なお、同土地は、同日、原告名義の所有権移転登記が経由された。
⑥ 原告は、平成１１年１０月６日、本件各物件の譲渡代金等の残金として四国地方建設局から５１６６万９９２０円の支払を受けた。
⑦ 原告は、平成１２年３月１日、本件各土地の譲渡代金等の残金として公社から３６７２万３７０４円の支払を受けた。
⑧ 原告は、同年５月８日、被告に対し、平成１１年３月１日から平成１２年２月２９日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）及び平成１１年３月１日から平成１２年２月２９日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税及び地方消費税の確定申告書を提出した。
⑨ 本件確定申告書に添付されている「収用換地等に伴い取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書（甲２０のうち、「当初提出分（平成１２年５月８日提出分）」と付記されているもの）には、以下の記載がされていたが、特別勘定に経理した場合の所定欄への記載はなかった。
ア 収用換地等による譲渡年月日は平成１１年９月２８日
イ 譲渡資産の種類は土地及び建物
ウ 譲渡資産の収用換地等のあった部分の帳簿価額は１０３３万５８６７円
エ 取得した補償金等の額は１億９７２９万６７２２円
オ 譲渡経費の額は８８万５７１５円
カ 代替資産の帳簿価額を減額し、若しくは引当金又は積立金に経理した金額は１億６６８５万４２９８円
キ 圧縮限度額は１億６６８５万４９４２円
また、本件確定申告書添付の損益計算書には、「特別損益の部」の「特別損失」に「圧縮損」として１億６６８５万４２９８円と記載されていた。
⑩ 被告は、平成１２年１０月２７日付けで、本件確定申告は期限後申告であるとして、無申告加算税の額を１８万７０００円とする無申告加算税の賦課決定処分を行った。
また、同日付けで、本件課税期間の消費税及び地方消費税の確定申告についても期限後申告であるとして、無申告加算税の額を７万７５００円とする無申告加算税の賦課決定処分を行った。
⑪ 原告は、平成１３年４月２３日、被告に対し、本件確定申告書添付の別表記入ミスによる所得金額の訂正を内容とする更正の請求（以下「本件更正請求」という。）を行った。
⑫ 被告は、同年７月１９日付けで、本件更正請求については更正すべき理由がない旨の通知（以下「本件通知処分」という。）を行った。
⑬ 原告は、本件通知処分を不服として、同月２３日、被告に対し、本件通知処分の取消しを求める異議申立てを行ったが、被告は、同年１０月５日、同異議申立てを棄却する旨の決定を行った。
⑭ 原告は、上記決定を不服として、同月１１日、国税不服審判所長に対し、審査請求を行ったが、同所長は、同年１２月７日、同審査請求を棄却する旨の裁決を行った。
なお、本件通知処分及びその後の不服申立ての経過は、別紙課税等経過表１のとおりである。
⑮ 被告は、平成１３年１２月２５日付けで、本件事業年度の法人税について、主として、収用による資産譲渡益の計上漏れを理由として、所得金額を５５９９万０９５６円、差引納付すべき税額を１５６６万２４００円、無申告加算税の額を２３４万９０００円とする法人税の更正処分及び無申告加算税の賦課決定処分（以下「本件更正処分等」という。）を行った（なお、本件訴訟では、本件更正処分等の違法性が審理対象となっている。）。
また、被告は、同日付けで、本件課税期間において、収用による資産譲渡益のうち、建物移転料及び工作物移転料等を課税売上に計上していたとして、課税標準額を６８５４万２０００円、控除対象仕入税額を１９２万３０８８円、差引減少する税額（消費税及び地方消費税）を９８万４２００円、減少する無申告加算税の額を４万９０００円とする消費税及び地方消費税の更正処分並びに無申告加算税の賦課決定処分を行った。
⑯ 原告は、平成１４年１月８日、本件更正処分等を不服として、国税通則法（以下「通則法」という）７５条４項１号に基づき、国税不服審判所長に対し、審査請求を行った。
⑰ 被告は、同年３月２６日付けで、本件更正処分等について所得金額の計算に誤りがあったため、所得金額を５３５３万０４８７円、差引減少する税額を９０万６２００円、減少する無申告加算税の額を１３万６５００円とする法人税の再更正処分及び無申告加算税の再賦課決定処分（以下「本件減額再更正処分等」という。）を行った。
⑱ 国税不服審判所長は、同年８月３０日付けで、本件更正処分等（本件減額再更正処分等後のもの）につき、前記⑯に係る原告の審査請求を棄却するとの裁決を行った。
なお、本件更正処分等及びその不服申立ての経過は、別紙課税等経過表２のとおりである。
(2) 本件物件の所有権移転状況等
① 所有権移転状況
ア 高知市高須新町Ｄの土地
ⅰ 同土地Ｄは、同所Ｄ１及び同所Ｄ２の各土地に分筆された。
ⅱ 同所Ｄ１の土地は、平成１０年１０月２０日売買を原因として同年１１月１１日に建設省へ所有権移転登記がされた。
ⅲ 同所Ｄ２の土地は、同年１０月１３日売買を原因として同年１１月６日に公社へ所有権移転登記がされた。
イ 同所Ｅの土地
ⅰ 同土地は、同所Ｅ１及び同所Ｅ２の各土地に分筆された。
ⅱ 同所Ｅ１の土地は、平成１０年１０月２０日売買を原因として同年１１月１１日に建設省へ所有権移転登記がされた。
ⅲ 同所Ｅ２の土地は、同年１０月１３日売買を原因として同年１１月６日に公社へ所有権移転登記がされた。
ウ 同所Ｆの土地
ⅰ 同土地は、同所Ｆ１及び同所Ｆ３の各土地に分筆された。
ⅱ 同所Ｆ３の土地は、平成１０年１０月１３日売買を原因として同年１１月６日に公社へ所有権移転登記がされた。
② 本件物件の買取り、契約成立日
高知市高須新町Ｄ１及びＥ１の各土地については、建設省から平成１０年９月１０日に買取等の申出がされ、同年１０月２０日に買取り及び土地売買契約の締結が行われ、同所Ｅの土地上の建物についても移転料等が支払われた。
また、高知市高須新町Ｄ２、同所Ｅ２及び同所Ｆ３の各土地については、公社から平成１０年９月１０日に買取等の申出がされ、同年１０月１３日に買取り及び土地売買契約の締結が行われ、併せて動産移転料及び残地補償が支払われた。
(3) 被告の本件更正処分等の根拠
① 所得金額の計算について
ア 本件確定申告における所得金額
原告は、被告に対し、平成１２年５月８日、所得金額を１５５１万７９９３円とする本件確定申告書を提出した。
イ 資産譲渡益計上漏れとして収益に計上すべき金額
ⅰ 本件物件の譲渡に係る収益に計上すべき金額
被告は、本件物件が本件事業年度中に引渡が行われているため、平成１２年３月１日に公社から支払を受けた本件各土地の譲渡代金等の残金３６７２万３７０４円（以下「本件留保金」という。）は、本件事業年度の収益に計上すべき金額であると認定した（なお、原告は、後記争点(1)のとおり、この点を争っている。法令の適用について後記争点(2)参照。）。
また、原告は、平成１１年１０月６日に四国地方建設局から支払を受けた本件各物件の譲渡代金等の残金５１６６万９９２０円は消費税の課税取引であるとして、上記金額のうち４９２０万９４４８円を収益に計上し、差額の２４６万０４７２円を仮受消費税として経理処理していたが、被告は、以下のような根拠に基づいて、原告が仮受消費税として経理処理していた２４６万０４７２円については、本件事業年度における原告の収益に計上すべき金額であると認定した。
すなわち、消費税法基本通達５－２－１０は、「令（注：消費税法施行令）第２条第２項《資産の譲渡等の範囲》に規定する「補償金」とは、同項の規定により譲渡があったものとみなされる収用の目的となった所有権その他の権利の対価たる補償金（中略）をいうのであり、当該補償金の収受により権利者の権利が消滅し、かつ、当該権利を取得する者から支払われるものに限られるから、次に掲げる補償金は、対価補償金に該当しないことに留意する。」と規定し、対価補償金に該当しないものとして、いわゆる収益補償金、経費補償金、移転補償金及びその他対価補償金たる実質を有しない補償金を掲げている。消費税の課税対象は、主として、事業者が国内において行う資産の譲渡等であり（消費税法４条１項）、資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡、資産の貸付け及び役務の提供をいうから（同法２条１項８号、同条２項、４条１項）、「補償金」が消費税の課税の対象となるのは、それが資産の譲渡等に関し対価としての性格を帯びる場合のみである。それゆえ、上記通達は、対価としての性格を有する補償金のみを課税の対象とするとの理を確認的に規定したものにすぎない。
ところで、「公共事業用資産の買取り等の証明書」（乙１９）によれば、原告が四国地方建設局から支払を受けた補償金等の内訳は、土地代金とその他の建物移転料等に大別できるところ、土地代金は、消費税法６条１項、同法別表第１の１号所定の非課税取引に該当し、その他の建物移転料等は、消費税の課税対象となる対価補償金ではないから、不課税取引に該当するのであって、いずれにせよ消費税法４条１項所定の課税の対象にはならない。
よって、原告が仮受消費税として経理処理していた２４６万０４７２円は、本件事業年度における原告の収益に計上すべき金額となる。
そして、その結果、被告は、本件物件の譲渡に係る収益として計上すべき金額は、四国地方建設局及び公社から受領した譲渡代金等の総額である２億４５０２万０４２６円となると認定した。
ⅱ 本件物件の帳簿価額の合計額
原告の平成１０年３月１日から平成１１年２月２８日までの事業年度（以下「平成１１年２月期の事業年度」という。）の法人税の確定申告書に添付されていた「固定資産（土地、土地の上に存する権利及び建物に限る。）の内訳書」（乙２８）及び「定率法による減価償却資産の償却額の計算に関する明細書」（乙２９）によれば、国及び公社に譲渡された本件物件の収用等の直前の帳簿価額は、高知市高須新町Ｅ及びＤの土地は５３７万５５００円、同所に存する建物は１６２万８８５２円、同所に存する構築物は３７万６５５５円である。
これに対し、同町Ｆ１の土地は、収用の対象となったのがその一部（Ｆ３に分筆された。）であることから、収用された土地部分に対応する収用の直前の帳簿価額が算定されなければならないところ、このような場合の帳簿価額の算定方法について、租税特別措置法関係通達６４(2)－１０は、「法人の有する土地等の一部について収用等があった場合において、土地収用法第７４条の規定によりその残地の損失について補償金の交付を受けたときは、当該補償金を当該収用等のあった日を含む事業年度の当該収用等をされた部分の土地等の対価補償金とみなして取り扱うことができる。この場合において、当該収用等をされた部分の土地等の収用等の直前の帳簿価額は、次の算式により計算した金額による。file_2.jpgKUASOEAID IAS sae RAFORMO AERO | Beto ma ROR Cais WLR OD LAT OD 4K HO」と規定している。
そうすると、上記高知市高須新町Ｆ１の土地の収用等の直前の帳簿価額は６２３万円、当該土地の面積は８０．９９平方メートル、買取面積は３０．８３平方メートル、残地面積は５０．１６平方メートル（８０．９９㎡－３０．８３㎡）当該土地の１平方メートル当たりの買取価額は２３万８５００円（７３５万２９５５円<買取価額>÷３０．８３㎡<買取面積>）、残地補償金は２２５万６７５０円であるから、収用等の直前の当該土地の価額は、file_3.jpgCh) OFM CHRO mB) 2358500AM x 80. 99m=1931561154となり、収用等された後の残地価額は、file_4.jpg(Lak OFA = (BEAD TRIB) ste a tae) 2358500K X 50. 16n—-22556750M =97056410Mとなる。
したがって、前記租税特別措置法関係通達６４(2)－１０所定の計算式により、当該土地のうち収用された土地部分に対応する収用の直前の帳簿価額を算出すると、file_5.jpg6235Ax 193156115A—- (97056410) =30959405 193146115 oD: Aとなる。
そして、同金額と他の譲渡資産の帳簿価額を合計すると、１０４８万０３１２円となる。
ⅲ 資産譲渡益の額
前記ⅰの本件物件の譲渡に係る収益に計上すべき金額から、前記ⅱの本件物件の帳簿価額の合計額を控除すると、資産譲渡益の額は２億３４５４万０１１４円となる。
ⅳ 資産譲渡益の計上漏れ額
被告は、上記ⅲの金額と、原告が本件確定申告において計上していた資産譲渡益の額１億９５１２万３８２８円との差額３９４１万６２８６円が資産譲渡益の計上漏れ額となると判断した。
ウ 仮払税金認容額計上漏れ額
原告は、平成１１年２月期の事業年度において仮払経理した県民税の中間納付額９１００円を本件事業年度において損金経理していたが、県民税は損金の額に参入することはできない。
エ 未収還付消費税等の額
前記イⅰのとおり、原告が平成１１年１０月６日に四国地方建設局から支払を受けた５１６６万９９２０円は消費税法４条１項所定の課税の対象に該当しないことから、改めて消費税等の額を再計算すると、９８万４２００円の還付税額が生じることになる。当該金額は未収還付消費税等として益金の額に算入されることとなる。
オ 繰越欠損金の当期控除額の過大額
原告は、平成１１年２月期の事業年度の法人税について更正処分を受けているところ、同処分により、本件事業年度に繰り越される欠損金が７万２４８０円減少することになったため、当該金額を所得金額に加算した。
カ 法人税等の中間納付額の還付額の減算
原告は、平成１１年２月期の事業年度に仮払経理により納付した県民税９１００円を本件事業年度において還付され、雑収入として計上していたので、所得金額から減算した。
キ 仮受消費税の過大計上
原告は、前記イⅰのとおり、平成１１年１０月６日に、本件各物件の譲渡代金等の残金として四国地方建設局から支払を受けた５１６６万９９２０円を、消費税法上の課税取引であるとして、上記金額のうち２４６万０４７２円を仮受消費税として経理処理していたが、当該取引は課税取引に該当せず、それゆえ、仮受消費税が過大に計上されていたことになるから、当該金額は所得金額から減算する必要がある。
なお、平成１３年１２月２５日付けの法人税の更正処分においては、上記仮受消費税の過大計上分が減算されていなかったため、当該金額を減算した上で、本件減額再更正処分等が行われた。
ク 所得金額
被告は、前記アの金額に、イのⅳ、ウないしオの各金額を加算し、そこから前記カ及びキの金額を減算した５３５３万０４８７円が原告の本件事業年度における所得金額になるものと認定した（なお、この金額は、本件減額再更正処分等において、被告が認定した所得金額である。）。
② 法人税額の計算について
被告は、以下のような根拠に基づいて、法人税額を算定した。
すなわち、前記①クの所得金額５３５３万０４８７円について、通則法１１８条１項に従い１０００円未満の端数金額を切り捨てると５３５３万円となり、その金額をもとに法人税法６６条１項の規定に従い、法人税額を算定すると１７７０万７８５０円となる。
原告は、法人税法６７条１項の「内国法人である同族会社」に該当するところ、同項の規定に従えば、当該事業年度の留保金額が留保控除金額を超える場合には、その超える金額について同項に規定された税率を乗じて計算した金額（同族会社の留保金額に対する税額）を法人税額に加算した金額が、当該事業年度の所得に対する法人税の額となるから、原告の本件事業年度における留保金額は、同条２項により３９０５万３０８９円と算定され、留保控除額は、同条３項により２１２６万６４５９円と算定される。
そこで、同条１項に規定された税率を乗じる金額は、留保金額３９０５万３０８９円から留保控除額２１２６万６４５９円を差し引き、通則法１１８条１項の規定に従い、１０００円未満の端数金額を切り捨てた１７７８万６０００円となる。同金額は、同条１項１号所定の「年三千万円以下の金額」に該当するから、当該金額に乗ずる割合は「百分の十」となるので留保金額に対する税額は、１７７万８６００円となる。
そして、上記の法人税額１７７０万７８５０円に留保金額に対する税額１７７万８６００円を加算すると１９４８万６４５０円となるところ、この金額から、確定申告における控除所得税額等９８万６７１４円を差し引き、通則法１１９条１項に従い１００円未満の端数を切り捨てると、法人税額は１８４９万９７００円となる。
③ 法人税に係る無申告加算税の計算について
通則法６６条１項２号は、期限後申告書の提出があった後に更正があった場合には、当該納税者に対し、その納付すべき税額に１００分の１５の割合を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税を課すると規定している。
そのため、被告は、原告が納付すべき税額は、前記②の税額１８４９万９７００円から本件確定申告書において納付した税額３７４万３５００円を控除した１４７５万６２００円が原告の納付すべき税額となり、同法１１８条３項の規定に従い１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額は１４７５万円となるから、同法６６条１項所定の割合による無申告加算税は２２１万２５００円となるものとした（なお、この金額は、本件減額再更正処分等において、被告が認定した無申告加算税の額と同額である。）。
２ 争点
(1) 本件留保金は、本件事業年度の収益に計上すべきものであるかどうか。
（原告の主張）
① 商品取引においては収入すべきことが確定した時期にその金額で収益計上するという「発生主義」の概念は当然であるが、不動産取引においては金銭収受をもって収益を計上する方法が社会通念であるので、あえて弾力的に権利確定時（売買契約時）を選択すれば収益計上を可として収用等のあった日と解釈することを認めたものである。
② 本件各土地の引渡は平成１０年１０月１３日であり、原告は、本件留保金を平成１２年３月１日に受け取ってその金員で移転（買替）事業を続行し、平成１３年８月３１日にこれを完了した。したがって、収益を計上すべき時期の基準は、平成１０年１０月１３日又は移転事業の完了した平成１３年８月３１日であり、その選択権は納税者にある。原告は、後者を選択した。
③ しかるに、被告は原告に上記のいずれかの時期に収益を計上する選択権があることを無視しているのであり、本件更正処分等は違法である。
（被告の主張）
① 法人の収益及び費用等の計上時期については、実現主義にいう収益が実現したときに収入すべき権利が確定したとみられるとの理解に立って、権利確定主義の原則に従って収益を計上することが一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合する。
② 「収用等のあった日」（平成１３年法律第７号による改正前の租税特別措置法６４条の２第１項。以下、同法を「措置法」という。）とは、収用等により譲渡した資産に係る収益の計上時期を意味するものであり、固定資産の譲渡による収益の帰属時期については、法人税基本通達２－１－１４によって引渡基準又は契約基準のいずれによることも認められているところ、原告は、本件物件について、本件物件の代金及び補償金のうち仮受消費税として経理処理していた２４６万０４７２円及び平成１２年３月１日に公社から受領した３６７２万３７０４円を除く部分を、契約の効力発生日を含む平成１１年２月期の事業年度ではなく、譲渡資産の引渡日（本件各物件の引渡日は平成１１年９月２４日であり、本件各土地の引渡日は平成１２年２月２２日である。）を含む本件事業年度において資産譲渡益を計上している。
そうすると、原告は、収益の計上時期について、引渡基準を採っているものと認められるから、本件物件の「収用等のあった日」は、本件物件の上記引渡日となり、いずれも本件事業年度中に収用等があったとされることから、本件物件の譲渡に係る収益は、本件事業年度において計上すべきものである。
(2) 原告の本件事業年度の所得金額算定において措置法６４条の２の適用があるかどうか。
（原告の主張）
① 本件物件の「収用等のあった日」は平成１２年３月１日であり、代替資産の買替猶予期間の終期はその２年後の平成１４年２月２８日となるところ、原告は、買替猶予期間内の平成１３年３月１日から平成１４年２月２８日までの事業年度（以下「平成１４年２月期の事業年度」という。）において代替地を取得し、移転事業を完了したのであるから、その譲渡益は、平成１４年２月期の事業年度において税金の計算がなされるべきである。
② 原告は、道路用地として公社及び国に資産を売却し、本件事業年度における代替資産の取得分については、各物件毎に記帳し、法の定めるとおり、各物件毎に圧縮記帳を行った。本件事業年度に受け取った補償金に残金が生じ、そのうちの収益補償金分については、本件事業年度に計上しなければならないと考えていたが、誤って経費を計上できないまま残金全部を益金に計上してしまった。
③ 原告が措置法６４条の２に規定された経理をしていなかったのは事実であるが、これは、収用法に日常性がなく、不慣れによる単純な間違いから、受け取った金の一部を「特別勘定」と記帳すべきところを日常的な科目の「前受金」と記帳したことによるものである。しかし、その意図するところが２年間の猶予期間内での原価記帳による経理であることは本件確定申告書自体から明らかであり、本件の本質は原告の善意の過納税である。被告は、仮に原告が過少申告した場合には修正申告を指導するのに、原告が誤って過大申告した場合にはその修正を許さないとするのは納税者に対して公平でない。
④ 原告は、留保金契約によりその都度補償金を受け取っていた。原告は、圧縮記帳における代替地取得の有効期間である土地の引渡日から２年以内の平成１３年６月５日に代替地を購入し、圧縮記帳の処理を有効期間に終了して法の趣旨は遵守したが、初めてのことでもあって特別勘定が理解できずに間違って前受金勘定としたものであり、定められたとおり圧縮記帳の計算は行い、事実上の特別勘定の経理をしていた。公共事業の促進の趣旨から、公社と留保金契約を結び公社を通じ代替資産を所得すると、税金が軽減される特典があるので、原告はその制度を利用したものであり、原告の意図は被告にとっても明白であって、事実上の特別勘定の経理が行われている以上、被告は、原告の経理を特別勘定の経理として扱うべきである。
（被告の主張）
措置法６４条の２第１項は、法人の有する資産が収用等に伴い消滅した場合における収用等に係る資産の譲渡所得の認定に関して課税の特例を認めるものであり、同条の規定の適用を受けるためには、当該収用等のあった事業年度の確定した決算において、補償金等のうち代替資産の取得に充てようとするものの額に差益割合を乗じて計算した金額を特別勘定として経理することが要件となっている。
このように、措置法６４条の２は、当該特例措置の適用を受けるか否かを納税者に委ねているが、原告は、本件事業年度の確定した決算において所定の経理をしていないのであるから、本件事業年度において同条の規定により特別勘定で経理できる金員があったとしても、同条に規定する適用要件を具備していない以上、当該特例措置の適用を受けることはできない。
なお、原告は、本件各土地の「収用等のあった日」は平成１２年３月１日であり、代替資産の買替猶予期間の終期は平成１４年２月２８日であると主張するが、争点(1)の（被告の主張）②のとおり、本件各土地の「収用等のあった日」は平成１２年２月２２日であり、措置法６４条の２に規定するいわゆる代替資産の買替猶予期間は、同年３月１日から平成１４年２月２１日までとなる。
よって、措置法６４条の２に係る原告の主張は失当である。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)について
原告は、本件物件の譲渡益の計上時期について、譲渡資産の引渡日（原告の主張によれば平成１０年１０月１３日。ただし、被告の主張によれば本件各物件については平成１１年９月２４日、本件各土地については平成１２年２月２２日である。）を基準とせず、本件留保金（最終残金）を受け取り、移転事業を完了した平成１３年８月３１日を基準とすべきであると主張する。
しかし、法人に係る収益及び費用等の帰属時期について、法人税法２２条４項は、「第二項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする。」と規定しているところ、最高裁判所平成５年１１月２５日第１小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁は、法人税における収益の帰属時期について、「ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきであり、これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入すべき権利が確定したときの属する年度の益金に計上すべきものと考えられる。」と判示しており、実現主義にいう収益が実現した時に収入すべき権利が確定したとみられるとの理解に立って、権利確定主義の原則に従って収益を計上することが一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合するものであることを明らかにしている。なお、権利確定主義とは、一般に、収益の計上時期について、現実に金員の収入のあった時期に収益計上するという会計学上の「現金主義」の考え方によるのではなく、収入すべきことが確定した時期にその金額で収益計上するという「発生主義」の意味であり、収益発生の認識基準としての「実現主義」の概念に対応するものと理解されている。
この点、原告の収益の計上時期に関する主張は、現金主義の考え方によるものと解されるのであって、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合したものとは認められない。
また、原告は、本件各土地の「収用等のあった日」は本件留保金を受け取った平成１２年３月１日であり、買替猶予期間内である平成１４年２月２８日までに代替地を取得し、移転事業を完了したのであるから、その譲渡益は、平成１４年２月期の事業年度において税金の計算がなされるべきであると主張する。
しかしながら、「収用等のあった日」とは、収用等により譲渡した資産に係る収益の計上時期を意味するものであり、固定資産の譲渡による収益の帰属時期については、法人税基本通達２－１－１４によって、引渡基準又は契約基準のいずれによることも認められているところ、証拠（乙２０、２１）及び弁論の全趣旨によれば、原告は、本件物件の代金及び補償金（ただし、仮受消費税として経理処理していた２４６万０４７２円及び平成１２年３月１日に公社から受領した３６７２万３７０４円を除いたもの。）を、原告が譲渡資産の引渡日（契約の効力発生日）と主張する平成１０年１０月１３日に対応する平成１１年２月期の事業年度にはこれを計上しておらず、本件各物件の引渡日と認められる平成１１年９月２４日及び本件各土地の引渡日と認められる平成１２年２月２２日を含む本件事業年度において資産譲渡益を計上していることが認められる。そうすると、原告は、収益の計上時期について引渡基準を採っているものといわざるを得ないから、本件物件の「収用等のあった日」は、本件物件の引渡日（本件各物件の引渡日が平成１１年９月２４日、本件各土地の引渡日が平成１２年２月２２日であることは前記のとおりである。）となり、いずれも本件事業年度中に収用等があったとされることから、本件物件の譲渡に係る収益は、本件事業年度において計上すべきものといわざるを得ない。
よって、本件物件の譲渡に係る収益の一部である本件留保金は、本件事業年度において計上すべき金額になるというべきである。
２ 争点(2)について
(1) 措置法６４条の２第１項は、法人の有する資産が収用等に伴い消滅した場合において、法人が収用等のあった日を含む事業年度終了の日の翌日から収用等のあった日以後２年を経過する日までの期間内に補償金、対価又は清算金の額の全部又は一部に相当する金額をもって代替資産の取得をする見込みであるときは、当該収用等のあった日を含む事業年度の確定した決算において当該補償金、対価又は清算金の額で当該代替資産の取得に充てようとするものの額に差益割合を乗じて計算した金額を特別勘定として経理したときに限り、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨定めており、同条９項は、同条７、８項の規定によりその後に代替資産を取得した場合についても、代替資産を取得した日を含む事業年度の所得の計算上、その代替資産の取得に充てた補償金等の額に差益割合を乗じて計算した金額を取り崩して益金の額に算入する旨を定めている。
すなわち、代替資産の取得に係る代替資産の譲渡益に関するこれらの規定の趣旨は、法人税法上、法人の有する資産の取得が土地収用法その他の法律の規定に基づいて買い取られた場合は、それが強制的なものであるとはいえ、資産の譲渡に変わりはなく、収用等により譲渡した資産に係る補償金等と帳簿価額の差額は、資産損益として課税の対象となるところ、このような強制的な譲渡に伴って生じた譲渡益の額に対し、常に課税することになれば、その譲渡が法人の自由な意思に反するものであることに加え、課税により企業経営維持のための再投資（代替資産の取得）が阻害される結果をもたらす場合があるとの見地から、その譲渡益に対する課税の延期のための例外的措置をもうけたものであって、これらの特例措置を利用して申告するか否かの選択は、その事業年度の決算を確定させる当該法人の自由な意思に委ねられている。したがって、当該法人が同条に係る特例措置の適用を受けるためには、当該収用等のあった事業年度の確定した決算において、補償金等のうち代替資産の取得に充てようとするものの額に差益割合を乗じて計算した金額を特別勘定として経理処理した上、確定申告上、その特例措置の利用を明らかにすることを要するものというべきである。
本件確定申告についてみるに、原告は、本件事業年度の確定した決算において、前記の措置法６４条の２の規定により特別勘定で経理できる金員を特別勘定として経理処理していないから、本件事業年度において特別勘定で経理できる金員があったとしても、上記の規定の要件を具備していないことになり、同項に係る特例措置の適用を受けることはできないというべきである。
(2) ところで、原告が公社と留保金契約を結び公社を通じて代替資産を取得した場合の税金軽減措置を利用するために特別勘定の経理を行う意図であることは被告にとっても明白であったから、被告は、本件確定申告において特別勘定の経理が行われたものとして取り扱うべきであると主張する。
① しかしながら、租税法律関係においては、確定申告によって客観的に表示されたところに基づいてその後の法律関係が画一的に形成されることが要請されているところ、本件確定申告書の客観的な記載自体から、原告が措置法６４条の２第１項を利用することを明らかにしていたとみることはできない。
② また、例えば、銀行等から融資を受ける必要がある場合に、法人税の課税所得をマイナスにしないため、資産譲渡益をそのまま計上して圧縮記帳を行わないこともあり得るし（納税者による経営判断）、資産譲渡益の生じた当該事業年度における法人の課税所得が資産譲渡益を含めてもマイナスとなる場合又は納税額が少額となるような場合に、取得する代替資産を将来的に第三者に売却することを予定しているときには、当該事業年度の利益を圧縮することなく、将来売却した場合の当該代替資産の資産価額（原価）を圧縮記帳を行わない購入価額としておくことによって、売却が行われた当該事業年度における利益金額を少なく計上することもないわけではない（納税額の多寡の見積もりによる納税者の選択）。すなわち、納税者が、その経営判断や納税額の多寡の見積もりによって、代替資産を取得した場合であっても、圧縮記帳をすることなく購入額（収用額）をもって資産勘定を構成したり、あるいは、資産譲渡益の圧縮限度内の一部のみを圧縮記帳して申告することもある。
そうすると、原告が、被告の職員に対し、措置法６４条の２第１項の適用のためにはどのように確定申告をすればよいかを明確に尋ねるなど、措置法６４条の２第１項の適用を意図していることを明らかにしていたなどの特別な事情がない限り、原告の内心の意図が被告に明らかであるとまではいえない。
しかし、本件については、原告が、本件確定申告に当たり、措置法６４条の２第１項の適用を意図していることを明らかにしていたとはうかがえない。
③ よって、原告の主張は理由がない。
(3) 原告は、被告が原告に対して特別勘定の経理を行うよう指導すべきであったとも主張するようであるが、すでに説示したとおり、措置法６４条の２第１項の適用を選択するかどうかは、経営判断や納税額の多寡の見積もりを踏まえた当該法人の自由な意思に委ねられているのであるから、被告が、原告に対し、特別勘定の経理をするよう指導すべきであったとまではいえない。
３ さらに、原告は、本件確定申告書の客観的な記載において、原告が措置法６４条１項の適用を受ける旨選択したことを前提とする確定申告をしているから、念のため同条同項の適用の範囲についても検討する。
措置法６４条１項は、法人の有する資産が収用等に伴い消滅した場合において、法人がその補償金、対価等の一部又は全部をもって、当該収用等のあった日を含む事業年度において、代替資産を取得し、当該代替資産につき圧縮限度額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することにかえてその圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法により経理したときはその減額し又は経理した金額に相当する金額を当該事業年度の損金の額に算入する旨定めた規定であり、所得の認定に関して課税の特例を認めたものである。
そうだとすると、同条の適用を受けるためには、上記のとおり、収用等のあった日を含む事業年度において代替資産を取得し、かつ、圧縮限度の範囲内で帳簿価額を損金経理により減額するか又は圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる経理処理をすることを要するものというべきである。
しかし、原告は、本件確定申告書において、圧縮限度額を１億６６８５万４９４２円と算出し、圧縮損として１億６６８５万４２９８円を損金処理しているにとどまるから、その範囲で措置法６４条１項の適用を受けることはできるものの、本件事業年度において損金経理した上記金額を超える部分については、同条同項の要件を具備しておらず、同条同項に係る特例措置の適用を受けることはできないというべきである。
もっとも、上記のとおり、原告は、圧縮損を損金経理している限度で法人税を免れたのであるから、収用等に伴う代替資産の取得に関し、損金算入を定める措置法の適用が一切なかったわけではない。
第４ 結論
以上によれば、本件更正処分等の根拠となった所得の算定等及び措置法の適用に誤りはなく、原告の本件事業年度の法人税額及び無申告加算税の額は前記第２の１（争いのない事実）(3)のとおりとなるから、本件更正処分等は適法である。
よって、原告の請求は理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官 亀田廣美 裁判官 三上乃理子 裁判官 寺垣孝彦）
別紙
課税等経過表１
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別紙
課税等経過表２
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